Thanh tra thuế là một trong những công cụ quan trọng giúp cơ quan thuế kiểm tra, giám sát việc chấp hành pháp luật thuế của tổ chức, cá nhân. Qua hoạt động thanh tra, các sai phạm về thuế được phát hiện và xử lý kịp thời, góp phần đảm bảo công bằng trong quản lý thuế, tăng thu ngân sách nhà nước và hỗ trợ môi trường kinh doanh minh bạch, lành mạnh. Bài viết dưới đây sẽ tập trung phân tích các quy định pháp luật cơ bản về thanh tra thuế, thời điểm, thời hạn thanh tra thuế và những câu hỏi thắc mắc liên quan đến vấn đề này.

I. Thực trạng doanh nghiệp bị thanh tra thuế hiện nay

Thực trạng doanh nghiệp bị thanh tra thuế tại Việt Nam hiện nay cho thấy một bức tranh phức tạp, với những nỗ lực đáng kể từ cơ quan thuế nhằm tăng cường quản lý và chống thất thu ngân sách, nhưng cũng tồn tại nhiều thách thức cần được giải quyết.

  • Số lượng và kết quả thanh tra thuế: Trong năm 2024, ngành thuế đã thực hiện 62.932 cuộc thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế và kiểm tra 525.792 lượt hồ sơ khai thuế tại cơ quan thuế. Tổng số tiền kiến nghị xử lý lên tới 62.726 tỷ đồng, trong đó bao gồm tăng thu 16.463 tỷ đồng, giảm khấu trừ 2.675 tỷ đồng và giảm lỗ 43.587 tỷ đồng. 
  • Nhóm doanh nghiệp bị thanh tra nhiều: 

Các doanh nghiệp thường xuyên bị thanh tra thuế thuộc các nhóm sau: Doanh nghiệp có giao dịch liên kết, đặc biệt là doanh nghiệp FDI báo lỗ nhiều năm nhưng vẫn mở rộng quy mô đầu tư, có dấu hiệu chuyển giá hoặc "lỗ giả, lãi thật" để né thuế. 

Doanh nghiệp có dấu hiệu gian lận, sử dụng hóa đơn bất hợp pháp hoặc có rủi ro cao về hoàn thuế.

Doanh nghiệp thuộc ngành nghề có rủi ro cao, như dầu khí, xăng dầu, điện lực, viễn thông, ngân hàng, bảo hiểm, chứng khoán, cho thuê tài chính, dược phẩm, bất động sản, xây dựng, kinh doanh chế tác vàng, bạc, đá quý, hoạt động vui chơi giải trí, truyền thông quảng cáo, thương mại điện tử. 

II. Quy định pháp luật về thanh tra thuế

1. Khái niệm thanh tra thuế

Theo khoản 1 Điều 3 Luật Quản lý thuế 2019: Thuế là một khoản nộp ngân sách nhà nước bắt buộc của tổ chức, hộ gia đình, hộ kinh doanh, cá nhân theo quy định của các luật thuế.

Thanh tra thuế là một trong những hoạt động quản lý thuế theo Điều 4 Luật Quản lý thuế năm 2019. Có thể hiểu: Thanh tra thuế là kiểm tra đối tượng nộp thuế ở mức cao hơn, hoàn thiện hơn. Thanh tra thuế được thực hiện định kỳ đối với các đối tượng nộp thuế lớn, ngành nghề kinh doanh đa dạng, quy mô lớn hoặc với người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế và thanh tra thuế để giải quyết các khiếu nại, tố cáo về thuế hoặc theo yêu cầu của thủ trưởng cơ quan quản lý thuế các cấp hoặc Bộ trưởng bộ Tài chính. 

2. Thời điểm doanh nghiệp bị thanh tra thuế

Theo Điều 113 Luật Quản lý thuế năm 2019, các trường hợp doanh nghiệp bị thanh tra thuế bao gồm:

  • Khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế.
  • Để giải quyết khiếu nại, tố cáo hoặc thực hiện các biện pháp phòng, chống tham nhũng.
  • Theo yêu cầu của công tác quản lý thuế trên cơ sở kết quả phân loại rủi ro trong quản lý thuế.
  • Theo kiến nghị của Kiểm toán nhà nước, kết luận của Thanh tra nhà nước và cơ quan khác có thẩm quyền.

3. Thời hạn tiến hành thanh tra thuế

Theo Điều 115 Luật Quản lý thuế 2019 quy định như sau: Thời hạn thanh tra thuế thực hiện theo quy định của Luật Thanh tra. Thời hạn của cuộc thanh tra được tính là thời gian thực hiện thanh tra tại trụ sở của người nộp thuế kể từ ngày công bố quyết định thanh tra đến ngày kết thúc việc thanh tra tại trụ sở của người nộp thuế.

Cụ thể theo Điều 47 Luật Thanh tra 2022 quy định về thời hạn thanh tra như sau:

  • Cuộc thanh tra do Thanh tra Chính phủ tiến hành không quá 60 ngày; trường hợp phức tạp thì có thể gia hạn một lần không quá 30 ngày; trường hợp đặc biệt phức tạp thì có thể gia hạn lần thứ hai không quá 30 ngày;
  • Cuộc thanh tra do Thanh tra Bộ, Thanh tra Tổng cục, Cục, Thanh tra tỉnh tiến hành không quá 45 ngày; trường hợp phức tạp thì có thể gia hạn một lần không quá 30 ngày;
  • Cuộc thanh tra do Thanh tra sở, Thanh tra huyện tiến hành không quá 30 ngày; trường hợp phức tạp hoặc ở miền núi, biên giới, hải đảo, vùng sâu, vùng xa đi lại khó khăn thì có thể gia hạn một lần không quá 15 ngày.

III. Giải đáp một số câu hỏi về thanh tra thuế

1. Quy trình thực hiện thanh tra thuế

Hiện tại, quy trình thanh tra thuế mới nhất hiện nay vẫn đang áp dụng theo Mục 2 Phần 2 Quy trình thanh tra thuế theo Quyết định 1404/QĐ-TCT năm 2015, quy trình thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế được thực hiện như sau:

Giai đoạn 1: Chuẩn bị và quyết định thanh tra.

  • Bước 1: Tập hợp tài liệu, phân tích xác định nội dung thanh tra
  • Bước 2: Ban hành quyết định thanh tra
  • Bước 3: Thông báo về việc công bố quyết định thanh tra

Giai đoạn 2: Tiến hành thanh tra

  • Bước 1: Công bố Quyết định thanh tra thuế
  • Bước 2: Tiến hành thanh tra tại trụ sở của người nộp thuế
  • Bước 3: Lập biên bản thanh tra

2. Mục đích của thanh tra thuế

Theo Mục 1 Phần 1 Quy trình thanh tra thuế theo Quyết định 1404/QĐ-TCT năm 2015 thì mục đích của việc thanh tra thuế như sau:

  • Chuẩn hóa các nội dung công việc trong hoạt động thanh tra thuế.
  • Đảm bảo hoạt động thanh tra thuế được thực hiện theo đúng các quy định của pháp luật, thống nhất từ Tổng cục Thuế đến Cục Thuế, đáp ứng yêu cầu cải cách và hiện đại hóa ngành thuế.
  • Nâng cao năng lực hoạt động thanh tra thuế, đảm bảo tính khách quan, công khai, minh bạch trong công tác thanh tra thuế.

3. Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì khi bị thanh tra thuế

Doanh nghiệp cần chuẩn bị khi bị thanh tra thuế:

  • Chuẩn bị hồ sơ, chứng từ đầy đủ: sổ sách kế toán, hóa đơn, hợp đồng, báo cáo thuế.
  • Chỉ định người đại diện: phối hợp và giải trình với cơ quan thuế.
  • Rà soát lại số liệu: phát hiện và khắc phục sai sót trước khi thanh tra.
  • Hiểu quyền và nghĩa vụ: nắm rõ quy định để bảo vệ quyền lợi trong quá trình thanh tra.

4. Thanh tra thuế có thể xử phạt những vi phạm nào?

Thanh tra thuế có thể xử phạt các vi phạm sau đây:

  • Không hoặc chậm nộp hồ sơ, báo cáo thuế theo quy định.
  • Không kê khai, kê khai không đúng, không đầy đủ số thuế phải nộp.
  • Sử dụng hóa đơn bất hợp pháp hoặc không xuất hóa đơn.
  • Trốn thuế, gian lận thuế, khai man số liệu để giảm số thuế phải nộp.
  • Không giữ sổ sách kế toán, chứng từ đầy đủ, hợp pháp.
  • Không chấp hành quyết định, kiến nghị của cơ quan thuế trong thời hạn quy định.

5. Khiếu nại kết quả thanh tra thuế thực hiện thế nào?

Khiếu nại kết quả thanh tra thuế được thực hiện theo các bước sau:

  • Nộp đơn khiếu nại: Người nộp thuế gửi đơn khiếu nại bằng văn bản đến cơ quan đã ban hành quyết định thanh tra hoặc cơ quan cấp trên trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày nhận được quyết định thanh tra.
  •  Xác nhận tiếp nhận: Cơ quan nhận đơn phải xác nhận hoặc trả lời việc tiếp nhận đơn khiếu nại.
  • Giải quyết khiếu nại: Cơ quan có thẩm quyền xem xét, giải quyết khiếu nại trong thời hạn quy định (thường là 45 ngày, trường hợp phức tạp có thể kéo dài thêm 30 ngày).
  • Thông báo kết quả: Cơ quan giải quyết khiếu nại phải thông báo bằng văn bản cho người khiếu nại về kết quả giải quyết.

IV. Dịch vụ tư vấn pháp lý về thanh tra thuế

Trên đây là tất cả các thông tin chi tiết mà NPLaw của chúng tôi cung cấp để hỗ trợ quý khách hàng về  thanh tra thuế. Trường hợp Quý Khách hàng còn bất kỳ thắc mắc nào liên quan đến vấn đề nêu trên hoặc các vấn đề pháp lý khác thì hãy liên hệ ngay cho NPLaw để được đội ngũ chúng tôi trực tiếp tư vấn và hướng dẫn giải quyết.