Cập nhật quy định pháp luật hiện hành về thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA

Hãng luật NPLaw nhận thấy rất nhiều doanh nghiệp hiện nay do chủ quan hoặc thiếu am hiểu pháp luật đã vô tình vướng phải các rủi ro truy thu thuế, thậm chí đối mặt với trách nhiệm hình sự. Bài viết dưới đây sẽ cung cấp cái nhìn chuyên sâu và khoa học nhất về thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA để giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền lợi hợp pháp.

I. Những rủi ro pháp lý về tội "Buôn lậu" hoặc "Trốn thuế" khi doanh nghiệp cố tình giả mạo chứng từ để hưởng trái phép thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA?

Việc kê khai hải quan để hưởng thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA đòi hỏi tính trung thực và chính xác tuyệt đối. Hành vi cố tình làm giả Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O), giả mạo hợp đồng, hoặc hợp thức hóa hồ sơ từ một nước không thuộc khối FTA thành nước có FTA để được áp mức thuế suất 0% là hành vi vi phạm pháp luật đặc biệt nghiêm trọng. 

Theo pháp luật hình sự, hành vi này có thể cấu thành Tội trốn thuế theo quy định tại Điều 200 Bộ luật Hình sự 2015 (SĐ,BS bởi điểm a khoản 47 Điều 1 Bộ luật hình sự 2017) nếu số tiền thuế gian lận từ 100.000.000 đồng trở lên. Nguy hiểm hơn, nếu doanh nghiệp sử dụng chứng từ giả mạo để đưa hàng hóa cấm hoặc hàng hóa không đủ điều kiện nhập khẩu qua biên giới dưới vỏ bọc hàng hóa thông thường, hành vi này có dấu hiệu cấu thành Tội buôn lậu theo Điều 188 Bộ luật Hình sự 2015 (SĐ, BS bởi điểm a khoản 38 Điều 1 Bộ luật hình sự 2017). Hình phạt không chỉ dừng lại ở việc phạt tiền hàng tỷ đồng đối với pháp nhân thương mại mà các cá nhân quản lý, điều hành trực tiếp còn có nguy cơ đối mặt với án phạt tù.

Tóm lại, việc lạm dụng ưu đãi bằng các thủ đoạn gian dối sẽ đem lại hậu quả pháp lý khó có thể khắc phục cho doanh nghiệp và người quản lý.

II. Tìm hiểu chi tiết về thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA

Để áp dụng đúng pháp luật, việc hiểu rõ các định nghĩa cốt lõi và cơ chế vận hành của hệ thống ưu đãi thuế là bước đi không thể thiếu.

1. Thế nào là định nghĩa về thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA và điều kiện để một lô hàng được xem là "có xuất xứ" hợp pháp?

Căn cứ theo quy định tại điểm b khoản 3 Điều 5 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, thuế suất ưu đãi đặc biệt (hay thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA) áp dụng đối với hàng hóa nhập khẩu có xuất xứ từ nước, nhóm nước hoặc vùng lãnh thổ có thỏa thuận ưu đãi đặc biệt về thuế nhập khẩu trong quan hệ thương mại với Việt Nam. 

Để một lô hàng được xem là "có xuất xứ" hợp pháp, căn cứ theo Điều 6 Nghị định 31/2018/NĐ-CP quy định chi tiết Luật Quản lý ngoại thương về xuất xứ hàng hóa, lô hàng đó phải đáp ứng các tiêu chí xuất xứ thuần túy hoặc tiêu chí xuất xứ không thuần túy (như hàm lượng giá trị khu vực - RVC, hoặc chuyển đổi mã số hàng hóa - CTC) theo đúng cam kết của từng Hiệp định FTA cụ thể. Tuy nhiên, nếu chỉ đáp ứng tiêu chí sản xuất mà thiếu các tài liệu chứng minh nguồn gốc rõ ràng, lô hàng đó vẫn có nguy cơ bị cơ quan Hải quan từ chối áp dụng ưu đãi.

2. Các đặc điểm đặc trưng về Quy tắc xuất xứ (ROO), Chứng từ chứng nhận (C/O) và Quy tắc vận chuyển trực tiếp trong thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA là gì?

Ba trụ cột cơ bản để hưởng thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA bao gồm: Quy tắc xuất xứ (ROO), Chứng từ chứng nhận (C/O) và Quy tắc vận chuyển trực tiếp. 

• Về ROO, mỗi hiệp định (như EVFTA, CPTPP) có một bộ quy tắc riêng biệt quy định tỷ lệ nguyên vật liệu nội khối. 
• Về C/O, hàng hóa phải có Giấy chứng nhận xuất xứ hợp lệ do cơ quan có thẩm quyền của nước xuất khẩu cấp, hoặc chứng từ tự chứng nhận xuất xứ theo quy định của Hiệp định. 
• Về Quy tắc vận chuyển trực tiếp, hàng hóa phải được vận chuyển thẳng từ lãnh thổ nước xuất khẩu sang lãnh thổ Việt Nam; nếu quá cảnh qua nước thứ ba (không phải thành viên FTA), doanh nghiệp phải chứng minh được hàng hóa không bị thay đổi, gia công chế biến tại nước quá cảnh và vẫn nằm dưới sự giám sát của cơ quan hải quan nước đó.

Vì vậy, việc thiếu hụt bất kỳ yếu tố nào trong ba trụ cột này đều dẫn đến rủi ro bị bác bỏ cơ hội hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt.

3. So sánh tính chất nguy hiểm cho xã hội giữa việc "nhầm lẫn mã HS" và hành vi "lập khống hồ sơ sản xuất" để hưởng thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA?

Không phải mọi sai phạm liên quan đến thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA đều có bản chất pháp lý giống nhau. Có những trường hợp doanh nghiệp chỉ nhầm lẫn trong quá trình phân loại mã HS do tính chất kỹ thuật phức tạp của hàng hóa, nhưng cũng có những trường hợp cố tình xây dựng hồ sơ giả tạo nhằm hợp thức hóa xuất xứ để trục lợi thuế. Việc phân biệt rõ hai hành vi này có ý nghĩa đặc biệt quan trọng để cơ quan chức năng đánh giá mức độ nguy hiểm cho xã hội, xác định chế tài xử phạt hành chính hay truy cứu trách nhiệm hình sự đối với doanh nghiệp và cá nhân có liên quan.

4. Sự khác biệt giữa thuế suất ưu đãi (MFN) và thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA (VJEPA, EVFTA, CPTPP...) là gì?

Trong hoạt động xuất nhập khẩu, nhiều doanh nghiệp thường nhầm lẫn giữa thuế suất ưu đãi thông thường (MFN) và thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA do cả hai đều là cơ chế giảm thuế. Tuy nhiên, đây là hai chế độ thuế hoàn toàn khác nhau về điều kiện áp dụng, mức thuế suất và cơ sở pháp lý điều chỉnh.

III. Hệ thống quy định pháp luật liên quan đến thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA

Các cơ chế vận hành, áp dụng và xử phạt liên quan đến ưu đãi thuế quan đều được nhà nước luật hóa thành các văn bản quy phạm pháp luật vô cùng chi tiết.

1. Quy định liên quan đến thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA trong Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu hiện hành?

Căn cứ theo điểm b khoản 3 Điều 5 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, để được áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt, hàng hóa nhập khẩu phải đáp ứng đủ 03 điều kiện: 

(1) Được nhập khẩu vào Việt Nam từ nước, nhóm nước hoặc vùng lãnh thổ có thỏa thuận ưu đãi đặc biệt về thuế nhập khẩu; 

(2) Có xuất xứ từ nước, nhóm nước hoặc vùng lãnh thổ đó theo quy định của pháp luật về xuất xứ hàng hóa; 

(3) Đáp ứng các điều kiện khác theo quy định của Hiệp định thương mại tự do. 

Việc ban hành Biểu thuế ưu đãi đặc biệt cho từng hiệp định sẽ do Chính phủ quy định chi tiết bằng các Nghị định cụ thể (ví dụ Phụ lục II ban hành kèm theo Nghị định 116/2022/NĐ-CP về Biểu thuế EVFTA).

Tóm lại, Luật chỉ đóng vai trò là văn bản khung, yêu cầu doanh nghiệp phải thường xuyên cập nhật các Nghị định hướng dẫn để biết chính xác mức thuế suất áp dụng.

2. Mức hình phạt cao nhất đối với hành vi gian lận xuất xứ hàng hóa nhằm trục lợi thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA là bao nhiêu?

Nếu hành vi gian lận chỉ dừng lại ở mức độ vi phạm hành chính, căn cứ Điều 15 Nghị định 169/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp sẽ bị phạt tiền từ 1 đến 3 lần số tiền thuế trốn.  Tuy nhiên, nếu hành vi này cấu thành Tội trốn thuế theo quy định tại Điều 200 Bộ luật Hình sự 2015, mức hình phạt cao nhất đối với cá nhân phạm tội là 07 năm tù giam. Đối với pháp nhân thương mại phạm tội, mức phạt tiền cao nhất có thể lên đến 10.000.000.000 (mười tỷ) đồng, thậm chí bị đình chỉ hoạt động vĩnh viễn nếu hành vi gây thiệt hại đặc biệt nghiêm trọng hoặc vi phạm quy định pháp luật về an ninh quốc gia. Vì vậy, việc trục lợi bất chính từ ưu đãi thuế sẽ phải trả giá bằng sự tồn vong của chính tổ chức kinh doanh đó.

3. Hướng dẫn thủ tục thực hiện khai báo C/O để hưởng thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA?

Căn cứ theo Điều 11 Thông tư 33/2023/TT-BTC quy định về xác định xuất xứ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, thủ tục khai báo được thực hiện chặt chẽ. 

• Chuẩn bị bộ chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa: Trước khi tiến hành mở tờ khai hải quan, người khai hải quan phải thu thập và kiểm tra tính hợp lệ của chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa. Chứng từ này phải tuân thủ đúng biểu mẫu quy định của Hiệp định tương ứng và hàng hóa phải đáp ứng tiêu chí xuất xứ quy định tại Nghị định 31/2018/NĐ-CP.
• Khai báo trực tiếp trên tờ khai hải quan nhập khẩu (khoản 1 Điều 5 Thông tư 33/2023/TT-BTC) 
• Xử lý trường hợp chưa có C/O tại thời điểm làm thủ tục nhập khẩu (Nợ C/O): Căn cứ theo Điều 12 Thông tư 33/2023/TT-BTC, nếu tại thời điểm làm thủ tục nhập khẩu mà doanh nghiệp chưa có chứng từ chứng nhận xuất xứ để hưởng thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA, người khai hải quan phải khai báo việc nộp bổ sung chứng từ này trên tờ khai hải quan nhập khẩu. Tại thời điểm này, doanh nghiệp phải tạm nộp thuế theo mức thuế suất ưu đãi (MFN) hoặc thuế suất thông thường.
• Nộp bổ sung C/O và xử lý tiền thuế nộp thừa: Căn cứ Khoản 3 Điều 12 Thông tư 33/2023/TT-BTC, người khai hải quan phải nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu. Đối với một số Hiệp định đặc thù như CPTPP, EVFTA, UKVFTA, VNEAEU FTA, ATIGA, người khai hải quan được phép nộp bổ sung trong suốt thời hạn hiệu lực của chứng từ chứng nhận xuất xứ. Sau khi nộp bổ sung C/O hợp lệ và được cơ quan Hải quan chấp nhận, doanh nghiệp sẽ được áp dụng mức thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA và được xử lý hoàn trả lại số tiền thuế chênh lệch đã nộp thừa theo quy định pháp luật về quản lý thuế.
• Cơ quan hải quan kiểm tra và xác minh xuất xứ theo Điều 15 Thông tư 33/2023/TT-BTC.

Tóm lại, việc khai báo và nộp chứng từ C/O đúng trình tự, thời hạn theo quy định là điều kiện bắt buộc để doanh nghiệp được hưởng thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA. Chỉ cần sai sót về hình thức, thời điểm nộp hoặc tiêu chí xuất xứ, doanh nghiệp có thể bị từ chối ưu đãi thuế và phát sinh rủi ro truy thu thuế, xử phạt hành chính.

3. Chế tài đối với đại lý làm thủ tục Hải quan khi tiếp tay cho việc gian lận thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA?

Đại lý làm thủ tục hải quan có trách nhiệm pháp lý độc lập. Căn cứ theo Điều 15 Nghị định 169/2026/NĐ-CP xử phạt hành vi trốn thuế, nếu cơ quan chức năng chứng minh được Đại lý hải quan có hành vi thông đồng, bao che hoặc trực tiếp làm giả chứng từ để giúp chủ hàng trốn thuế, Đại lý hải quan cũng sẽ bị xử phạt vi phạm hành chính tương tự như chủ hàng. 

Ngoài ra, theo quy định tại điểm e khoản 2 Điều 8 và khoản 1 Điều 10  Thông tư 12/2015/TT-BTC (được bổ sung bởi Khoản 7 Điều 1 Thông tư 22/2019/TT-BTC) nhân viên đại lý làm thủ tục hải quan sẽ bị thu hồi mã số nếu có hành vi trực tiếp hoặc gián tiếp tham gia các hoạt động buôn lậu, gian lận thương mại, trốn thuế hoặc hối lộ cán bộ, công chức hải quan trong quá trình làm thủ tục hải quan. 

Kết luận lại, việc tiếp tay cho các hành vi gian lận thuế không chỉ làm mất tiền bạc, tài chính của Đại lý hải quan mà còn kéo theo các trách nhiệm pháp lý liên đới vô cùng khốc liệt.

IV. Giải đáp thắc mắc thường gặp về thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA

Xoay quanh hoạt động xuất nhập khẩu, doanh nghiệp thường gặp phải nhiều vấn đề thực tiễn về biện pháp cưỡng chế thuế và trách nhiệm của lãnh đạo.

1. Làm sao để bảo vệ lãnh đạo doanh nghiệp trước nguy cơ bị tạm hoãn xuất cảnh khi đơn vị đang bị điều tra về gian lận thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA?

Căn cứ theo khoản 5 Điều 17 Luật Quản lý thuế 2025 và khoản 6 Điều 36 Luật Xuất cảnh, nhập cảnh của công dân Việt Nam 2019, người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp đang bị cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về quản lý thuế chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế có thể bị tạm hoãn xuất cảnh. Để bảo vệ lãnh đạo khỏi biện pháp này, cách duy nhất và triệt để nhất là doanh nghiệp phải nộp đủ số tiền thuế, tiền phạt và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước; hoặc phải có sự bảo lãnh thực hiện nghĩa vụ nộp thuế của tổ chức tín dụng và được cơ quan quản lý thuế chấp thuận theo quy định của pháp luật.

Vì thế, việc chuẩn bị nguồn lực tài chính dự phòng để nộp thuế khắc phục ngay lập tức là phao cứu sinh bảo vệ quyền tự do đi lại của giới chủ doanh nghiệp.

2. Doanh nghiệp có bị đình chỉ hoạt động xuất nhập khẩu nếu đang bị điều tra về gian lận thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA?

Hiện nay chưa có quy định cụ thể về vấn đề đình chỉ toàn bộ hoạt động xuất nhập khẩu của một doanh nghiệp chỉ vì pháp nhân đó đang trong quá trình điều tra (khi chưa có kết luận chính thức). Theo nguyên tắc suy đoán vô tội, doanh nghiệp vẫn có quyền hoạt động kinh doanh bình thường. Tuy nhiên, căn cứ theo khoản 2 Điều 21 Luật Hải quan 2014, đối với các lô hàng mới phát sinh, cơ quan Hải quan có quyền kiểm tra thực tế hàng hóa và kiểm soát chặt chẽ hồ sơ khi làm thủ tục hải quan. Nếu doanh nghiệp có số nợ thuế quá hạn, Hải quan sẽ áp dụng biện pháp cưỡng chế dừng làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo Điều 49 Luật Quản lý thuế 2025. Tóm lại, dù không bị tước giấy phép ngay lập tức, nhưng hoạt động giao thương quốc tế của doanh nghiệp sẽ bị tê liệt thực tế bởi các biện pháp cưỡng chế tài chính từ cơ quan hải quan.

3. Số tiền thuế chưa nộp sẽ bị truy thu kèm tiền chậm nộp như thế nào?

Khi cơ quan Hải quan phát hiện việc hưởng thuế FTA là sai quy định (do C/O bị bác bỏ), doanh nghiệp sẽ bị truy thu toàn bộ phần tiền thuế chênh lệch. Căn cứ theo khoản 2 Điều 16 Luật Quản lý thuế 2025, ngoài số tiền thuế gốc phải nộp đủ, doanh nghiệp còn phải chịu tiền chậm nộp với mức tính là 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp. Thời gian tính tiền chậm nộp được tính liên tục từ ngày tiếp theo ngày phát sinh nghĩa vụ nộp thuế (thường là ngày thông quan lô hàng) đến ngày liền kề trước ngày số tiền nợ thuế được nộp vào ngân sách nhà nước.

Tuy nhiên, nếu số ngày chậm nộp kéo dài qua nhiều năm, khoản tiền phạt 0,03%/ngày này cộng dồn lại có thể lớn tương đương với số nợ thuế gốc.

4. Tại sao chỉ sai sót một vài lô hàng nhỏ nhưng doanh nghiệp lại bị áp dụng biện pháp cưỡng chế hóa đơn?

Căn cứ theo Điều 48 Luật Quản lý thuế 2025, các biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về quản lý thuế được áp dụng khi người nộp thuế nợ tiền thuế quá 90 ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp, hoặc người nộp thuế có tiền thuế nợ nhưng không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký hoặc có hành vi phát tán tài sản. 

Pháp luật không phân biệt nợ phát sinh từ một lô hàng nhỏ hay dự án lớn, mà căn cứ vào hành vi không thực hiện nghĩa vụ thanh toán quyết định truy thu thuế. Khi tài khoản ngân hàng bị phong tỏa không đủ tiền, cơ quan thuế sẽ tiến hành biện pháp cưỡng chế ngừng sử dụng hóa đơn theo điểm d khoản 1 Điều 49 Luật quản lý thuế 2025, khiến doanh nghiệp không thể xuất hóa đơn cho các đối tác nội địa. Vì vậy, sự bất cẩn trong việc giải quyết dứt điểm các khoản nợ nhỏ với Hải quan có thể gây đình trệ toàn bộ mạng lưới kinh doanh chung của tổ chức.

5. Làm sao để xin giảm nhẹ hình phạt cho giám đốc khi công ty đã hoàn thành nghĩa vụ nộp bù thuế FTA?

Nếu vụ án đã bị khởi tố hình sự, việc doanh nghiệp tự nguyện nộp bù thuế và khắc phục hậu quả là một điểm cộng pháp lý cực kỳ quan trọng. Căn cứ theo Điểm b Khoản 1 Điều 51 Bộ luật Hình sự 2015, người phạm tội tự nguyện sửa chữa, bồi thường thiệt hại hoặc khắc phục hậu quả được xem là một tình tiết giảm nhẹ trách nhiệm hình sự. Giám đốc doanh nghiệp cần cung cấp các chứng từ nộp ngân sách nhà nước cùng với đơn xin khoan hồng lên cơ quan Cảnh sát điều tra, Viện kiểm sát và Tòa án để được xem xét chuyển khung hình phạt nhẹ hơn hoặc áp dụng án treo thay vì tù giam theo đúng tinh thần nhân đạo của pháp luật.

Kết luận lại, khắc phục hậu quả tài chính càng sớm thì cơ hội được pháp luật khoan hồng, giảm nhẹ án phạt cho cá nhân lãnh đạo càng cao.

V. Bạn đang tìm luật sư có chuyên môn để tư vấn về lộ trình áp dụng thuế nhập khẩu ưu đãi theo các hiệp định FTA an toàn?

Hãng luật NPLaw tự hào sở hữu đội ngũ chuyên gia pháp lý và luật sư uy tín chuyên sâu trong lĩnh vực Hải quan và Thuế. Chúng tôi cung cấp dịch vụ rà soát rủi ro pháp lý quy tắc xuất xứ, đại diện doanh nghiệp giải trình với cơ quan Hải quan và bảo vệ quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp trong các vụ án liên quan đến trốn thuế.

Trên đây là các thông tin mang tính tham khảo, Quý khách hàng cần tư vấn chi tiết về trường hợp cụ thể, vui lòng liên hệ cho Hãng luật NPLaw để được tư vấn ngay.