Cùng NPLAW hiểu đúng luật về truy thu thuế để bảo vệ quyền lợi doanh nghiệp

Truy thu thuế là một trong những rủi ro tài chính và pháp lý lớn nhất mà doanh nghiệp và cá nhân có thể đối mặt. Bài viết này của NPLaw sẽ giải đáp những thắc mắc quan trọng liên quan đến vấn đề này.

I. Thực trạng liên quan đến truy thu thuế

Trong bối cảnh quản lý thuế ngày càng được siết chặt và số hóa, hoạt động thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế diễn ra thường xuyên hơn. Thực tế cho thấy, nhiều doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp vừa và nhỏ, thường bị truy thu thuế không phải do cố ý trốn thuế, mà xuất phát từ những nguyên nhân khách quan và chủ quan sau:

Sự thiếu am hiểu hoặc cập nhật không kịp thời các chính sách thuế: Pháp luật về thuế thường xuyên thay đổi. Một hóa đơn không hợp lệ, một khoản chi phí bị loại trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp, hay việc áp sai thuế suất cũng có thể trở thành cơ sở để cơ quan thuế thực hiện truy thu.
Sự phức tạp của các giao dịch mới: Sự bùng nổ của thương mại điện tử, các giao dịch xuyên biên giới, và kinh tế số đã tạo ra những vùng xám về thuế. Nhiều cá nhân kinh doanh online, làm việc tự do (freelancer) cho các nền tảng nước ngoài chưa ý thức được đầy đủ nghĩa vụ thuế của mình, dẫn đến nguy cơ bị truy thu số tiền lớn sau nhiều năm.
Sai sót trong quá trình kế toán và kê khai: Lỗi con người trong việc hạch toán, lưu trữ chứng từ, và lập tờ khai thuế là một trong những nguyên nhân phổ biến nhất. Sau các đợt thanh tra, kiểm tra tại trụ sở, cơ quan thuế dễ dàng phát hiện những sai sót này và ra quyết định truy thu.
Giao dịch bất động sản kê khai giá thấp: Tình trạng kê khai giá chuyển nhượng bất động sản thấp hơn giá thực tế để "lách" thuế thu nhập cá nhân và lệ phí trước bạ vẫn còn tồn tại. Khi cơ quan thuế có đủ cơ sở dữ liệu để xác định giá trị thực, việc truy thu thuế là điều khó tránh khỏi.

Những thực trạng trên cho thấy, việc chủ động trang bị kiến thức và tuân thủ pháp luật thuế là biện pháp phòng ngừa rủi ro truy thu thuế hiệu quả nhất.

II. Quy định của pháp luật liên quan đến truy thu thuế

Để đối mặt với rủi ro truy thu thuế, việc nắm vững các quy định pháp luật là điều tiên quyết. NPLaw sẽ hệ thống hóa các định nghĩa, trường hợp và thời hạn quan trọng liên quan đến truy thu thuế.

1. Truy thu thuế là gì?

Pháp luật hiện hành không định nghĩa trực tiếp "truy thu thuế" là gì. Tuy nhiên, dựa trên bản chất và các quy định tại Luật Quản lý thuế 2019, có thể hiểu truy thu thuế là biện pháp do cơ quan quản lý thuế áp dụng nhằm thu đủ số tiền thuế còn thiếu hoặc số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn cao hơn quy định vào ngân sách nhà nước.

Biện pháp này được thực hiện sau khi phát hiện người nộp thuế đã có hành vi khai sai, khai thiếu, trốn thuế hoặc các hành vi vi phạm khác dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp.

Biện pháp này thường đi kèm với việc tính tiền chậm nộp theo Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019 và các khoản phạt vi phạm hành chính về thuế.

2. Những trường hợp nào bị truy thu thuế?

Theo Luật Quản lý thuế 2019, các trường hợp phổ biến dẫn đến việc bị truy thu thuế bao gồm:

Khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn theo Điều 142 Luật Quản lý thuế 2019. Đây là trường hợp phổ biến nhất, thường xảy ra do sai sót trong quá trình kế toán.
Hành vi trốn thuế theo Điều 143 Luật Quản lý thuế 2019. Các hành vi này mang tính chất cố ý, ví dụ như: không nộp hồ sơ đăng ký thuế; không nộp hồ sơ khai thuế; sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp; kê khai sai chi phí để giảm thu nhập chịu thuế;...
Ấn định thuế đối với người nộp thuế trong trường hợp vi phạm pháp luật về thuế theo Điều 50 Luật Quản lý thuế 2019. Khi người nộp thuế vi phạm pháp luật về thuế (ví dụ: không đăng ký thuế, không khai thuế, khai không đầy đủ), cơ quan thuế có quyền ấn định số thuế phải nộp và thực hiện truy thu.

3. Thời hạn áp dụng biện pháp truy thu thuế là bao lâu?

Để xác định thời hạn truy thu thuế, cần phải phân biệt rõ hai khái niệm quan trọng được quy định tại Điều 8 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 102/2021/NĐ-CP), bao gồm: Thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính và thời hạn truy thu thuế.

Thứ nhất, về thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính về thuế: Đây là khoảng thời gian mà cơ quan thuế có quyền ra quyết định xử phạt đối với hành vi vi phạm của người nộp thuế, cụ thể:

02 năm kể từ ngày thực hiện hành vi vi phạm: Đối với hành vi vi phạm thủ tục thuế.
05 năm kể từ ngày thực hiện hành vi vi phạm: Đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn; và hành vi trốn thuế chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự.

Thứ hai, về thời hạn truy thu thuế: Đây là khoảng thời gian mà người nộp thuế vẫn phải nộp lại số tiền thuế còn thiếu vào ngân sách nhà nước, ngay cả khi đã hết thời hiệu xử phạt. Theo khoản 6 Điều 8 Nghị định 125/2020/NĐ-CP quy định như sau:

Quá thời hiệu xử phạt (tức sau 02 năm hoặc 05 năm), người nộp thuế không bị xử phạt vi phạm hành chính nữa, nhưng vẫn phải nộp đủ số tiền thuế thiếu, tiền thuế trốn và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước trong thời hạn 10 năm trở về trước, kể từ ngày phát hiện hành vi vi phạm.
Trường hợp đặc biệt: Đối với người nộp thuế không đăng ký thuế, thì phải nộp đủ số tiền thuế thiếu, tiền thuế trốn, tiền chậm nộp cho toàn bộ thời gian trở về trước, không giới hạn 10 năm.

Lưu ý, cần phân biệt rõ, thời hiệu xử phạt (02 hoặc 05 năm) là thời hạn để cơ quan thuế ra quyết định phạt. Sau thời hạn này, người nộp thuế không bị phạt nữa nhưng vẫn có nghĩa vụ nộp đủ số tiền thuế còn thiếu trong thời hạn 10 năm trở về trước kể từ ngày phát hiện vi phạm nghĩa vụ nộp thuế gốc và tiền chậm nộp vẫn còn đó.

4. Cơ quan nào có thẩm quyền ra quyết định truy thu thế?

Theo quy định của Luật Quản lý thuế 2019, thẩm quyền ra quyết định truy thu thuế thuộc về cơ quan quản lý thuế. Mặc dù thuật ngữ ra quyết định truy thu thuế không được nêu thành một quyền hạn riêng lẻ, nhưng bản chất của nó là kết quả của việc thực thi các nhiệm vụ và quyền hạn được pháp luật giao. Cụ thể, thẩm quyền này được thể hiện thông qua các quyền hạn sau đây của cơ quan quản lý thuế tại Điều 19 Luật Quản lý thuế 2019:

Quyền kiểm tra thuế, thanh tra thuế (Khoản 3 Điều 19): Đây là hoạt động cơ bản nhất để phát hiện các hành vi khai sai, khai thiếu hoặc trốn thuế. Kết luận của hoạt động kiểm tra, thanh tra sẽ là cơ sở pháp lý trực tiếp để cơ quan quản lý thuế ban hành quyết định xử lý, trong đó bao gồm việc truy thu số tiền thuế còn thiếu.
Quyền ấn định thuế (Khoản 4 Điều 19): Trong trường hợp người nộp thuế vi phạm pháp luật về thuế (ví dụ: không nộp hồ sơ khai thuế, kê khai không đầy đủ, không chứng minh được các căn cứ tính thuế), cơ quan quản lý thuế có quyền ấn định số thuế phải nộp. Quyết định ấn định thuế về bản chất chính là một hình thức của quyết định truy thu thuế.
Quyền xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế (Khoản 6 Điều 19): Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế thường đi kèm với các biện pháp khắc phục hậu quả, trong đó biện pháp quan trọng nhất là buộc nộp đủ số tiền thuế thiếu, tiền thuế trốn vào ngân sách nhà nước.

Theo khoản 2 Điều 2 Luật Quản lý thuế 2019, cơ quan quản lý thuế trực tiếp bao gồm: Tổng cục Thuế; Cục Thuế (tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương); Chi cục Thuế khu vực. Thông thường, cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế (Cục Thuế hoặc Chi cục Thuế) sẽ là đơn vị ra quyết định truy thu thuế sau quá trình thanh tra, kiểm tra.

Ngoài ra, cần lưu ý rằng các cơ quan khác như Kiểm toán nhà nước (Điều 21 Luật Quản lý thuế 2019) và Thanh tra nhà nước (Điều 22 Luật Quản lý thuế 2019) cũng có quyền kiểm tra, thanh tra và đưa ra kiến nghị hoặc kết luận liên quan đến nghĩa vụ thuế của người nộp thuế. Tuy nhiên, các cơ quan này không trực tiếp ra quyết định truy thu. Thay vào đó, họ sẽ gửi kiến nghị/kết luận cho cơ quan quản lý thuế, và cơ quan quản lý thuế sẽ là đơn vị có trách nhiệm tổ chức thực hiện và ban hành quyết định chính thức để truy thu thuế từ người nộp thuế.

III. Giải đáp các thắc mắc về truy thu thuế

Trong quá trình tư vấn, NPLaw thường xuyên nhận được những câu hỏi phức tạp liên quan đến các tình huống truy thu thuế cụ thể. Phần này sẽ giải đáp các thắc mắc phổ biến nhất.

1. Trường hợp doanh nghiệp hợp nhất, sáp nhập có phát sinh nghĩa vụ truy thu thuế không?

Doanh nghiệp hình thành sau khi tái cấu trúc phải kế thừa nghĩa vụ thuế của các doanh nghiệp trước đó. Cụ thể, Luật Doanh nghiệp 2020 quy định rất rõ về việc kế thừa nghĩa vụ này:

Đối với hợp nhất doanh nghiệp, khoản 4 Điều 200 quy định sau khi công ty hợp nhất đăng ký doanh nghiệp, công ty bị hợp nhất chấm dứt tồn tại; công ty hợp nhất được hưởng quyền và lợi ích hợp pháp, chịu trách nhiệm về các nghĩa vụ, các khoản nợ chưa thanh toán, hợp đồng lao động và các nghĩa vụ tài sản khác của các công ty bị hợp nhất. Công ty hợp nhất đương nhiên kế thừa toàn bộ quyền, nghĩa vụ và lợi ích hợp pháp của các công ty bị hợp nhất theo hợp đồng hợp nhất công ty.
Đối với sáp nhập doanh nghiệp, khoản 4 Điều 201 quy định sau khi công ty nhận sáp nhập đăng ký doanh nghiệp, công ty bị sáp nhập chấm dứt tồn tại; công ty nhận sáp nhập được hưởng các quyền và lợi ích hợp pháp, chịu trách nhiệm về các nghĩa vụ, các khoản nợ chưa thanh toán, hợp đồng lao động và nghĩa vụ tài sản khác của công ty bị sáp nhập. Các công ty nhận sáp nhập đương nhiên kế thừa toàn bộ quyền, nghĩa vụ, và lợi ích hợp pháp của các công ty bị sáp nhập theo hợp đồng sáp nhập.

Do đó, nếu doanh nghiệp bị sáp nhập/hợp nhất có hành vi vi phạm về thuế trước thời điểm tái cấu trúc và bị phát hiện sau đó, thì doanh nghiệp mới phải chịu trách nhiệm nộp toàn bộ số tiền thuế bị truy thu, tiền chậm nộp và các khoản phạt liên quan.

2. Cá nhân làm việc tự do qua nền tảng số nước ngoài có bị truy thu thuế thu nhập không?

Truy thu thuế là hệ quả tất yếu khi cá nhân có phát sinh thu nhập chịu thuế nhưng không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ nghĩa vụ kê khai, nộp thuế. Cơ quan thuế hiện nay có nhiều biện pháp để phát hiện các nguồn thu nhập này:

Rà soát các giao dịch ngân hàng: Các dòng tiền lớn, thường xuyên từ nước ngoài chuyển về tài khoản cá nhân sẽ được các ngân hàng thương mại báo cáo.
Hợp tác quốc tế về thuế: Việt Nam đang tăng cường trao đổi thông tin với cơ quan thuế các nước để quản lý các giao dịch xuyên biên giới.

Khi phát hiện cá nhân có thu nhập mà không kê khai, cơ quan thuế sẽ tiến hành ấn định và truy thu thuế. Hậu quả pháp lý bao gồm:

Truy thu toàn bộ số thuế còn thiếu: Bao gồm cả thuế TNCN và thuế GTGT (nếu có) trong nhiều năm bị bỏ sót.
Phạt tiền chậm nộp: Tính trên số tiền thuế truy thu với mức phạt là 0,03%/ngày (theo Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019). Đây là một khoản tiền rất lớn nếu thời gian chậm nộp kéo dài.
Xử phạt vi phạm hành chính về thuế: Tùy theo mức độ, hành vi không kê khai có thể bị xem là hành vi trốn thuế và bị xử phạt theo Điều 143 Luật Quản lý thuế 2019 và Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Như vậy, làm vệc tự do (freelancer) cho các nền tảng nước ngoài tạo ra nghĩa vụ thuế kinh doanh tại Việt Nam, nếu không tự giác thực hiện nghĩa vụ kê khai và nộp thuế đầy đủ, đúng hạn theo quy định của pháp luật Việt Nam thì hoàn toàn có nguy cơ bị truy thu thuế thu nhập cá nhân (TNCN). Do bên trả thu nhập ở nước ngoài không khấu trừ thuế, trách nhiệm tự kê khai hoàn toàn thuộc về cá nhân. Nếu không thực hiện, cá nhân đó sẽ đối mặt với rủi ro bị cơ quan thuế truy thu số tiền thuế lớn, cộng thêm tiền phạt chậm nộp và các chế tài hành chính khác.

3. Khi bị truy thu thuế, doanh nghiệp có được quyền đề nghị giảm tiền chậm nộp không?

Về nguyên tắc, tiền chậm nộp là không được giảm. Khoản 1 Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019 quy định người nộp thuế phải nộp tiền chậm nộp theo mức 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp.

Tuy nhiên, pháp luật có quy định về trường hợp miễn tiền chậm nộp. Theo khoản 8 Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019, người nộp thuế được miễn tiền chậm nộp nếu gặp trường hợp bất khả kháng, được định nghĩa tại khoản 27 Điều 3 của luật này (ví dụ: thiên tai, thảm họa, dịch bệnh, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ).

Ngoài ra, trường hợp doanh nghiệp gặp khó khăn tài chính đặc biệt, có thể đề nghị nộp dần tiền thuế nợ theo quy định tại Điều 62 Luật Quản lý thuế 2019. Dù được chấp thuận nộp dần, doanh nghiệp vẫn phải nộp tiền chậm nộp phát sinh tương ứng với số tiền thuế nợ.

4. Doanh nghiệp có quyền khiếu nại quyết định truy thu thuế không?

Doanh nghiệp có quyền khiếu nại quyết định truy thu thuế. Đây là quyền hợp pháp của người nộp thuế, được quy định rõ trong chính Luật Quản lý thuế và các luật liên quan. Khi không đồng ý với quyết định truy thu, doanh nghiệp có hai phương án, đó là:

Khiếu nại hành chính theo Điều 147 Luật Quản lý thuế 2019, người nộp thuế có quyền khiếu nại đối với quyết định hành chính của cơ quan thuế. Quy trình giải quyết khiếu nại tuân thủ theo quy định của Luật Khiếu nại 2011. Doanh nghiệp sẽ khiếu nại lần đầu đến cơ quan ra quyết định và khiếu nại lần hai đến cơ quan cấp trên trực tiếp nếu cần.
Khởi kiện vụ án theo Điều 148 Luật Quản lý thuế 2019, người nộp thuế có quyền khởi kiện quyết định truy thu thuế ra Tòa án nhân dân có thẩm quyền. Thủ tục khởi kiện tuân thủ theo quy định của Luật Tố tụng hành chính 2015.

5. Truy thu thuế có thể áp dụng cho cá nhân có thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản không?

Đây là hành vi vi phạm pháp luật về thuế và cơ quan thuế có đầy đủ thẩm quyền để xử lý. Khi cá nhân kê khai giá chuyển nhượng thấp hơn giá thực tế, họ đã vi phạm nghĩa vụ kê khai trung thực. Căn cứ vào đó, cơ quan thuế có quyền:

Ấn định thuế theo quy định tại Điều 50 Luật Quản lý thuế 2019. Cụ thể, Điều này cho phép cơ quan thuế ấn định thuế khi người nộp thuế không phản ánh hoặc phản ánh không đầy đủ, trung thực, chính xác các số liệu trên sổ kế toán để xác định nghĩa vụ thuế.
Cơ sở để ấn định lại giá chuyển nhượng có thể là khung giá đất do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ban hành hoặc dựa trên cơ sở dữ liệu về giá giao dịch thực tế trên thị trường mà cơ quan thuế thu thập được.

Sau khi ấn định lại giá, cơ quan thuế sẽ ra quyết định truy thu số thuế TNCN và lệ phí trước bạ còn thiếu, đồng thời tính tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm hành chính.

IV. Dịch vụ tư vấn pháp lý liên quan đến truy thu thuế

Việc bị truy thu thuế không chỉ gây áp lực tài chính nặng nề mà còn liên quan đến các quy trình pháp lý phức tạp như giải trình, khiếu nại, và làm việc với cơ quan thuế. Sai lầm trong quá trình này có thể khiến doanh nghiệp phải chịu thêm các khoản phạt không đáng có.

Nếu bạn hoặc doanh nghiệp của bạn đã nhận được quyết định truy thu thuế, đang trong quá trình thanh tra, kiểm tra, hoặc đơn giản là muốn rà soát lại hệ thống kế toán - thuế để phòng ngừa rủi ro, hãy liên hệ với NPLaw ngay hôm nay. Đội ngũ luật sư và chuyên gia thuế của chúng tôi sẽ đồng hành cùng bạn, từ việc phân tích hồ sơ, xây dựng luận điểm pháp lý vững chắc, đến đại diện bạn làm việc với cơ quan thuế để bảo vệ tốt nhất quyền và lợi ích hợp pháp của bạn.