Hai hệ thống sổ sách trong doanh nghiệp có vi phạm pháp luật không?

Trong thực tế hoạt động doanh nghiệp, vấn đề hai hệ thống sổ sách kế toán vẫn còn tồn tại ở nhiều mức độ khác nhau, đặc biệt trong khâu quản lý doanh thu, chi phí và nghĩa vụ thuế. Việc ghi chép không thống nhất giữa sổ nội bộ và sổ kê khai có thể dẫn đến sai lệch thông tin tài chính, tiềm ẩn rủi ro pháp lý và ảnh hưởng đến tính minh bạch của doanh nghiệp. Bài viết dưới đây sẽ làm rõ khái niệm, quy định pháp luật và các vấn đề liên quan đến hai hệ thống sổ sách trong doanh nghiệp.

I. Thực trạng liên quan đến hai hệ thống sổ sách

Trong thực tế hoạt động doanh nghiệp, tình trạng tồn tại hai hệ thống sổ sách kế toán vẫn diễn ra ở một số đơn vị, đặc biệt trong các lĩnh vực có nhiều giao dịch tiền mặt hoặc khó kiểm soát doanh thu. Một hệ thống thường dùng để ghi nhận nội bộ phục vụ quản trị, trong khi hệ thống còn lại được lập để kê khai thuế hoặc báo cáo cơ quan nhà nước.

Sự chênh lệch giữa hai hệ thống sổ sách có thể xuất phát từ nhu cầu tối ưu chi phí, điều chỉnh lợi nhuận hoặc phản ánh không đầy đủ doanh thu thực tế. Tuy nhiên, việc duy trì số liệu không thống nhất dễ dẫn đến sai lệch thông tin tài chính, gây khó khăn trong công tác kiểm toán, thanh tra thuế và làm giảm mức độ minh bạch của doanh nghiệp.

II. Khái niệm về hai hệ thống sổ sách

Hai hệ thống sổ sách là việc doanh nghiệp ghi chép cùng lúc hai bộ sổ kế toán khác nhau, một dùng nội bộ và một dùng để kê khai, báo cáo. Điều này dễ tạo ra chênh lệch số liệu nếu không được quản lý thống nhất. 

1. Hai hệ thống sổ sách là gì?

Hai hệ thống sổ sách là tình trạng doanh nghiệp đồng thời lập và sử dụng hai bộ sổ kế toán khác nhau để ghi nhận các nghiệp vụ kinh tế – tài chính phát sinh. Thông thường, một hệ thống được dùng cho mục đích quản trị nội bộ (phản ánh đầy đủ, chi tiết thực tế hoạt động kinh doanh), trong khi hệ thống còn lại được lập để phục vụ kê khai thuế và báo cáo theo yêu cầu của cơ quan nhà nước.

Việc tồn tại hai hệ thống này dẫn đến khả năng số liệu giữa các sổ không trùng khớp, đặc biệt về doanh thu, chi phí và lợi nhuận. Nếu không có cơ chế kiểm soát và đối chiếu chặt chẽ, doanh nghiệp có thể gặp rủi ro về minh bạch tài chính, kiểm toán và nghĩa vụ thuế.

2. Vì sao doanh nghiệp lại lập hai hệ thống sổ sách?

Doanh nghiệp có thể lập hai hệ thống sổ sách vì nhiều lý do khác nhau, trong đó phổ biến nhất là nhu cầu quản trị nội bộ và nghĩa vụ kê khai với cơ quan thuế không được xây dựng trên cùng một mức độ chi tiết. Một số doanh nghiệp dùng sổ nội bộ để phản ánh đầy đủ doanh thu, chi phí thực tế nhằm phục vụ điều hành, trong khi sổ kê khai thuế lại được điều chỉnh để đáp ứng yêu cầu báo cáo bắt buộc.

Bên cạnh đó, cũng có trường hợp doanh nghiệp cố tình tách số liệu nhằm điều chỉnh lợi nhuận, giảm nghĩa vụ thuế hoặc che giấu một phần doanh thu. Ngoài ra, việc thiếu hiểu biết về chuẩn mực kế toán, hệ thống kiểm soát nội bộ yếu hoặc cách tổ chức kế toán chưa thống nhất cũng có thể dẫn đến tình trạng tồn tại hai hệ thống sổ sách.

3. Hai hệ thống sổ sách ảnh hưởng như thế nào đến tính minh bạch tài chính của doanh nghiệp?

Việc tồn tại hai hệ thống sổ sách thường làm giảm tính minh bạch tài chính do số liệu giữa các báo cáo không thống nhất, đặc biệt là doanh thu, chi phí và lợi nhuận. Điều này khiến thông tin tài chính của doanh nghiệp thiếu độ tin cậy khi sử dụng để đánh giá hiệu quả hoạt động hoặc ra quyết định đầu tư.

Ngoài ra, sự chênh lệch số liệu còn làm tăng rủi ro bị cơ quan thuế, kiểm toán phát hiện sai lệch, dẫn đến việc phải giải trình, điều chỉnh hoặc bị xử lý vi phạm. Về lâu dài, điều này có thể ảnh hưởng đến uy tín, khả năng huy động vốn và quan hệ với đối tác của doanh nghiệp.

III. Quy định của pháp luật liên quan đến hai hệ thống sổ sách

Pháp luật hiện hành quy định chặt chẽ về việc ghi chép, quản lý và lưu trữ sổ sách kế toán nhằm đảm bảo tính trung thực, minh bạch của thông tin tài chính doanh nghiệp. Việc lập và sử dụng nhiều hệ thống sổ sách không thống nhất có thể bị xem xét là hành vi vi phạm và bị xử lý theo quy định.

1. Pháp luật hiện hành quy định như thế nào về việc lập và quản lý sổ sách kế toán?

Theo Luật Kế toán 2015, việc lập và quản lý sổ sách kế toán được quy định chặt chẽ, nhằm bảo đảm tính trung thực, đầy đủ và thống nhất trong công tác kế toán.

Cụ thể, theo Điều 24 Luật Kế toán 2015, sổ kế toán được sử dụng để ghi chép, hệ thống và lưu giữ toàn bộ các nghiệp vụ kinh tế, tài chính phát sinh của đơn vị kế toán. Sổ kế toán phải thể hiện đầy đủ thông tin về đơn vị, thời điểm lập – khóa sổ, chữ ký của người lập, kế toán trưởng và người đại diện theo pháp luật, đồng thời phản ánh rõ các nội dung như chứng từ kế toán, nội dung nghiệp vụ, số tiền phát sinh và số dư đầu kỳ, cuối kỳ.

Theo Điều 25, mỗi đơn vị kế toán phải căn cứ vào hệ thống sổ kế toán do Bộ Tài chính quy định để lựa chọn và áp dụng một hệ thống sổ kế toán trong một kỳ kế toán năm, đồng thời được phép chi tiết hóa các sổ kế toán để phục vụ yêu cầu quản lý nhưng không được làm sai lệch hệ thống đã lựa chọn.

Theo Điều 26, sổ kế toán phải được mở từ đầu kỳ kế toán hoặc từ ngày thành lập đơn vị mới, việc ghi sổ phải căn cứ vào chứng từ kế toán hợp pháp, bảo đảm ghi chép kịp thời, chính xác, liên tục theo trình tự thời gian và không được tẩy xóa, ghi chồng hoặc ghi xen. Cuối kỳ kế toán, đơn vị phải khóa sổ để lập báo cáo tài chính; nếu phát hiện sai sót thì phải sửa chữa theo đúng phương pháp luật định và thực hiện việc lưu trữ sổ sách theo quy định, kể cả khi thực hiện bằng phương tiện điện tử.

Như vậy, pháp luật quy định rõ ràng từ việc lựa chọn hệ thống sổ, cách ghi chép đến quản lý, sửa chữa và lưu trữ nhằm đảm bảo tính minh bạch, chính xác và kiểm soát chặt chẽ hoạt động tài chính của đơn vị kế toán.

2. Lập hai hệ thống sổ sách có bị coi là vi phạm pháp luật không?

Theo khoản 10 Điều 13 Luật Kế toán 2015 nghiêm cấm hành vi: "Lập hai hệ thống sổ kế toán tài chính trở lên hoặc cung cấp, công bố các báo cáo tài chính có số liệu không đồng nhất trong cùng một kỳ kế toán."

Do đó, doanh nghiệp không được lập từ hai hệ thống sổ kế toán tài chính trở lên cho cùng một kỳ kế toán. Ngay cả khi hai hệ thống sổ có số liệu hoàn toàn giống nhau, hành vi này vẫn có thể bị xem là vi phạm vì pháp luật cấm việc tồn tại nhiều hệ thống sổ kế toán tài chính song song.

Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn được lập các báo cáo quản trị nội bộ, bảng theo dõi doanh thu, chi phí, công nợ hoặc dữ liệu từ phần mềm quản lý bán hàng để phục vụ công tác quản lý. Các tài liệu này không bị coi là hệ thống sổ kế toán tài chính nếu chỉ sử dụng cho mục đích quản trị nội bộ.

Việc lập hai hệ thống sổ kế toán tài chính là hành vi bị nghiêm cấm theo khoản 10 Điều 13 Luật Kế toán 2015, kể cả khi số liệu trên các sổ hoàn toàn đồng nhất.

3. Doanh nghiệp dùng hai hệ thống sổ kế toán bị xử lý thế nào?

Theo khoản 10 Điều 13 Luật Kế toán 2015, hành vi lập hai hệ thống sổ kế toán tài chính trở lên hoặc cung cấp, công bố báo cáo tài chính không thống nhất trong cùng một kỳ kế toán là hành vi bị nghiêm cấm, do làm sai lệch tính trung thực và minh bạch của thông tin tài chính.

Về chế tài xử phạt, theo Điều 9 Nghị định 41/2018/NĐ-CP, mức xử phạt đối với các hành vi vi phạm liên quan đến sổ kế toán được quy định theo từng mức độ, trong đó:

• Phạt từ 1.000.000 – 2.000.000 đồng đối với các vi phạm về hình thức sổ kế toán (thiếu thông tin, chữ ký, đánh số trang, ghi chép sai quy cách…).
• Phạt từ 3.000.000 – 5.000.000 đồng đối với hành vi ghi sổ không đầy đủ nội dung, sửa chữa sai quy định hoặc không in sổ theo quy định.
• Phạt từ 5.000.000 – 10.000.000 đồng đối với các hành vi nghiêm trọng hơn như không mở sổ đúng thời điểm, ghi sổ không khớp chứng từ, ghi sổ không liên tục hoặc không khóa sổ theo quy định.
• Phạt từ 20.000.000 – 30.000.000 đồng đối với hành vi hủy sổ kế toán, làm hư hỏng sổ hoặc cố ý để ngoài sổ kế toán tài sản, nợ phải trả.

Ngoài tiền phạt, người vi phạm còn bị áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả như buộc sửa chữa, bổ sung hoặc khôi phục sổ kế toán để đảm bảo số liệu đúng với thực tế.

Việc lập và sử dụng sổ kế toán không đúng quy định có thể bị xử phạt hành chính khá nghiêm khắc, đặc biệt trong trường hợp lập sổ sách không trung thực hoặc cố ý làm sai lệch số liệu tài chính.

4. Cơ quan nào có thẩm quyền kiểm tra và xử lý vi phạm liên quan đến sổ sách kế toán?

Theo Luật Kế toán 2015, thẩm quyền kiểm tra và xử lý vi phạm liên quan đến sổ sách kế toán thuộc về nhiều cơ quan nhà nước có chức năng quản lý, thanh tra và kiểm toán, cụ thể:

Theo Điều 34 Luật Kế toán 2015, đơn vị kế toán có thể bị kiểm tra bởi:

• Bộ Tài chính (cơ quan quản lý nhà nước cao nhất về kế toán)
• Các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ đối với lĩnh vực được phân công quản lý
• Ủy ban nhân dân cấp tỉnh đối với đơn vị kế toán tại địa phương
• Đơn vị cấp trên đối với đơn vị kế toán trực thuộc

Ngoài ra, theo quy định tại khoản 3 Điều 34 Luật Kế toán 2015, các cơ quan có thẩm quyền trực tiếp tiến hành kiểm tra, thanh tra, xử lý vi phạm gồm:

• Cơ quan thanh tra nhà nước, thanh tra chuyên ngành tài chính
• Kiểm toán Nhà nước
• Cơ quan thuế trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế
• Các đoàn thanh tra, kiểm tra theo quyết định của cơ quan quản lý có thẩm quyền

Về xử lý vi phạm, tùy tính chất và mức độ, các cơ quan này có thể:

• Xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực kế toán, thuế
• Kiến nghị truy thu thuế, điều chỉnh số liệu kế toán
• Chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra nếu có dấu hiệu vi phạm nghiêm trọng

Việc kiểm tra và xử lý vi phạm về sổ sách kế toán không chỉ thuộc một cơ quan duy nhất mà được thực hiện bởi hệ thống cơ quan quản lý nhà nước về tài chính, thuế và kiểm toán, trong đó Bộ Tài chính và cơ quan thuế là lực lượng trực tiếp và thường xuyên nhất.

IV. Giải đáp các vấn đề thắc mắc thường gặp liên quan đến hai hệ thống sổ sách

Trong quá trình hoạt động, nhiều doanh nghiệp còn vướng mắc liên quan đến việc ghi chép, quản lý sổ sách kế toán, đặc biệt là vấn đề hai hệ thống sổ sách. Phần dưới đây sẽ tổng hợp và giải đáp các câu hỏi thường gặp để giúp làm rõ quy định pháp luật và hạn chế rủi ro pháp lý cho doanh nghiệp. 

1. Khi bị phát hiện sai lệch sổ sách, doanh nghiệp cần làm gì?

Khi bị phát hiện sai lệch sổ sách kế toán, doanh nghiệp cần ngay lập tức kiểm tra, xác định nguyên nhân sai sót và thực hiện điều chỉnh theo đúng quy định của Luật Kế toán 2015.

Cụ thể, theo Điều 27 Luật Kế toán 2015, việc sửa chữa sổ kế toán không được tẩy xóa mà phải thực hiện theo một trong các phương pháp như: ghi cải chính, ghi số âm hoặc lập chứng từ điều chỉnh để đảm bảo số liệu đúng với chứng từ gốc.

Trường hợp sai sót đã ảnh hưởng đến báo cáo tài chính, doanh nghiệp phải thực hiện điều chỉnh lại sổ kế toán của kỳ phát hiện sai sót và thuyết minh rõ trong báo cáo tài chính, đồng thời lưu giữ đầy đủ hồ sơ chứng minh việc điều chỉnh.

Ngoài ra, nếu sai lệch có dấu hiệu liên quan đến vi phạm pháp luật về thuế hoặc kế toán, doanh nghiệp cần chủ động rà soát, khắc phục và làm việc với cơ quan có thẩm quyền để tránh phát sinh xử lý vi phạm nặng hơn.

2. Có bị truy thu thuế khi doanh nghiệp sử dụng hai hệ thống sổ sách không?

Có. Căn cứ khoản 1 Điều 15 Luật Quản lý thuế 2025, số tiền thuế phải nộp được xác định lại khi phát sinh sai sót trong kỳ tính thuế. Theo đó, trường hợp cơ quan thuế kiểm tra, thanh tra phát hiện doanh nghiệp kê khai không đúng thực tế (có thể xuất phát từ việc sử dụng hai hệ thống sổ sách làm sai lệch doanh thu, chi phí), thì:

• Doanh nghiệp phải nộp bổ sung số thuế còn thiếu (truy thu)
• Đồng thời có thể bị tính tiền chậm nộp theo Điều 16 Luật Quản lý thuế 2025
• Và bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo quy định pháp luật liên quan

Nếu việc sử dụng hai hệ thống sổ sách dẫn đến kê khai sai nghĩa vụ thuế thì doanh nghiệp bị truy thu thuế theo khoản 1 Điều 15 Luật Quản lý thuế 2025, kèm tiền chậm nộp và tiền phạt.

3. Người đại diện pháp luật có bị liên đới trách nhiệm khi tồn tại hai hệ thống sổ sách không?

Có, có thể bị liên đới trách nhiệm, tùy mức độ vi phạm và vai trò của người đại diện theo pháp luật trong việc tổ chức, ký duyệt và điều hành hệ thống kế toán.

Căn cứ pháp lý:

• Theo Điều 26 Luật Kế toán 2015 (mở, ghi, khóa và lưu trữ sổ kế toán), doanh nghiệp phải ghi sổ kế toán trung thực, đầy đủ, đúng chứng từ và chịu trách nhiệm về tính chính xác của sổ sách. Người đại diện theo pháp luật là một trong những người phải ký và chịu trách nhiệm trên sổ kế toán.
• Theo quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực kế toán tại Điều 9 Nghị định 41/2018/NĐ-CP, hành vi làm sai lệch sổ sách kế toán, không phản ánh đúng thực tế hoặc cố ý ghi chép không trung thực có thể bị xử phạt tiền và áp dụng biện pháp khắc phục.

Trường hợp doanh nghiệp tồn tại hai hệ thống sổ sách:

• Nếu người đại diện theo pháp luật biết và chấp thuận hoặc chỉ đạo thực hiện, có thể bị xử phạt hành chính và xem xét trách nhiệm liên quan đến hành vi vi phạm kế toán và thuế
• Nếu người này không trực tiếp thực hiện nhưng thiếu kiểm soát trong quản lý, vẫn có thể bị xem xét trách nhiệm quản lý trong phạm vi chức trách
• Nếu hành vi dẫn đến trốn thuế hoặc gây hậu quả nghiêm trọng, có thể bị xem xét trách nhiệm nặng hơn theo quy định pháp luật hình sự tùy từng trường hợp cụ thể

Người đại diện theo pháp luật có thể bị liên đới trách nhiệm nếu doanh nghiệp tồn tại hai hệ thống sổ sách, đặc biệt khi có yếu tố chỉ đạo, đồng ý hoặc thiếu kiểm soát dẫn đến sai phạm về kế toán và thuế.

4. Có trường hợp nào doanh nghiệp không bị xử phạt dù tồn tại hai hệ thống sổ sách không?

Có, nhưng rất hẹp và phải chứng minh được yếu tố hợp pháp và không làm sai lệch nghĩa vụ thuế. Về nguyên tắc, pháp luật kế toán chỉ cho phép doanh nghiệp một hệ thống sổ kế toán cho mỗi kỳ kế toán năm theo Điều 25 Luật Kế toán 2015. Vì vậy, việc “hai hệ thống sổ sách” thường bị xem là dấu hiệu rủi ro vi phạm. Tuy nhiên, doanh nghiệp có thể không bị xử phạt trong một số trường hợp sau:

Thứ nhất, trường hợp chỉ là hệ thống sổ phụ phục vụ quản trị nội bộ (ví dụ: theo dõi chi tiết theo sản phẩm, dự án, cửa hàng), nhưng:

• Không dùng để thay thế sổ kế toán chính thức
• Không dùng để kê khai thuế
• Số liệu vẫn được tổng hợp đầy đủ vào sổ kế toán chính thức theo Điều 24 và Điều 26 Luật Kế toán 2015

Thứ hai, trường hợp ghi chép song song trong giai đoạn chuyển đổi hệ thống kế toán, ví dụ:

• Chuyển phần mềm kế toán
• Chuyển đổi hình thức sổ sách. Nhưng cuối cùng chỉ chốt và lưu một hệ thống sổ hợp pháp đúng quy định

Thứ ba, trường hợp hai bộ dữ liệu nhưng không có hành vi gian lận, và khi kiểm tra:

• Sổ kế toán chính thức vẫn đầy đủ, hợp lệ
• Không làm sai lệch doanh thu, chi phí, nghĩa vụ thuế

Doanh nghiệp chỉ không bị xử phạt khi “hai hệ thống sổ sách” thực chất chỉ là sổ quản trị nội bộ hoặc dữ liệu tạm thời, không làm thay đổi số liệu kế toán và nghĩa vụ thuế theo Luật Kế toán 2015.

5. Làm thế nào để xây dựng hệ thống sổ sách kế toán minh bạch, đúng quy định?

Để xây dựng hệ thống sổ sách kế toán minh bạch, đúng quy định, doanh nghiệp cần tuân thủ đầy đủ các nguyên tắc về mở sổ, ghi sổ, khóa sổ và lưu trữ sổ kế toán theo Điều 24 và Điều 26 Luật Kế toán 2015.

Trước hết, doanh nghiệp phải xây dựng một hệ thống sổ kế toán thống nhất trong kỳ kế toán năm, căn cứ theo hệ thống sổ do Bộ Tài chính hướng dẫn theo Điều 25 Luật Kế toán 2015. Hệ thống sổ này phải phản ánh đầy đủ toàn bộ nghiệp vụ kinh tế, tài chính phát sinh.

Trong quá trình ghi sổ, doanh nghiệp cần đảm bảo:

• Ghi sổ căn cứ trên chứng từ kế toán hợp pháp, đúng thời điểm phát sinh nghiệp vụ
• Thông tin phải chính xác, trung thực, liên tục, không tẩy xóa hoặc ghi chồng
• Sổ kế toán phải thể hiện đầy đủ các nội dung như: ngày chứng từ, nội dung nghiệp vụ, số tiền, số dư đầu kỳ và cuối kỳ theo Điều 24 Luật Kế toán 2015

Về quản lý và kiểm soát:

• Thực hiện khóa sổ đúng thời hạn, đặc biệt là cuối kỳ kế toán trước khi lập báo cáo tài chính theo Điều 26 Luật Kế toán 2015
• Phân rõ trách nhiệm của kế toán viên, kế toán trưởng và người đại diện theo pháp luật trong việc kiểm tra và ký duyệt sổ sách
• Nếu sử dụng phần mềm kế toán, phải đảm bảo dữ liệu được lưu trữ an toàn, có khả năng tra cứu và in ra khi cần

Một hệ thống sổ sách kế toán minh bạch phải được xây dựng thống nhất, ghi chép dựa trên chứng từ hợp pháp, kiểm soát chặt chẽ trách nhiệm và tuân thủ đúng Điều 24, Điều 25 và Điều 26 Luật Kế toán 2015.

V. Tại sao nên tìm luật sư tư vấn ở NPLaw khi có vấn đề về hai hệ thống sổ sách

Khi doanh nghiệp liên quan đến hai hệ thống sổ sách, rủi ro pháp lý thường kéo theo cả kế toán và thuế, đặc biệt theo Luật Kế toán 2015 và Luật Quản lý thuế 2025.

Luật sư tại NPLaw giúp doanh nghiệp rà soát hệ thống sổ sách, phát hiện sai lệch, đánh giá rủi ro truy thu thuế và xử phạt, đồng thời hướng dẫn điều chỉnh và giải trình khi làm việc với cơ quan thuế.

Trên đây là các thông tin mang tính tham khảo, Quý khách hàng cần tư vấn chi tiết về trường hợp cụ thể, vui lòng liên hệ cho Hãng luật NPLaw để được tư vấn ngay.