Những vấn đề liên quan đến tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế

Tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế là vấn đề pháp lý thường phát sinh trong quá trình quản lý, hạch toán và phân bổ nghĩa vụ tài chính trong mô hình doanh nghiệp có quan hệ sở hữu. Các tranh chấp này không chỉ liên quan đến việc xác định chủ thể chịu trách nhiệm nộp thuế mà còn chịu sự điều chỉnh của pháp luật thuế, pháp luật doanh nghiệp và các quy định về giao dịch liên kết. Việc nhận diện đúng bản chất pháp lý và cơ sở pháp luật áp dụng có ý nghĩa quan trọng trong việc phòng ngừa rủi ro và bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của các bên liên quan.

I. Thực trạng tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế trong giai đoạn hiện nay

Trong những năm gần đây, cùng với xu hướng mở rộng quy mô hoạt động, đa dạng hóa ngành nghề và tái cấu trúc theo mô hình tập đoàn, mối quan hệ giữa công ty mẹ và công ty con ngày càng trở nên phức tạp, kéo theo nhiều tranh chấp phát sinh liên quan đến nghĩa vụ thuế. Thực tiễn cho thấy, các tranh chấp này thường bắt nguồn từ việc phân định chưa rõ ràng trách nhiệm kê khai, nộp và quyết toán thuế giữa các pháp nhân trong cùng một hệ thống doanh nghiệp, đặc biệt đối với các khoản thuế liên quan đến giao dịch nội bộ, chi phí chuyển giá, phân bổ lợi nhuận và nghĩa vụ thuế phát sinh từ hoạt động xuyên biên giới.

Bên cạnh đó, trong nhiều tập đoàn, công ty mẹ giữ vai trò điều hành tài chính, quyết định chiến lược kinh doanh và kiểm soát dòng tiền, trong khi công ty con là pháp nhân trực tiếp thực hiện hoạt động sản xuất, kinh doanh và đứng tên nghĩa vụ thuế với cơ quan thuế. Sự không đồng nhất giữa quyền kiểm soát thực tế và trách nhiệm pháp lý độc lập của từng doanh nghiệp đã dẫn đến mâu thuẫn khi xảy ra truy thu, ấn định thuế hoặc xử phạt vi phạm hành chính về thuế. Không ít trường hợp công ty con cho rằng nghĩa vụ thuế phát sinh do chỉ đạo hoặc chính sách tài chính từ công ty mẹ, trong khi công ty mẹ lại phủ nhận trách nhiệm trực tiếp do nguyên tắc pháp nhân độc lập.

Ngoài ra, việc cơ quan thuế ngày càng tăng cường thanh tra, kiểm tra đối với các doanh nghiệp có giao dịch liên kết, áp dụng chặt chẽ các quy định về quản lý thuế, chống chuyển giá và minh bạch hóa hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết cũng khiến nguy cơ phát sinh tranh chấp nội bộ doanh nghiệp gia tăng. Khi các khoản thuế bị truy thu với giá trị lớn, áp lực tài chính và trách nhiệm pháp lý đã làm bộc lộ rõ những bất cập trong cơ chế quản trị thuế nội bộ giữa công ty mẹ và công ty con, từ đó dẫn đến tranh chấp kéo dài, ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động sản xuất kinh doanh và uy tín của toàn bộ tập đoàn

II. Tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế là gì?

Nhằm tránh xảy ra các tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế cần hiểu được rõ thế nào là tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế cũng như các trường hợp dẫn đến tranh chấp này.

1. Khái niệm về tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế

Tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế có thể được hiểu đơn giản là mâu thuẫn phát sinh giữa hai chủ thể trong cùng một tập đoàn liên quan đến việc xác định ai có trách nhiệm kê khai, nộp, hoặc chịu trách nhiệm đối với các khoản thuế phát sinh trong quá trình hoạt động kinh doanh.

2. Các trường hợp dẫn đến tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế

Dưới đây là các trường hợp dẫn đến tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế:

• Không phân định rõ trách nhiệm kê khai và nộp thuế: Khi hợp đồng nội bộ hoặc quy chế quản lý tập đoàn không xác định cụ thể đơn vị chịu nghĩa vụ thuế, dễ phát sinh tranh chấp khi có truy thu hoặc xử phạt.
• Công ty mẹ chi phối hoạt động làm ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế của công ty con: Việc chỉ đạo về giá chuyển nhượng, chi phí, doanh thu… có thể khiến công ty con bị điều chỉnh thuế, từ đó phát sinh mâu thuẫn về người chịu trách nhiệm.
• Giao dịch liên kết không minh bạch: Các giao dịch nội bộ thiếu căn cứ, không tuân thủ quy định về kê khai giao dịch liên kết dẫn đến rủi ro về thuế, kéo theo tranh chấp giữa các bên.
• Cơ quan thuế truy thu hoặc yêu cầu giải trình:  Khi cơ quan thuế xác định có sai phạm, công ty mẹ và công ty con có thể không thống nhất về chủ thể phải chịu khoản truy thu, tiền phạt hoặc tiền chậm nộp.
• Chia sẻ nguồn lực tài chính chung:Việc công ty mẹ bảo lãnh vay, điều chuyển vốn hoặc hỗ trợ tài chính có thể làm mờ ranh giới trách nhiệm thuế giữa hai bên.

Tóm lại, các tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế chủ yếu bắt nguồn từ việc phân định trách nhiệm không rõ ràng và quản trị giao dịch nội bộ thiếu minh bạch.

3. Cách giải quyết khi xảy ra tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế

Khi tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế xảy ra có thể áp dụng các cách sau đây để giải quyết:

• Rà soát nghĩa vụ thuế: Các bên cần đối chiếu lại nghĩa vụ kê khai và nộp thuế của từng công ty 
• Kiểm tra giao dịch liên kết: Đối chiếu hồ sơ giao dịch liên kết để xem nghĩa vụ thuế phát sinh từ hoạt động nội bộ thuộc về bên nào.
• Thương lượng và hòa giải nội bộ: Đây là bước ưu tiên nhằm giảm thiểu chi phí và thời gian. Ban lãnh đạo hoặc bộ phận pháp chế hai bên cần làm việc trực tiếp để thống nhất phương án xử lý.
• Tham vấn chuyên gia hoặc luật sư thuế: Trường hợp nội bộ không đạt được thỏa thuận, doanh nghiệp nên nhờ luật sư hoặc chuyên gia thuế đánh giá rủi ro, xác định chủ thể chịu nghĩa vụ, và đề xuất hướng xử lý phù hợp pháp luật.
• Làm việc với cơ quan thuế để làm rõ nghĩa vụ: Khi có nghi vấn hoặc phát sinh truy thu, công ty mẹ và công ty con nên phối hợp cung cấp thông tin, giải trình minh bạch và đề nghị hướng dẫn về nghĩa vụ của từng bên.

• Giải quyết tranh chấp qua tòa án hoặc trọng tài nếu nội bộ không thể hòa giải: Nếu giữa công ty mẹ và công ty con không đạt được thỏa thuận, hoặc tranh chấp nghiêm trọng có thể khởi kiện tại tòa án hoặc đưa ra trọng tài nếu có thỏa thuận. Luật hiện hành không cấm các pháp nhân độc lập kiện nhau để phân định trách nhiệm pháp lý, bao gồm nghĩa vụ thuế và các khoản tài chính liên quan.

Việc áp dụng giải quyết kịp thời sẽ giúp công ty mẹ và công ty con tránh được các rủi ro có thể xảy ra.

III. Quy định pháp luật liên quan đến tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế

Khi hoạt động nghĩa vụ thuế giữa công ty mẹ và công ty con xuất hiện xung đột để xử lý đúng và tránh rủi ro pháp lý, việc nắm chắc các quy định pháp luật điều chỉnh quan hệ này là yếu tố then chốt để tránh xảy ra tranh chấp cũng như có thể giải quyết tranh chấp kịp thời. 

1. Quy định liên quan khi giải quyết tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế

Khi giải quyết tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế tức là xác định nghĩa vụ thuế thuộc về chủ thể nào. Cho nên để có thể xác định được nghĩa vụ thuộc về ai cần nắm các quy định liên quan về: 

• Nghĩa vụ thuế của từng pháp nhân được xác định theo Luật Quản lý thuế 2019 sửa đổi bổ sung 2025 bao gồm nghĩa vụ kê khai – nộp thuế đúng hạn (Điều 16), xử lý chậm nộp, truy thu và xử phạt (Điều 59, 142). Cơ quan thuế có quyền kiểm tra – thanh tra và ấn định thuế (Điều 17, 99) khi phát hiện dấu hiệu sai phạm hoặc giao dịch không đúng bản chất.
• Đối với các giao dịch giữa công ty mẹ và công ty con, pháp luật áp dụng cơ chế giao dịch liên kết theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP, yêu cầu xác định giá giao dịch theo nguyên tắc giá thị theo Điều 1 và Điều 16, nếu có dấu hiệu chuyển giá, phân bổ chi phí nội bộ bất hợp lý hoặc chuyển lợi nhuận, cơ quan thuế có quyền điều chỉnh thu nhập chịu thuế và xử phạt quy định tại Điều 20.
• Ngoài ra, nghĩa vụ thuế còn được xác định theo các luật thuế chuyên ngành, như Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2008 được sửa đổi bổ sung 2023 (quy định chi phí được trừ, doanh thu tính thuế) và Luật Thuế giá trị gia tăng 2008 sửa đổi bổ sung 2023 (giá tính thuế trong giao dịch nội bộ). Luật Kế toán 2015 sửa đổi bổ sung 2024 hỗ trợ xác định bản chất giao dịch làm căn cứ xử lý trong tranh chấp.

Trên đây là các quy định liên quan đến việc giải quyết tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế cần nắm rõ.

2. Ai có thẩm quyền giải quyết tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế

Thẩm quyền giải quyết tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế được xác định theo tính chất của tranh chấp và cơ quan ban hành quyết định thuế:

• Cơ quan thuế – thẩm quyền ban đầu: Khi phát sinh tranh chấp về kê khai, truy thu, xử phạt thuế, thì cơ quan thuế là cơ quan đầu tiên có thẩm quyền xem xét và ra quyết định. Chi cục Thu / Cục Thuế kiểm tra, thanh tra, ấn định thuế, Tổng cục Thuế – Bộ Tài chính giải quyết khiếu nại lần hai nếu doanh nghiệp không đồng ý với quyết định của cơ quan thuế cấp dưới. (theo quy định tại Điều 17, 18, 33 Luật Khiếu nại 2011)
• Tòa án nhân dân – thẩm quyền cuối cùng: Nếu doanh nghiệp không đồng ý với quyết định giải quyết khiếu nại của cơ quan thuế, doanh nghiệp có quyền khởi kiện vụ án hành chính. Tòa án nhân dân cấp tỉnh nơi cơ quan thuế ra quyết định bị kiện có thẩm quyền giải quyết tranh chấp thuế. (theo quy định tại khoản 1 Điều 3 và khoản 1 Điều 30 BLTTHC 2015 sửa đổi bổ sung 2025)

Đối với tranh chấp chỉ liên quan đến nội bộ công ty ty mẹ và công ty con, không liên quan đến cơ quan thuế thì có thể chọn Trọng tài (Điều 2 và Điều 5 Luật Trọng tài thương mại 2010) hoặc Tòa án dân sự để giải quyết tranh chấp (Điều 26 và 30 BLTTDS 2015 sửa đổi bổ sung 2025)

Trường hợp tranh chấp không phải với cơ quan thuế mà giữa hai công ty về việc phân bổ nghĩa vụ thuế, chia chi phí, hoặc trách nhiệm nội bộ. Trọng tài thương mại nếu có thỏa thuận trọng tài hoặc Tòa án nhân dân theo quy định của Bộ luật Tố tụng dân sự 2015 sửa đổi bổ sung 2025.

3. Hậu quả nếu tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế không thể xử lý?

Nếu tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế không được xử lý dứt điểm, doanh nghiệp có thể đối mặt với nhiều hậu quả nghiêm trọng. 

• Cơ quan thuế có quyền ấn định và truy thu thuế Điều 50 Luật Quản lý thuế 2019 sửa đổi bổ sung 2025, phạt và tính tiền chậm nộp theo Điều 38 và 159 Luật Quản lý thuế 2019. Tiếp đó, trong trường hợp vi phạm kéo dài, tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp có thể bị cưỡng chế, phong tỏa và hóa đơn bị tạm ngừng sử dụng, gây gián đoạn nghiêm trọng tới hoạt động tài chính và kinh doanh.
• Việc thiếu thống nhất trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế có thể khiến cơ quan thuế mở rộng phạm vi thanh tra – kiểm tra đối với toàn bộ hệ thống mẹ – con, ảnh hưởng lớn đến thời gian, chi phí và tiến độ công việc của doanh nghiệp. Uy tín doanh nghiệp cũng bị ảnh hưởng đáng kể khi các đối tác, ngân hàng hoặc nhà đầu tư đánh giá doanh nghiệp có rủi ro trong tuân thủ thuế, từ đó hạn chế hợp tác hoặc cấp tín dụng.

• Trường hợp việc tranh chấp nghĩa vụ thuế giữa công ty mẹ và công ty con dẫn đến chậm nộp hồ sơ khai thuế, khai sai, khai thiếu nghĩa vụ thuế, không chấp hành quyết định xử lý của cơ quan thuế thì có thể bị xử phạt hành chính theo quy định tại Điều 13, 16, 18 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung 2025.
• Trong trường hợp có dấu hiệu trốn thuế hoặc gian lận thuế, cá nhân và pháp nhân liên quan có thể bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo Điều 200 Bộ luật Hình sự 2015 sửa đổi bổ sung 2025, dẫn đến hậu quả pháp lý đặc biệt nghiêm trọng.

Việc tranh chấp thuế kéo dài còn gây sai lệch trong báo cáo tài chính hợp nhất của công ty mẹ, ảnh hưởng trực tiếp tới kiểm toán và nghĩa vụ công bố thông tin, làm gia tăng rủi ro pháp lý và tài chính cho toàn tập đoàn.

IV. Giải đáp các thắc mắc liên quan tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế

Khi giải quyết tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế có thể gặp phải các thắc mắc liên quan sau:

1. Công ty mẹ có trách nhiệm gì đối với nghĩa vụ thuế của công ty con không?

Thông thường, công ty mẹ không phải chịu nghĩa vụ thuế thay công ty con vì mỗi công ty là một pháp nhân độc lập. Tuy nhiên, công ty mẹ có thể phải chịu trách nhiệm nếu:

• Có chỉ đạo dẫn đến vi phạm thuế;
• Có bảo lãnh nghĩa vụ tài chính cho công ty con;
• Có giao dịch liên kết vi phạm quy định;
• Sáp nhập hoặc hợp nhất công ty con (khi đó phải kế thừa nghĩa vụ thuế)

Như vậy công ty mẹ không phải chịu trách nhiệm đối với những nghĩa vụ thuế của công ty con trừ các trường hợp pháp luật quy định.

2. Khi xảy ra tranh chấp về nghĩa vụ thuế, công ty con có quyền kiện công ty mẹ không? Vì sao?

Công ty con được quyền kiện nếu có căn cứ rằng hành vi của công ty mẹ gây thiệt hại hoặc xâm phạm quyền, nghĩa vụ hợp pháp của công ty con, vì:

• Công ty mẹ và công ty con là hai pháp nhân độc lập theo Luật Doanh nghiệp theo Điều 74 và 195 Luật Doanh nghiệp 2025
• Nếu công ty mẹ có hành vi chỉ đạo sai, gây thiệt hại, ép buộc thực hiện giao dịch dẫn đến rủi ro thuế, hoặc vi phạm nghĩa vụ đã cam kết, công ty con có quyền khởi kiện để bảo vệ lợi ích của mình.
• Tranh chấp này được giải quyết theo pháp luật dân sự, thương mại (hợp đồng, quản trị doanh nghiệp) chứ không phải luật thuế.

Tóm lại, do công ty mẹ và công ty con là các pháp nhân độc lập, công ty con có quyền khởi kiện khi hành vi của công ty mẹ xâm phạm quyền, lợi ích hợp pháp hoặc gây thiệt hại cho mình. 

3. Tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con có thể dẫn đến những rủi ro tài chính nào?

Tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con có thể dẫn đến nhiều rủi ro tài chính, gồm:

• Bị truy thu, phạt và tính tiền chậm nộp thuế, làm tăng chi phí bất ngờ.
• Bị cưỡng chế tài chính (phong tỏa tài khoản, dừng hóa đơn), gây gián đoạn dòng tiền.
• Chi phí pháp lý, kiểm toán, tư vấn tăng cao do phải xử lý tranh chấp kéo dài.
• Gián đoạn hoạt động kinh doanh, doanh thu giảm do bị thanh tra – kiểm tra sâu rộng.
• Ảnh hưởng khả năng vay vốn, vì ngân hàng đánh giá doanh nghiệp có rủi ro tuân thủ.
• Suy giảm giá trị doanh nghiệp và uy tín, tác động đến nhà đầu tư và đối tác.
• Rủi ro hình sự nếu phát sinh dấu hiệu gian lận thuế, kéo theo tổn thất lớn cho tập đoàn.
• Sai lệch báo cáo tài chính hợp nhất, gây rủi ro về công bố thông tin và kiểm toán.

Các rủi ro trên nếu gặp phải đều sẽ gây ra thiệt hại cũng như ảnh hưởng nhất định đến công ty nên cần được tìm hiểu thật kỹ.

4. Làm thế nào để xác định được mức bồi thường nếu có tranh chấp về nghĩa vụ thuế?

Mức bồi thường trong tranh chấp về nghĩa vụ thuế giữa công ty mẹ và công ty con được xác định dựa trên thiệt hại thực tế phát sinh, gồm số thuế bị truy thu, tiền phạt, tiền chậm nộp và các chi phí pháp lý, kiểm toán liên quan. Đồng thời, phải chứng minh được mối quan hệ nhân quả giữa thiệt hại và hành vi của bên gây ra, cũng như xác định lỗi của bên đó.

Nếu trong điều lệ, quy chế nội bộ hoặc thỏa thuận giữa hai bên có quy định về trách nhiệm bồi thường thì mức bồi thường được áp dụng theo các quy định này, tuân theo nguyên tắc bồi thường toàn bộ thiệt hại tại Điều 585 Bộ luật Dân sự 2015.

5. Có thể có các biện pháp nào để điều chỉnh nghĩa vụ thuế giữa công ty mẹ và công ty con nhằm ngăn ngừa tranh chấp?

Để ngăn ngừa tranh chấp về nghĩa vụ thuế giữa công ty mẹ và công ty con, doanh nghiệp có thể áp dụng các biện pháp như xây dựng quy chế nội bộ rõ ràng về phân chia nghĩa vụ thuế, trách nhiệm kê khai và cơ chế phối hợp giữa hai bên.

Bên cạnh đó, cần thực hiện đầy đủ hồ sơ giao dịch liên kết và tuân thủ quy định về giá chuyển nhượng để tránh bị ấn định thuế. Doanh nghiệp cũng nên thống nhất quy trình lập, lưu trữ và đối chiếu chứng từ kế toán – thuế, cũng như thường xuyên rà soát rủi ro thuế trong toàn hệ thống.

Ngoài ra, việc tham khảo ý kiến chuyên gia thuế, kiểm toán độc lập hoặc ban kiểm soát nội bộ sẽ giúp phát hiện sớm sai sót và đảm bảo tính minh bạch, từ đó giảm nguy cơ phát sinh tranh chấp.

V. Bạn đang tìm một luật sư uy tín để giải quyết các vấn đề liên quan đến tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế?

Nếu bạn đang tìm một luật sư uy tín để xử lý tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế, Hãng luật NPLaw là lựa chọn đáng tin cậy. Với đội ngũ chuyên gia am hiểu sâu về quản trị doanh nghiệp và pháp luật thuế, Hãng luật NPLaw có thể tư vấn, đại diện làm việc với cơ quan thuế, giải quyết tranh chấp và bảo vệ quyền lợi tối đa cho doanh nghiệp.

Tóm lại, tranh chấp giữa công ty mẹ và công ty con về nghĩa vụ thuế không chỉ ảnh hưởng đến tài chính mà còn tác động mạnh đến uy tín, vận hành và chiến lược của toàn bộ hệ thống doanh nghiệp. Việc hiểu rõ trách nhiệm pháp lý, thiết lập cơ chế phối hợp minh bạch và chủ động xử lý rủi ro thuế là chìa khóa để ngăn ngừa xung đột. Khi cần, doanh nghiệp nên tìm đến sự hỗ trợ của chuyên gia pháp lý để đảm bảo quyền lợi và duy trì hoạt động ổn định, bền vững.

Trên đây là các thông tin mang tính tham khảo, Quý khách hàng cần tư vấn về trường hợp chi tiết cụ thể, vui lòng liên hệ cho Hãng luật NPLaw để được tư vấn ngay.