Quy định pháp luật về doanh nghiệp tự khai thuế

Trong bối cảnh cải cách thủ tục hành chính và hiện đại hóa công tác quản lý thuế, cơ chế doanh nghiệp tự khai, tự nộp thuế đã trở thành nguyên tắc cơ bản được pháp luật Việt Nam ghi nhận. Sau đây, NPLaw sẽ tư vấn quy định liên quan đến tự khai thuế của doanh nghiệp.

I. Thực trạng liên quan đến doanh nghiệp tự khai thuế

Ưu điểm doanh nghiệp tự khai thuế

• Hầu hết doanh nghiệp hiện nay đã quen với kê khai thuế điện tử, giúp tiết kiệm thời gian và chi phí.
• Theo thống kê của Tổng cục Thuế, tính đến cuối tháng 6/2024, có 930.050 doanh nghiệp (DN) tham gia sử dụng dịch vụ khai thuế điện tử trên tổng số 930.559 DN đang hoạt động, đạt tỷ lệ 99,95%. Số lượng hồ sơ khai thuế điện tử đã tiếp nhận từ ngày 01/01/2024 đến ngày 14/06/2024 là 9.312.980 hồ sơ.
• Việc tự khai thuế góp phần tăng tính minh bạch, nâng cao ý thức trách nhiệm của doanh nghiệp trong hoạt động tài chính – kế toán.

Hạn chế doanh nghiệp tự khai thuế

Bên cạnh những kết quả tích cực, vẫn còn tồn tại một số vấn đề:

• Nhiều doanh nghiệp vừa và nhỏ gặp khó khăn khi cập nhật các quy định pháp luật mới, dẫn đến sai sót khi kê khai.
• Một số doanh nghiệp lợi dụng cơ chế tự khai thuế để kê khai sai lệch, lập hóa đơn giả, trốn thuế hoặc gian lận thuế.
• Cơ quan thuế dù tăng cường thanh tra, kiểm tra nhưng vẫn chưa bao quát hết, dẫn đến tình trạng vi phạm chưa được phát hiện kịp thời.

Nguyên nhân của hạn chế trong tự khai thuế: Có thể chỉ ra một số nguyên nhân chính như sau:

• Hệ thống pháp luật thuế thường xuyên thay đổi, khiến doanh nghiệp khó theo kịp.
• Năng lực quản trị tài chính – kế toán của nhiều doanh nghiệp còn hạn chế.
• Ý thức tuân thủ pháp luật thuế chưa cao, vẫn còn tâm lý né tránh nghĩa vụ thuế.
• Công tác hậu kiểm, giám sát của cơ quan thuế chưa thực sự chặt chẽ.

II. Quy định của pháp luật liên quan đến doanh nghiệp tự khai thuế

1. Doanh nghiệp tự kê khai thuế được hiểu như thế nào?

Kê khai thuế là quá trình người nộp thuế lập tờ khai thuế và các chứng từ, tài liệu liên quan theo mẫu quy định của Bộ Tài chính để xác định nghĩa vụ thuế với ngân sách Nhà nước. 

Có thể hiểu: Tự kê khai thuế nghĩa là doanh nghiệp chủ động xác định số thuế phải nộp, lập hồ sơ khai thuế, nộp cho cơ quan thuế trong thời hạn quy định và tự chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực của số liệu.

Nguyên tắc cốt lõi là: tự khai – tự nộp – tự chịu trách nhiệm, còn cơ quan thuế thực hiện hậu kiểm thông qua thanh tra, kiểm tra.

2. Doanh nghiệp tự kê khai thuế phải tuân thủ những quy định pháp luật nào?

Doanh nghiệp tự kê khai thuế phải tuân thủ những quy định pháp luật như sau:

• Luật Quản lý thuế năm 2019, sửa đổi năm 2024: Nguyên tắc khai thuế, tính thuế (Điều 42); Hồ sơ khai thuế (Điều 43); Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế (Điều 44); Địa điểm nộp hồ sơ khai thuế (Điều 45);...
• Nghị định 126/2020/NĐ-CP, được sửa đổi bởi Nghị định 91/2022/NĐ-CP về hướng dẫn Luật Quản lý thuế có hướng dẫn về khai thuế tại Chương II như Hồ sơ khai thuế (Điều 7); Địa điểm nộp hồ sơ khai thuế (Điều 11);...
• Thông tư 80/2021/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế và Nghị định 126/2020/NĐ-CP hướng dẫn Luật Quản lý thuế do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành, trong đó Chương III hướng dẫn khai thuế, tính thuế, phân bổ nghĩa vụ thuế. 
• Thông tư 06/2021/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành, trong đó có hướng dẫn về mẫu tờ khai bổ sung, các trường hợp hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu không phải khai thuế theo từng lần phát sinh.

3. Quy trình doanh nghiệp tự kê khai thuế điện tử được thực hiện theo các bước nào?

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ thuế

Trước khi kê khai thuế, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ để tránh sai sót trong quá trình nhập liệu. Dưới đây là danh sách các tài liệu cần thiết cho từng loại thuế:

• Thuế môn bài: Tờ khai thuế môn bài theo mẫu 01/LPMB Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC; 
• Thuế GTGT: Tờ khai thuế GTGT theo mẫu 01/GTGT, 02/GTGT, 03/GTGT hoặc 04/GTGT Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC; 
• Thuế TNDN : Tờ khai tạm tính thuế TNDN theo mẫu 02/TNDN,  04/TNDN, 05/TNDN, 06/TNDN Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC; 
• Thuế TNCN : Tờ khai thuế TNCN theo mẫu 01/XSBHĐC, mẫu 04/NNG-TNCN, 04/TKQT-TNCN,... Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC; 

Lưu ý: Nếu doanh nghiệp sử dụng phần mềm kế toán, hệ thống có thể xuất tự động các tờ khai thuế để tải lên cổng thuế điện tử.

Bước 2: Đăng nhập hệ thống thuế điện tử

Sau khi chuẩn bị hồ sơ, doanh nghiệp truy cập hệ thống thuế điện tử để thực hiện khai báo thuế doanh nghiệp.

• Truy cập hệ thống thuế điện tử Website: https://thuedientu.gdt.gov.vn
• Chọn "Doanh nghiệp", sau đó đăng nhập bằng tài khoản được cấp bởi cơ quan thuế.
• Đăng nhập tài khoản: Tên đăng nhập: Mã số thuế doanh nghiệp; Mật khẩu: Doanh nghiệp tự thiết lập khi đăng ký tài khoản.
• Chữ ký số: Cắm USB Token vào máy tính để ký số khi gửi tờ khai.

Lưu ý: Nếu chưa có tài khoản, doanh nghiệp cần đăng ký trên hệ thống bằng cách chọn "Đăng ký", làm theo hướng dẫn. Cập nhật đầy đủ thông tin doanh nghiệp trong lần đăng nhập đầu tiên.

Bước 3: Nộp tờ khai báo thuế doanh nghiệp 

Sau khi đăng nhập thành công, thực hiện kê khai thuế theo hướng dẫn sau:

• B1: Trên giao diện chính, chọn “Khai thuế” → “Kê khai trực tuyến”
• B2: Chọn loại tờ khai thuế cần nộp (GTGT, TNDN, TNCN, môn bài,...)
• B3: Chọn kỳ kê khai: Theo tháng hoặc quý tùy thuộc vào từng loại thuế.
• B4: Nhập số liệu từ hồ sơ đã chuẩn bị:

Nếu kê khai thuế GTGT, nhập tổng giá trị hóa đơn đầu vào & đầu ra.

Nếu kê khai thuế TNDN, nhập tổng lợi nhuận chịu thuế, thuế suất áp dụng.

Nếu kê khai thuế TNCN, nhập tổng thu nhập cá nhân chịu thuế theo bảng lương.

• B5: Kiểm tra lại thông tin → Nhấn "Hoàn thành kê khai".
• B6: Ký điện tử, gửi tờ khai bằng USB Token. Hệ thống sẽ gửi thông báo trạng thái “Tờ khai đã nộp thành công” kèm mã số tờ khai để xác nhận ký thành công

Lưu ý quan trọng:

• Nếu kê khai sai, có thể lập tờ khai bổ sung trong vòng 10 ngày kể từ ngày nộp.
• Sau khi nộp tờ khai, tiếp tục thực hiện bước nộp tiền thuế.

Bước 4: Nộp tiền thuế online

Sau khi khai báo thuế doanh nghiệp thành công, doanh nghiệp cần nộp tiền thuế đúng hạn để tránh bị phạt. Hướng dẫn nộp thuế điện tử:

• B1: Truy cập https://thuedientu.gdt.gov.vn
• B2: Chọn "Nộp thuế" → "Lập giấy nộp tiền"
• B3: Nhập các thông tin sau:
• Cơ quan thuế quản lý (Chi cục thuế quận/huyện nơi doanh nghiệp đăng ký).

Số tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp.

Số tiền thuế phải nộp (phải trùng với tờ khai đã gửi).

Loại thuế cần nộp (GTGT, TNDN, TNCN, môn bài,...).

• B4: Kiểm tra lại thông tin → Nhấn "Nộp tiền".
• B5: Ký điện tử bằng USB Token để hoàn tất giao dịch. Hệ thống sẽ gửi Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước về email doanh nghiệp để xác nhận thanh toán thành công

Lưu ý:

• Doanh nghiệp nên lưu trữ biên lai điện tử để đối chiếu khi cần.
• Có thể kiểm tra lịch sử nộp thuế trong mục "Tra cứu" → "Giấy nộp tiền".

Bước 5: Kiểm tra, lưu trữ hồ sơ thuế

Sau khi kê khai & nộp thuế, doanh nghiệp cần:

• Lưu trữ tờ khai, biên lai thuế trong ít nhất 5 năm.
• Định kỳ kiểm tra tình trạng nộp thuế trên hệ thống để tránh sai sót.
• Kiểm tra thông báo từ cơ quan thuế để cập nhật chính sách mới.

III. Giải đáp các thắc mắc về doanh nghiệp tự khai thuế

1. Những rủi ro thường gặp khi doanh nghiệp tự khai thuế là gì?

Doanh nghiệp khi thực hiện tự khai thuế thường gặp các rủi ro sau:

• Sai sót trong kê khai do không cập nhật kịp thời quy định pháp luật.
• Khai thiếu hoặc sai doanh thu, chi phí dẫn đến bị truy thu và phạt chậm nộp.
• Sử dụng hóa đơn không hợp pháp, hóa đơn khống, hóa đơn giả.
• Thiếu chứng từ chứng minh chi phí hợp lệ khi quyết toán thuế.

Những rủi ro này có thể khiến doanh nghiệp bị phạt hành chính, truy thu thuế, thậm chí bị xử lý hình sự nếu có hành vi gian lận nghiêm trọng.

2. Doanh nghiệp tự kê khai thuế cần lưu trữ hồ sơ, chứng từ trong bao lâu theo quy định?

Theo Điều 13 Nghị định 174/2016/NĐ-CP quy định những tài liệu kế toán sau đây phải được lưu trữ với thời hạn tối thiểu 10 năm: Chứng từ kế toán sử dụng trực tiếp để ghi sổ kế toán và lập báo cáo tài chính, bảng kê, bảng tổng hợp chi tiết, sổ kế toán chi tiết, sổ kế toán tổng hợp, báo cáo tài chính tháng, quý, năm, báo cáo quyết toán, báo cáo tự kiểm tra kế toán, biên bản tiêu hủy tài liệu kế toán lưu trữ và tài liệu khác sử dụng trực tiếp để ghi sổ kế toán và lập báo cáo tài chính.

Như vậy, doanh nghiệp phải lưu trữ hồ sơ, chứng từ kế toán – thuế tối thiểu 10 năm.

3. Khi doanh nghiệp tự kê khai thuế sai, mức xử phạt vi phạm hành chính được áp dụng như thế nào?

Xử phạt hành vi khai sai, khai không đầy đủ các nội dung trong hồ sơ thuế không dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc không dẫn đến tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn được hướng dẫn bởi Điều 12 Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Theo đó, mức phạt đối với hành vi khai sai thuế như sau:

Phạt tiền: 

• Phạt tiền từ 500.000 đồng đến 1.500.000 đồng đối với hành vi khai sai, khai không đầy đủ các chỉ tiêu trong hồ sơ thuế nhưng không liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế.
• Phạt tiền từ 1.500.000 đồng đến 2.500.000 đồng đối với hành vi khai sai, khai không đầy đủ các chỉ tiêu trên tờ khai thuế, các phụ lục kèm theo tờ khai thuế nhưng không liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế.
• Phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng đối với một trong các hành vi sau đây:
  • Khai sai, khai không đầy đủ các chỉ tiêu liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế trong hồ sơ thuế;
  • Hành vi người nộp thuế có hành vi khai sai nhưng không dẫn đến thiếu số thuế phải nộp, tăng số thuế được miễn, giảm hoặc chưa được hoàn thuế thì xử phạt theo quy định tại khoản 3 Điều 12 Nghị định này; các hành vi vi phạm bị phát hiện sau thời hạn nộp hồ sơ khai thuế nhưng không làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chưa được hoàn thuế, không làm tăng số tiền thuế được miễn, giảm thì bị xử phạt vi phạm hành chính theo quy định tại khoản 3 Điều 12 Nghị định này.

Biện pháp khắc phục hậu quả:

• Buộc khai lại và nộp bổ sung các tài liệu trong hồ sơ thuế;
• Buộc điều chỉnh lại số lỗ, số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ chuyển kỳ sau (nếu có) đối với hành vi bị phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng.

Xử phạt hành vi khai sai thuế dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn được hướng dẫn bởi Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Theo đó, mức phạt đối với hành vi khai sai thuế như sau:

Phạt 20% số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế đã được miễn, giảm, hoàn cao hơn so với quy định đối với một trong các hành vi sau đây:

• Khai sai căn cứ tính thuế hoặc số tiền thuế được khấu trừ hoặc xác định sai trường hợp được miễn, giảm, hoàn thuế dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn nhưng các nghiệp vụ kinh tế đã được phản ánh đầy đủ trên hệ thống sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ hợp pháp;
• Khai sai làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế được miễn, giảm không thuộc trường hợp quy định tại điểm a khoản này nhưng người nộp thuế đã tự giác kê khai bổ sung và nộp đủ số tiền thuế thiếu vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan thuế kết thúc thời hạn thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế;
• Khai sai làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm đã bị cơ quan có thẩm quyền lập biên bản thanh tra, kiểm tra thuế, biên bản vi phạm hành chính xác định là hành vi trốn thuế nhưng người nộp thuế vi phạm hành chính lần đầu về hành vi trốn thuế, đã khai bổ sung và nộp đủ số tiền thuế vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan có thẩm quyền ra quyết định xử phạt và cơ quan thuế đã lập biên bản ghi nhận để xác định là hành vi khai sai dẫn đến thiếu thuế;
• Khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn đối với giao dịch liên kết nhưng người nộp thuế đã lập hồ sơ xác định giá thị trường hoặc đã lập và gửi cơ quan thuế các phụ lục theo quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết;
• Sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp để hạch toán giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế được miễn, giảm nhưng khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra phát hiện, người mua chứng minh được lỗi vi phạm sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp thuộc về bên bán hàng và người mua đã hạch toán kế toán đầy đủ theo quy định.

Biện pháp khắc phục hậu quả:

• Buộc nộp đủ số tiền thuế thiếu, số tiền thuế được hoàn, miễn, giảm cao hơn quy định và tiền chậm nộp tiền thuế vào ngân sách nhà nước.
• Trường hợp đã quá thời hiệu xử phạt thì người nộp thuế không bị xử phạt nhưng người nộp thuế phải nộp đủ số tiền thuế thiếu, số tiền thuế được hoàn, miễn, giảm cao hơn quy định và tiền chậm nộp tiền thuế vào ngân sách nhà nước theo thời hạn quy định;
• Buộc điều chỉnh lại số lỗ, số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ chuyển kỳ sau (nếu có); 

4. Doanh nghiệp tự kê khai thuế có được điều chỉnh sai sót sau khi đã nộp tờ khai không?

Căn cứ vào khoản 1 Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019, được sửa đổi bổ sung năm 2024, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót trong trường hợp sau đây:

• Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra;
• Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra thuế.
• Đối với những nội dung thuộc phạm vi thanh tra, kiểm tra, người nộp thuế được bổ sung hồ sơ giải trình theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về thanh tra và các trường hợp thực hiện theo kết luận, quy định của cơ quan chuyên ngành có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.

5. Doanh nghiệp tự kê khai thuế cần chú ý gì để tránh rủi ro bị truy thu thuế?

Doanh nghiệp tự kê khai thuế cần chú ý để tránh rủi ro bị truy thu thuế, cụ thể: 

• Thường xuyên cập nhật quy định pháp luật thuế mới nhất.
• Sử dụng hóa đơn, chứng từ hợp pháp, tránh hóa đơn khống.
• Lập sổ sách, báo cáo tài chính trung thực, minh bạch.
• Kiểm tra định kỳ hồ sơ khai thuế, đối chiếu số liệu kế toán và số liệu thuế.
• Sử dụng dịch vụ tư vấn pháp lý – kế toán uy tín để hạn chế sai sót.

IV. Dịch vụ tư vấn pháp lý liên quan đến doanh nghiệp tự khai thuế

Việc doanh nghiệp tự khai thuế mang lại nhiều quyền chủ động, nhưng đồng thời cũng tiềm ẩn không ít rủi ro pháp lý. Chính vì vậy, việc tìm đến dịch vụ tư vấn pháp lý về thuế là giải pháp tối ưu.

Quý khách hàng có thắc mắc liên quan hay có nhu cầu tư vấn về doanh nghiệp tự khai thuế, vui lòng liên hệ NPLaw chúng tôi để được tư vấn, hỗ trợ hiệu quả nhất.