Hướng dẫn kê khai thuế TNDN từ chuyển nhượng dự án bất động sản theo đúng quy định pháp luật

Hãng luật NPLaw nhận thấy, do tính chất phức tạp của dòng tiền và quy định pháp luật đan xen, rất nhiều doanh nghiệp đang lúng túng hoặc vô tình vi phạm trong việc kê khai và nộp thuế TNDN từ chuyển nhượng dự án bất động sản. Bài viết dưới đây sẽ phân tích chuyên sâu về chủ đề này nhằm giúp các tổ chức kinh doanh phòng tránh tối đa các rủi ro pháp lý.

I. Những rủi ro pháp lý tiềm ẩn khi doanh nghiệp kê khai giá trị thuế TNDN từ chuyển nhượng dự án bất động sản thấp hơn giá trị thực tế của thị trường?

Hành vi cố tình hạ thấp giá trị giao dịch trên hợp đồng so với giá trị thực tế thanh toán nhằm mục đích giảm số thuế phải nộp là một vi phạm nghiêm trọng. Khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, kiểm tra và phát hiện doanh nghiệp kê khai giá trị thuế TNDN từ chuyển nhượng dự án bất động sản thấp hơn giá thị trường, rủi ro pháp lý đầu tiên doanh nghiệp phải đối mặt là bị cơ quan thuế ấn định số thuế phải nộp theo quy định tại khoản 2 Điều 24 Luật Quản lý thuế 2025. Tiếp đó, doanh nghiệp sẽ bị truy thu toàn bộ số thuế TNDN từ chuyển nhượng dự án bất động sản còn thiếu, đồng thời phải chịu tính tiền chậm nộp với mức 0,03%/ngày theo điểm a khoản 2 Điều 16 Luật Quản lý thuế 2025.

Nghiêm trọng hơn, nếu hành vi này có dấu hiệu cố ý dàn dựng hồ sơ, công ty sẽ bị xử phạt vi phạm hành chính về hành vi trốn thuế với mức phạt từ 1 đến 3 lần số thuế trốn theo Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Trong trường hợp số tiền thuế trốn từ 100.000.000 đồng trở lên, cả pháp nhân thương mại và cá nhân lãnh đạo doanh nghiệp đều có thể bị khởi tố hình sự về Tội trốn thuế theo Điều 200 Bộ luật Hình sự 2015 (được sửa đổi bởi Điểm a Khoản 47 Điều 1 Luật sửa đổi Bộ luật Hình sự 2017). Những án phạt này không chỉ làm tiêu hao tài chính khổng lồ mà còn tàn phá uy tín, danh dự và cơ hội kinh doanh của tổ chức.

Tóm lại, việc kê khai sai lệch giá trị chuyển nhượng là một ván cược pháp lý mà doanh nghiệp nắm chắc phần thua, tiềm ẩn hậu quả nặng nề từ hành chính đến hình sự.

II. Tìm hiểu chi tiết về thuế TNDN từ chuyển nhượng dự án bất động sản

Để có thể thực hiện đúng nghĩa vụ, doanh nghiệp cần nắm vững các khái niệm cơ bản, đối tượng áp dụng và cách thức cơ quan chức năng phân loại các hành vi vi phạm pháp luật thuế.

1. Thế nào là thu nhập từ chuyển nhượng dự án bất động sản và đối tượng nào phải chịu thuế theo quy định hiện hành?

Căn cứ theo điểm b khoản 2 Điều 3 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 và Điều 15 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, thu nhập từ chuyển nhượng dự án bất động sản thuộc trường hợp thu nhập chịu thuế TNDN, không bao gồm thu nhập chuyển nhượng bất động sản của doanh nghiệp kinh doanh bất động sản. Loại thu nhập này bao gồm thu nhập từ việc chuyển nhượng toàn bộ hoặc một phần dự án đầu tư xây dựng gắn với chuyển quyền sử dụng đất, quyền thuê đất; chuyển nhượng quyền sử dụng đất, quyền thuê đất của dự án,…. 

Theo khoản 4 Điều 16 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, mức thuế suất áp dụng cho loại thu nhập này là 20% và phải được hạch toán kê khai nộp thuế riêng, không được bù trừ với lỗ của các hoạt động sản xuất kinh doanh khác (trừ một số trường hợp cụ thể theo Luật hiện hành).

Vì vậy, mọi doanh nghiệp khi có giao dịch chuyển giao dự án đều phải chịu sự điều chỉnh khắt khe của chế định pháp luật này.

2. Sự khác biệt về hậu quả pháp lý giữa lỗi "sai sót nghiệp vụ kế toán" và hành vi "cố ý dàn dựng hồ sơ giả tạo" để trốn thuế dự án?

Việc phân biệt về hậu quả pháp lý giữa lỗi “sai sót nghiệp vụ kế toán” và hành vi “cố ý dàn dựng hồ sơ giả tạo” để trốn thuế dự án là ranh giới quyết định mức độ nghiêm trọng của hình phạt:

Vì thế, tính minh bạch và trung thực trong công tác lập chứng từ là yếu tố cốt lõi giúp doanh nghiệp tránh được các cáo buộc cố ý phạm tội.

3. Cách xác định thời điểm ghi nhận doanh thu để tính thuế khi chuyển nhượng dự án theo từng giai đoạn?

Căn cứ theo điểm b khoản 1 Điều 17 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, thời điểm xác định doanh thu tính thuế là thời điểm bên bán bàn giao bất động sản cho bên mua, không phụ thuộc việc bên mua đã đăng ký quyền sở hữu tài sản, quyền sử dụng đất, xác lập quyền sử dụng đất tại cơ quan nhà nước có thẩm quyền. Trong trường hợp doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư cơ sở hạ tầng, nhà để chuyển nhượng hoặc cho thuê, có thu tiền ứng trước của khách hàng theo tiến độ dưới mọi hình thức thì thời điểm xác định doanh thu tính thuế thu nhập doanh nghiệp tạm nộp là thời điểm thu tiền của khách hàng.

Vì vậy, việc xác định đúng thời điểm ghi nhận doanh thu trong hoạt động chuyển nhượng dự án bất động sản có ý nghĩa đặc biệt quan trọng đối với nghĩa vụ kê khai và nộp thuế TNDN của doanh nghiệp.

4. Thế nào là "giá chuyển nhượng không phù hợp với giá thị trường" theo đánh giá của cơ quan thuế?

Căn cứ điểm e.4 khoản 6 Điều 10 Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định giá trị quyền sử dụng đất được xác định theo giá ghi trên hợp đồng mua bất động sản (tài sản) phù hợp với giá thị trường nhưng không được thấp hơn giá đất tại bảng giá đất do Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương quy định tại thời điểm mua tài sản.

Căn cứ theo điểm e khoản 2 Điều 24 Luật Quản lý thuế 2025 quy định trường hợp  mua, bán, trao đổi và hạch toán, kê khai thuế theo giá trị hàng hóa, dịch vụ không đúng với giá thực tế thanh toán hoặc không theo giá trị giao dịch thông thường trên thị trường làm giảm nghĩa vụ nộp thuế phải ấn định thuế của cơ quan thuế. 

Từ 02 căn cứ trên có thể hiểu Giá chuyển nhượng không phù hợp với giá thị trường là trường hợp giá ghi trên hợp đồng chuyển nhượng dự án thấp hơn giá trị thực tế phổ biến trên thị trường tại thời điểm chuyển nhượng. Cơ quan thuế sẽ sử dụng cơ sở dữ liệu quốc gia, tham khảo giá của các dự án tương đương trong cùng khu vực, hoặc dựa trên bảng giá đất do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quy định, kết hợp với chi phí đầu tư hạ tầng để xác định lại. Nếu có sự chênh lệch lớn và bất hợp lý mà doanh nghiệp không giải trình được, cơ quan thuế có thẩm quyền bác bỏ giá trị trên hợp đồng và tiến hành ấn định lại mức giá tính thuế.

Tóm lại, giá trị giao dịch phải phản ánh đúng quy luật cung cầu thực tế, không thể tự ý định giá thấp nhằm qua mặt các cơ quan thanh tra tài chính.

III. Hệ thống quy định pháp luật liên quan đến thuế TNDN từ chuyển nhượng dự án bất động sản

Hành lang pháp lý hiện hành đã thiết lập các quy chuẩn rất chi tiết về thủ tục hành chính, nguyên tắc tính thuế cũng như các chế tài nghiêm khắc đối với tổ chức vi phạm.

1. Quy trình kê khai thuế theo từng lần phát sinh chuyển nhượng dự án thực hiện như thế nào?

Căn cứ điểm e khoản 4 Điều 8 Nghị định 126/2020/NĐ-CP quy định Thuế thu nhập doanh nghiệp đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản của người nộp thuế áp dụng theo phương pháp tỷ lệ trên doanh thu theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp thuộc trường hợp khai thuế theo từng lần phát sinh. Bên cạnh đó, theo điểm c khoản 1 Điều 11 Nghị định 126/2020/NĐ-CP địa điểm khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản của dự án đầu tư cơ sở hạ tầng, nhà để chuyển nhượng (bao gồm cả trường hợp có thu tiền ứng trước của khách hàng theo tiến độ) tại nơi có hoạt động chuyển nhượng bất động sản. 

Về trình tự cụ thể như sau: 

• Doanh nghiệp nộp hồ sơ khai thuế theo Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP
• Thời hạn nộp hồ sơ chậm nhất là ngày thứ 10 kể từ ngày phát sinh nghĩa vụ thuế (ngày ký kết biên bản bàn giao dự án). Nếu trụ sở chính của doanh nghiệp nằm ở tỉnh khác so với nơi có dự án, doanh nghiệp phải khai, nộp tiền thuế tại nơi có dự án và tổng hợp vào hồ sơ quyết toán năm tại trụ sở chính.

Kết luận lại, việc nắm vững thủ tục và nộp hồ sơ đúng thời hạn, đúng cơ quan quản lý là bước bắt buộc để tránh bị tính tiền chậm nộp.

2. Các Nghị định, Thông tư hướng dẫn chi tiết về việc xác định doanh thu và chi phí được trừ đối với dự án bất động sản?

Hiện tại, việc xác định doanh thu và chi phí được trừ đối với hoạt động chuyển nhượng dự án bất động sản được hệ thống pháp luật quy định vô cùng chặt chẽ nhằm đảm bảo tính minh bạch và tránh thất thu ngân sách. Cụ thể, doanh nghiệp cần bám sát các cơ sở pháp lý sau:

• Nghị định 320/2025/NĐ-CP (hướng dẫn Luật Thuế TNDN): Căn cứ theo khoản 3 Điều 16, thu nhập chịu thuế từ chuyển nhượng dự án được xác định bằng doanh thu thu được từ hoạt động chuyển nhượng trừ đi giá vốn của dự án và các khoản chi phí được trừ liên quan trực tiếp.
• Nghị định 126/2020/NĐ-CP (hướng dẫn Luật Quản lý thuế): Căn cứ theo điểm e khoản 4 Điều 8, văn bản này thiết lập nguyên tắc kê khai thuế TNDN theo từng lần phát sinh đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản. Theo đó, doanh nghiệp bắt buộc phải xác định và ghi nhận doanh thu tính thuế ngay tại thời điểm bàn giao dự án hợp pháp, không phụ thuộc vào tiến độ khách hàng đã thanh toán đủ tiền hay chưa.
• Thông tư 20/2026/TT-BTC (hướng dẫn Luật thuế TNDN và Nghị định 320/2025/NĐ-CP): quy định về chi phí được trừ. Theo đó, chi phí được trừ là những chi phí thực tế phát sinh liên quan trực tiếp đến dự án chuyển nhượng, có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Các chi phí này bao gồm tiền sử dụng đất, chi phí đền bù giải phóng mặt bằng, chi phí đầu tư hạ tầng và các chi phí quản lý dự án khác.

Vì vậy, việc thu thập và lưu trữ hệ thống chứng từ kế toán đúng chuẩn theo hướng dẫn của các Nghị định, Thông tư này là bằng chứng sống còn để tối ưu hóa số thuế phải nộp.

3. Khung hình phạt hành chính đối với các hành vi chậm kê khai, khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp?

Căn cứ theo Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP quy định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn, các khung phạt được phân định rất rõ ràng. Nếu nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn, doanh nghiệp có thể bị phạt tiền từ 2.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng. Điều 16 Nghị định này cũng quy định đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp, mức phạt là 20% trên số tiền thuế thiếu. 

Trong trường hợp hành vi bị kết luận là trốn thuế nhưng chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự, mức phạt dao động từ 1 đến 3 lần số tiền thuế trốn, tùy thuộc vào số lượng tình tiết tăng nặng hoặc giảm nhẹ theo Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Kèm theo đó, doanh nghiệp bắt buộc phải nộp đủ số tiền thuế truy thu và tiền chậm nộp.

Tóm lại, chế tài hành chính về thuế được thiết kế theo hướng đánh mạnh vào lợi ích kinh tế nhằm răn đe triệt để các hành vi gian lận.

4. Những trường hợp nào doanh nghiệp được xem xét giảm nhẹ mức phạt khi vi phạm quy định về thuế dự án?

Căn cứ theo Điều 9 Luật Xử lý vi phạm hành chính 2012 (sửa đổi, bổ sung 2020) và Điều 6 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (được sửa đổi bởi Khoản 4 Điều 1 Nghị định 310/2025/NĐ-CP), doanh nghiệp có thể được hưởng tình tiết giảm nhẹ nếu: 

• Người vi phạm đã ngăn chặn, làm giảm bớt hậu quả của vi phạm 
• Tự nguyện khắc phục hậu quả, bồi thường thiệt hại (tự giác nộp đủ số thuế thiếu trước khi cơ quan thuế lập biên bản); 
• Vi phạm do ép buộc hoặc bị lệ thuộc; 
• Vi phạm trong hoàn cảnh đặc biệt khó khăn. 

Mỗi tình tiết giảm nhẹ sẽ là cơ sở để cơ quan thuế xem xét giảm mức phạt tiền xuống ngưỡng thấp hơn trong khung hình phạt (ví dụ giảm từ phạt 1,5 lần xuống còn 1 lần số thuế trốn).

Vì thế, thái độ hợp tác và sự chủ động khắc phục hậu quả của doanh nghiệp luôn được pháp luật ghi nhận để khoan hồng.

IV. Giải đáp thắc mắc thường gặp về thuế TNDN từ chuyển nhượng dự án bất động sản

Trong quá trình đồng hành cùng doanh nghiệp, NPLaw thường xuyên ghi nhận những vấn đề vướng mắc phức tạp về thẩm quyền của cơ quan nhà nước cũng như trách nhiệm liên đới của cá nhân.

1. Cơ quan điều tra có quyền tạm đình chỉ giao dịch chuyển nhượng dự án nếu có nghi vấn về trốn thuế không?

Cơ quan điều tra có quyền áp dụng các biện pháp ngăn chặn và cưỡng chế nếu có căn cứ xác định giao dịch chuyển nhượng dự án có dấu hiệu tội phạm trốn thuế nghiêm trọng. Dù pháp luật không dùng thuật ngữ "tạm đình chỉ giao dịch", nhưng cơ quan điều tra có quyền áp dụng Biện pháp kê biên tài sản (Điều 128 Bộ luật tố tụng hình sự 2015) và Phong tỏa tài khoản (Điều 129 Bộ luật tố tụng hình sự 2015) để ngăn chặn việc tẩu tán tiền thanh toán, hoặc phối hợp với cơ quan quản lý đất đai ra quyết định tạm dừng các thủ tục sang tên, đăng ký biến động đối với dự án bất động sản đó nhằm phục vụ công tác điều tra và bảo đảm thi hành án.

Vì thế, mọi giao dịch mờ ám đều có nguy cơ bị áp dụng biện pháp tạm đình chỉ giao dịch và lọt vào tầm ngắm của cơ quan bảo vệ pháp luật.

2. Toàn bộ quyền sử dụng đất và tài sản trên đất của dự án có bị kê biên để đảm bảo thi hành nghĩa vụ thuế không?

Căn cứ theo khoản 3 Điều 128 Bộ luật Tố tụng Hình sự 2015 về biện pháp kê biên tài sản, nguyên tắc kê biên là chỉ kê biên phần tài sản tương ứng với mức có thể bị phạt tiền, bị tịch thu hoặc phải bồi thường thiệt hại (ở đây là số tiền thuế trốn và tiền phạt). Do đó, nếu giá trị của dự án bất động sản lớn hơn rất nhiều so với nghĩa vụ thuế đang bị điều tra, cơ quan chức năng không được phép kê biên toàn bộ dự án, mà chỉ kê biên một phần hoặc các tài sản khác tương đương. Việc lạm quyền kê biên vượt quá giá trị nghĩa vụ là vi phạm tố tụng. Tuy nhiên, trong thực tiễn, do tính chất toàn vẹn của một dự án, việc kê biên pháp lý thường gây ảnh hưởng đến tính thanh khoản của toàn bộ dự án đó.

Vì vậy, doanh nghiệp cần chủ động rà soát nghĩa vụ thuế, chuẩn bị hồ sơ chứng minh giá trị tài sản và có chiến lược pháp lý phù hợp để bảo vệ quyền lợi hợp pháp của mình trong quá trình điều tra, xử lý vụ việc.

3. Tại sao cùng một số tiền thuế trốn, nhưng doanh nghiệp bất động sản lại bị xử lý nặng hơn các ngành nghề khác?

Về vấn đề này, hiện nay chưa có quy định cụ thể về vấn đề phân biệt đối xử hay áp dụng mức phạt nặng hơn riêng cho ngành bất động sản so với các ngành nghề kinh doanh khác trong hệ thống pháp luật hình sự hay hành chính. Căn cứ theo Điều 200 Bộ luật Hình sự 2015, khung hình phạt tội trốn thuế phụ thuộc duy nhất vào số tiền thuế trốn và yếu tố tái phạm, không phụ thuộc vào lĩnh vực kinh doanh. Sở dĩ có cảm giác doanh nghiệp bất động sản bị xử lý nặng hơn là do giá trị giao dịch của dự án bất động sản thường rất khổng lồ. Chỉ cần khai sai một tỷ lệ nhỏ, số tiền thuế trốn đã dễ dàng vượt qua ngưỡng hàng chục, hàng trăm tỷ đồng, dẫn đến việc bị áp dụng các khung hình phạt kịch trần (như phạt tiền đến 10 tỷ đồng hoặc đình chỉ hoạt động vĩnh viễn đối với pháp nhân). Tóm lại, luật pháp luôn công bằng, mức độ nghiêm khắc tỷ lệ thuận với quy mô thiệt hại gây ra cho ngân sách nhà nước.

4. Làm thế nào để tách biệt trách nhiệm cá nhân của lãnh đạo và trách nhiệm tài chính của pháp nhân công ty?

Căn cứ theo điểm c khoản 1 Điều 74 Bộ luật Dân sự 2015, pháp nhân có tài sản độc lập với cá nhân và chịu trách nhiệm bằng tài sản của mình. Về mặt tài chính, nghĩa vụ nộp thuế TNDN, nộp tiền phạt vi phạm hành chính là trách nhiệm của công ty (pháp nhân). Tuy nhiên, về mặt trách nhiệm hình sự, căn cứ theo khoản 2 Điều 75 Bộ luật Hình sự 2015, việc pháp nhân thương mại chịu trách nhiệm hình sự không loại trừ trách nhiệm hình sự của cá nhân. Giám đốc, Kế toán trưởng - những người trực tiếp chỉ đạo, thực hiện hành vi trốn thuế - vẫn phải đối mặt với án phạt tù với tư cách cá nhân, độc lập với việc công ty bị phạt tiền. Vì vậy, lãnh đạo doanh nghiệp không thể dùng vỏ bọc công ty TNHH hay Cổ phần để trốn tránh trách nhiệm cá nhân trước pháp luật hình sự.

5. Thời gian tạm giữ điều tra các vụ án thuế bất động sản thường kéo dài bao lâu?

Căn cứ theo Điều 118 và Điều 173 Bộ luật Tố tụng Hình sự 2015, thời hạn tạm giữ không quá 03 ngày kể từ khi cơ quan điều tra tiến hành một số hoạt động điều tra. Trong trường hợp cần thiết, người ra quyết định tạm giữ có thể gia hạn tạm giữ nhưng không quá 03 ngày; đồng thời có thể gia hạn thêm lần thứ hai tối đa 03 ngày trong trường hợp đặc biệt hoặc vụ án có tính chất nghiêm trọng.. 

Kết luận lại, việc vướng vào vòng lao lý vì tội phạm kinh tế sẽ lấy đi khoảng thời gian tự do rất lớn của những cá nhân vi phạm.

V. Bạn đang gặp vấn đề liên quan đến thuế TNDN từ chuyển nhượng dự án bất động sản nhưng chưa biết cách xử lý, hãy liên hệ NPLaw ngay hôm nay để được hỗ trợ kịp thời.

Để bảo vệ tối đa quyền lợi hợp pháp và lợi ích tài chính của doanh nghiệp, việc đồng hành cùng một hãng luật chuyên nghiệp là giải pháp an toàn và hiệu quả nhất.

Đội ngũ luật sư, chuyên gia pháp lý và chuyên gia thuế tại NPLaw với nhiều năm kinh nghiệm thực chiến cam kết sẽ hỗ trợ doanh nghiệp rà soát toàn bộ hồ sơ, tư vấn cấu trúc giao dịch hợp pháp để tối ưu hóa tiền thuế, và đại diện doanh nghiệp làm việc trực tiếp với các cơ quan quản lý nhà nước. Hãy để NPLaw trở thành lá chắn pháp lý vững chắc cho dự án của bạn.

Trên đây là các thông tin mang tính tham khảo, Quý khách hàng cần tư vấn chi tiết về trường hợp cụ thể, vui lòng liên hệ cho Hãng luật NPLaw để được tư vấn ngay.