Quy định pháp luật về thuế cho các tổ chức phi lợi nhuận

Để đảm bảo hoạt động minh bạch, đúng pháp luật và tạo điều kiện thuận lợi cho việc huy động nguồn lực, các tổ chức này phải tuân thủ nghiêm ngặt các quy định pháp luật về thuế. Vậy pháp luật Việt Nam hiện nay quy định như thế nào về thuế đối với tổ chức phi lợi nhuận?

I. Thực trạng liên quan đến thuế cho các tổ chức phi lợi nhuận

Trong những năm gần đây, các tổ chức phi lợi nhuận (như quỹ xã hội, quỹ từ thiện, tổ chức khoa học – công nghệ, tổ chức giáo dục phi lợi nhuận, tổ chức tôn giáo, hiệp hội nghề nghiệp…) ngày càng phát triển mạnh mẽ tại Việt Nam. Các tổ chức này đóng góp tích cực cho cộng đồng thông qua các hoạt động hỗ trợ người yếu thế, thúc đẩy giáo dục, bảo vệ môi trường, nghiên cứu khoa học và chăm sóc sức khỏe cộng đồng. Tuy nhiên, liên quan đến nghĩa vụ thuế, thực tiễn hiện nay còn tồn tại nhiều điểm đáng chú ý:

Nghĩa vụ thuế đa dạng nhưng khó áp dụng thống nhất

• Các tổ chức phi lợi nhuận vẫn phải kê khai, nộp thuế đối với những hoạt động có phát sinh thu nhập ngoài phạm vi hoạt động từ thiện hoặc phi lợi nhuận.
• Việc phân biệt rõ đâu là nguồn thu hợp pháp thuộc diện miễn thuế (tài trợ, quyên góp, viện trợ phi chính phủ…) và đâu là thu nhập chịu thuế (hoạt động dịch vụ, kinh doanh phụ trợ) còn nhiều lúng túng.

Chính sách ưu đãi thuế còn hạn chế

• Một số ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng đã được áp dụng nhưng chưa thực sự tạo thuận lợi để khuyến khích các tổ chức phi lợi nhuận mở rộng hoạt động.
• Việc miễn giảm thuế chủ yếu áp dụng cho các khoản tài trợ, viện trợ nhưng chưa bao quát hết nhu cầu thực tế.

Khó khăn trong công tác quản lý thuế

• Cơ quan thuế gặp khó trong việc kiểm soát, phân loại chính xác hoạt động nào thuộc diện miễn thuế, hoạt động nào phải nộp thuế.
• Một số tổ chức phi lợi nhuận còn hạn chế về năng lực kế toán – tài chính, dẫn đến sai sót trong kê khai và chấp hành nghĩa vụ thuế.

Tính minh bạch và niềm tin xã hội

• Việc quản lý và minh bạch nguồn thu – chi chưa được thực hiện đồng bộ, gây lo ngại về khả năng lợi dụng danh nghĩa “phi lợi nhuận” để trục lợi hoặc trốn thuế.
• Do đó, yêu cầu hoàn thiện quy định pháp luật và cơ chế quản lý thuế đối với tổ chức phi lợi nhuận ngày càng cấp thiết.

II. Quy định của pháp luật liên quan đến thuế cho các tổ chức phi lợi nhuận

1. Thuế cho các tổ chức phi lợi nhuận là gì?

Theo khoản 14 Điều 3 Luật Phòng, chống rửa tiền 2022, tổ chức phi lợi nhuận là tổ chức hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận, bao gồm hội, quỹ xã hội, quỹ từ thiện, tổ chức tôn giáo, tổ chức phi chính phủ nước ngoài được thành lập, đăng ký, hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam. 

Thuế cho các tổ chức phi lợi nhuận là nghĩa vụ tài chính mà các tổ chức hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận phải thực hiện đối với Nhà nước.

2. Điều kiện để được hưởng ưu đãi thuế cho các tổ chức phi lợi nhuận là gì?

Tại Điều 18 Thông tư 78/2014/TT-BTC quy định về điều kiện áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, trong đó có tổ chức phi lợi nhuận như sau:

(1) Các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp chỉ áp dụng đối với doanh nghiệp thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo kê khai.

(2) Trong thời gian đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp nếu doanh nghiệp thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh thì doanh nghiệp phải tính riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (bao gồm mức thuế suất ưu đãi, mức miễn thuế, giảm thuế) và thu nhập từ hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế để kê khai nộp thuế riêng.

• Trường hợp trong kỳ tính thuế, doanh nghiệp không tính riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế và thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế thì: Phần thu nhập của hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế xác định bằng (=) tổng thu nhập tính thuế nhân (x) với tỷ lệ phần trăm (%) doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế so với tổng doanh thu hoặc tổng chi phí được trừ của doanh nghiệp trong kỳ tính thuế.
• Trường hợp có khoản doanh thu hoặc chi phí được trừ không thể hạch toán riêng được thì khoản doanh thu hoặc chi phí được trừ đó xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động sản xuất, kinh doanh hưởng ưu đãi thuế trên tổng doanh thu hoặc chi phí được trừ của doanh nghiệp.

(3) Doanh nghiệp có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do đáp ứng điều kiện về lĩnh vực ưu đãi đầu tư, địa bàn ưu đãi đầu tư xác định ưu đãi như sau:

• Doanh nghiệp có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do đáp ứng điều kiện về lĩnh vực ưu đãi đầu tư thì: Các khoản thu nhập từ lĩnh vực ưu đãi đầu tư và các khoản thu nhập như thanh lý phế liệu, phế phẩm của sản phẩm thuộc lĩnh vực được ưu đãi đầu tư, chênh lệch tỷ giá liên quan trực tiếp đến doanh thu, chi phí của lĩnh vực được ưu đãi, lãi tiền gửi ngân hàng không kỳ hạn, các khoản thu nhập có liên quan trực tiếp khác cũng được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.
• Doanh nghiệp có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do đáp ứng điều kiện ưu đãi về địa bàn (bao gồm cả khu công nghiệp, khu kinh tế, khu công nghệ cao) thì: Thu nhập được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp là toàn bộ thu nhập phát sinh từ hoạt động sản xuất kinh doanh trên địa bàn ưu đãi trừ các khoản thu nhập nêu tại điểm a, b, c Khoản 1 Điều 18 Thông tư 78/2014/TT-BTC.
• Doanh nghiệp có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do đáp ứng điều kiện về địa bàn có phát sinh thu nhập ngoài địa bàn thực hiện dự án đầu tư thì:
  • Nếu khoản thu nhập này phát sinh tại địa bàn không thuộc địa bàn ưu đãi đầu tư thì không được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo điều kiện địa bàn.
  • Nếu khoản thu nhập này phát sinh tại địa bàn thuộc địa bàn ưu đãi đầu tư thì được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo điều kiện địa bàn. Việc xác định ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với khoản thu nhập này được xác định theo từng địa bàn căn cứ theo thời gian và mức ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp của doanh nghiệp tại địa bàn thực hiện dự án đầu tư.

3. Quy định pháp luật hiện hành về thuế cho các tổ chức phi lợi nhuận ở Việt Nam như thế nào?

Hiện nay, pháp luật Việt Nam quy định khá cụ thể về chính sách thuế áp dụng cho các tổ chức phi lợi nhuận, trong đó tập trung vào một số sắc thuế chủ yếu:

• Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN): Theo Điều 4 Luật Thuế TNDN 2025, thu nhập từ hoạt động nhận tài trợ, viện trợ, từ thiện hoặc các khoản viện trợ nhân đạo… của tổ chức phi lợi nhuận được miễn thuế. Trường hợp tổ chức có hoạt động kinh doanh, dịch vụ ngoài mục tiêu phi lợi nhuận thì phần thu nhập này vẫn phải kê khai, nộp thuế TNDN.
• Thuế giá trị gia tăng (GTGT): Theo Điều 5 Luật Thuế GTGT năm 2024, một số hàng hóa, dịch vụ mà tổ chức phi lợi nhuận cung cấp cho cộng đồng (như giáo dục, y tế, sách báo, thiết bị nghiên cứu khoa học, hàng hóa viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại) thuộc diện không chịu thuế hoặc được miễn thuế GTGT.
• Thuế thu nhập cá nhân (TNCN): Điều 4 Luật Thuế TNCN năm 2007 (sửa đổi năm 2012, 2014, 2024, 2025) quy định các khoản viện trợ, tài trợ nhân đạo dành cho cá nhân khó khăn không tính vào thu nhập chịu thuế TNCN. Tuy nhiên, nếu tổ chức phi lợi nhuận chi trả thu nhập cho nhân viên, chuyên gia, thì người lao động vẫn phải kê khai, nộp thuế TNCN theo quy định.
• Thuế xuất nhập khẩu: Theo Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, hàng hóa viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại, trang thiết bị chuyên dùng nhập khẩu để phục vụ trực tiếp cho mục tiêu phi lợi nhuận được miễn thuế nhập khẩu.

III. Giải đáp các thắc mắc về thuế cho các tổ chức phi lợi nhuận

1. Các rủi ro pháp lý thường gặp liên quan đến thuế cho các tổ chức phi lợi nhuận là gì?

Các rủi ro pháp lý thường gặp liên quan đến thuế cho các tổ chức phi lợi nhuận gồm: 

• Xác định sai nguồn thu: Không phân biệt rõ đâu là khoản tài trợ, viện trợ được miễn thuế và đâu là thu nhập từ hoạt động kinh doanh phải nộp thuế.
• Hạch toán, báo cáo thiếu minh bạch: Sổ sách kế toán không đầy đủ, dẫn đến bị cơ quan thuế ấn định nghĩa vụ thuế.
• Lợi dụng danh nghĩa phi lợi nhuận: Một số tổ chức núp bóng để trốn thuế, gây rủi ro pháp lý nghiêm trọng.
• Chậm kê khai, nộp thuế: Do thiếu bộ phận kế toán chuyên trách, nhiều tổ chức gặp rủi ro bị phạt chậm nộp hoặc xử lý vi phạm hành chính.

2. Trong trường hợp phát sinh thu nhập từ hoạt động kinh doanh, phần thu nhập đó có bị loại khỏi diện miễn thuế cho các tổ chức phi lợi nhuận không?

Theo Điều 4 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, các khoản tài trợ, viện trợ nhân đạo được miễn thuế. Tuy nhiên, nếu tổ chức phi lợi nhuận có hoạt động kinh doanh dịch vụ (ví dụ: mở nhà sách, cho thuê cơ sở vật chất, bán hàng gây quỹ), thì phần thu nhập này vẫn phải kê khai và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp như tổ chức bình thường.

3. Những khoản chi phí nào của tổ chức phi lợi nhuận có thể được khấu trừ khi xác định nghĩa vụ thuế cho các tổ chức phi lợi nhuận?

Theo Khoản 1 Điều 9 Luật Thuế TNDN 2025, những khoản chi phí của tổ chức phi lợi nhuận có thể được khấu trừ khi xác định nghĩa vụ thuế cho các tổ chức phi lợi nhuận khi tính thuế TNDN như:

• Khoản chi cho thực hiện nhiệm vụ giáo dục quốc phòng và an ninh, huấn luyện, hoạt động của lực lượng dân quân tự vệ và phục vụ các nhiệm vụ quốc phòng, an ninh khác theo quy định của pháp luật;
• Khoản chi hỗ trợ phục vụ cho hoạt động của tổ chức đảng, tổ chức chính trị - xã hội trong doanh nghiệp;
• Khoản chi cho hoạt động giáo dục nghề nghiệp, đào tạo nghề nghiệp cho người lao động theo quy định của pháp luật;
• Khoản chi thực tế cho hoạt động phòng, chống HIV/AIDS nơi làm việc của doanh nghiệp;
• Khoản tài trợ cho giáo dục, y tế, văn hóa; khoản tài trợ cho phòng, chống, khắc phục hậu quả thiên tai, dịch bệnh, làm nhà đại đoàn kết, nhà tình nghĩa, nhà cho các đối tượng chính sách theo quy định của pháp luật; khoản tài trợ theo quy định của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ dành cho các địa phương thuộc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn; khoản tài trợ cho nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ và đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số;
• Khoản chi cho nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ và đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số;...

4. Khi giải thể hoặc chấm dứt hoạt động, nghĩa vụ thanh toán thuế cho các tổ chức phi lợi nhuận được xử lý như thế nào?

Căn cứ theo Điều 67 Luật Quản lý thuế 2019 có quy định cụ thể về hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế trong trường hợp giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động như sau: Việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế trong trường hợp doanh nghiệp giải thể được thực hiện theo quy định của pháp luật về doanh nghiệp, pháp luật về các tổ chức tín dụng, pháp luật về kinh doanh bảo hiểm và quy định khác của pháp luật có liên quan.

Theo đó, khoản 5 Điều 208 Luật Doanh nghiệp 2020 quy định, khoản nợ thuế phải được ưu tiên thanh toán sau các khoản nợ lương, trợ cấp thôi việc, bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, bảo hiểm thất nghiệp theo quy định của pháp luật và các quyền lợi khác của người lao động theo thỏa ước lao động tập thể và hợp đồng lao động đã ký kết. Như vậy, doanh nghiệp cần tiến hành nộp các khoản thuế, đóng mã số thuế để hoàn tất thủ tục quyết toán trước khi giải thể. 

5. Mức xử phạt hành chính đối với hành vi kê khai sai hoặc gian lận trong lĩnh vực thuế cho các tổ chức phi lợi nhuận là bao nhiêu?

Xử phạt hành vi khai sai, khai không đầy đủ các nội dung trong hồ sơ thuế không dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc không dẫn đến tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn được hướng dẫn bởi Điều 12 Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Theo đó, mức phạt đối với hành vi khai sai thuế như sau:

Phạt tiền từ 500.000 đồng đến 1.500.000 đồng đối với hành vi khai sai, khai không đầy đủ các chỉ tiêu trong hồ sơ thuế nhưng không liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế.

Phạt tiền từ 1.500.000 đồng đến 2.500.000 đồng đối với hành vi khai sai, khai không đầy đủ các chỉ tiêu trên tờ khai thuế, các phụ lục kèm theo tờ khai thuế nhưng không liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế.

Phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng đối với một trong các hành vi sau đây:

• Khai sai, khai không đầy đủ các chỉ tiêu liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế trong hồ sơ thuế;
• Hành vi người nộp thuế có hành vi khai sai nhưng không dẫn đến thiếu số thuế phải nộp, tăng số thuế được miễn, giảm hoặc chưa được hoàn thuế thì xử phạt theo quy định tại khoản 3 Điều 12 Nghị định này; các hành vi vi phạm bị phát hiện sau thời hạn nộp hồ sơ khai thuế nhưng không làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chưa được hoàn thuế, không làm tăng số tiền thuế được miễn, giảm thì bị xử phạt vi phạm hành chính theo quy định tại khoản 3 Điều 12 Nghị định này.

Xử phạt hành vi khai sai thuế dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn được hướng dẫn bởi Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Theo đó, mức phạt đối với hành vi khai sai thuế như sau:

Phạt 20% số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế đã được miễn, giảm, hoàn cao hơn so với quy định đối với một trong các hành vi sau đây:

• Khai sai căn cứ tính thuế hoặc số tiền thuế được khấu trừ hoặc xác định sai trường hợp được miễn, giảm, hoàn thuế dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn nhưng các nghiệp vụ kinh tế đã được phản ánh đầy đủ trên hệ thống sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ hợp pháp;
• Khai sai làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế được miễn, giảm không thuộc trường hợp quy định tại điểm a khoản này nhưng người nộp thuế đã tự giác kê khai bổ sung và nộp đủ số tiền thuế thiếu vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan thuế kết thúc thời hạn thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế;
• Khai sai làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm đã bị cơ quan có thẩm quyền lập biên bản thanh tra, kiểm tra thuế, biên bản vi phạm hành chính xác định là hành vi trốn thuế nhưng người nộp thuế vi phạm hành chính lần đầu về hành vi trốn thuế, đã khai bổ sung và nộp đủ số tiền thuế vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan có thẩm quyền ra quyết định xử phạt và cơ quan thuế đã lập biên bản ghi nhận để xác định là hành vi khai sai dẫn đến thiếu thuế;
• Khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn đối với giao dịch liên kết nhưng người nộp thuế đã lập hồ sơ xác định giá thị trường hoặc đã lập và gửi cơ quan thuế các phụ lục theo quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết;...

IV. Dịch vụ tư vấn pháp lý liên quan đến thuế cho các tổ chức phi lợi nhuận

Để hạn chế rủi ro pháp lý và đảm bảo tuân thủ đúng quy định, các tổ chức phi lợi nhuận có thể sử dụng dịch vụ tư vấn pháp lý chuyên nghiệp, bao gồm:

• Tư vấn pháp luật thuế: Giải thích rõ quy định, quyền lợi và nghĩa vụ thuế đối với tổ chức phi lợi nhuận.
• Hỗ trợ xây dựng quy trình kế toán – thuế minh bạch: Lập sổ sách, chứng từ kế toán phù hợp với yêu cầu quản lý thuế.
• Tư vấn ưu đãi và miễn, giảm thuế: Hướng dẫn lập hồ sơ, thủ tục để được hưởng chính sách ưu đãi thuế theo quy định.
• Đại diện làm việc với cơ quan thuế: Hỗ trợ giải trình khi bị kiểm tra, thanh tra thuế.
• Tư vấn giải quyết tranh chấp thuế: Đại diện bảo vệ quyền lợi của tổ chức trong trường hợp xảy ra khiếu nại, khởi kiện liên quan đến nghĩa vụ thuế.

Quý Khách hàng có nhu cầu tư vấn về thuế cho các tổ chức phi lợi nhuận, vui lòng liên hệ cho NPLaw để được đội ngũ chúng tôi trực tiếp tư vấn và hướng dẫn giải quyết.