Từ ngày 01/7/2025, Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) năm 2024 chính thức có hiệu lực, trong đó có quy định về hoàn thuế GTGT. Bài viết dưới đây sẽ phân tích chi tiết các quy định mới về hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp vá các tổ chức, cá nhân nắm rõ để bảo đảm quyền lợi và tuân thủ pháp luật thuế.
Từ ngày 01/7/2025, Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) năm 2024 chính thức có hiệu lực, trong đó có quy định về hoàn thuế GTGT. Bài viết dưới đây sẽ phân tích chi tiết các quy định mới về hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp vá các tổ chức, cá nhân nắm rõ để bảo đảm quyền lợi và tuân thủ pháp luật thuế.
I. Thực trạng liên quan đến hoàn thuế giá trị gia tăng
Trong nhiều năm qua, cơ chế hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đã góp phần quan trọng trong việc hỗ trợ doanh nghiệp có thêm nguồn vốn lưu động, đặc biệt là các doanh nghiệp xuất khẩu và dự án đầu tư mới. Tuy nhiên, thực tiễn cho thấy vẫn còn nhiều bất cập:
- Thời gian giải quyết hồ sơ kéo dài: mặc dù Luật Quản lý thuế quy định thời hạn hoàn thuế nhưng không ít trường hợp hồ sơ bị trả lại nhiều lần, kéo dài hàng tháng, ảnh hưởng đến kế hoạch kinh doanh.
- Thủ tục hành chính phức tạp: doanh nghiệp phải chuẩn bị nhiều loại chứng từ, đôi khi phát sinh yêu cầu bổ sung không thống nhất giữa các cơ quan thuế địa phương.
- Nguy cơ gian lận, trục lợi chính sách: việc lợi dụng hoàn thuế GTGT để chiếm đoạt ngân sách vẫn còn, khiến cơ quan thuế phải siết chặt kiểm tra, làm giảm tính thuận lợi cho các doanh nghiệp chấp hành đúng.
- Thiếu thống nhất trong áp dụng pháp luật: cùng một tình huống nhưng cách xử lý của các chi cục, cục thuế có thể khác nhau, dẫn đến khiếu nại và tranh chấp.
II. Quy định của pháp luật liên quan đến hoàn thuế giá trị gia tăng
1. Hoàn thuế giá trị gia tăng được hiểu như thế nào?
Theo Điều 2 Luật Thuế GTGT 2024, thuế giá trị gia tăng là thuế tính trên giá trị tăng thêm của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong quá trình từ sản xuất, lưu thông đến tiêu dùng.
Có thể hiểu: Hoàn thuế GTGT là việc Nhà nước trả lại cho người nộp thuế số thuế GTGT đã nộp vào ngân sách nhưng chưa được khấu trừ hết hoặc nộp thừa so với số phải nộp theo quy định. Đây là một trong những quyền lợi quan trọng, bảo đảm nguyên tắc thu đúng – thu đủ, không thu trùng thuế.
2. Các trường hợp được hoàn thuế giá trị gia tăng
Căn cứ theo Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định về các trường hợp được hoàn thuế GTGT như sau:
(1) Việc hoàn thuế đối với xuất khẩu được quy định như sau:
- Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hoá nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác;
- Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ tiêu thụ nội địa thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế giá trị gia tăng đầu vào sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu; trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế của kỳ hoàn thuế. Kỳ hoàn thuế được xác định từ kỳ tính thuế giá trị gia tăng có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa khấu trừ hết liên tục chưa được hoàn thuế đến kỳ tính thuế có đề nghị hoàn thuế.
(2) Việc hoàn thuế đối với đầu tư được quy định như sau:
- Cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế có dự án đầu tư (dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng) theo quy định của pháp luật về đầu tư (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư, trừ một số trường hợp.
- Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với một số trường hợp.
(3) Cơ sở kinh doanh chỉ sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5% nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sau 12 tháng liên tục hoặc 04 quý liên tục thì được hoàn thuế giá trị gia tăng; trường hợp cơ sở kinh doanh sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu nhiều mức thuế suất thuế giá trị gia tăng thì được hoàn thuế theo tỷ lệ phân bổ do Chính phủ quy định.
(4) Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế giá trị gia tăng khi giải thể, phá sản có số thuế giá trị gia tăng nộp thừa hoặc số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.
(5) Người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mang hộ chiếu hoặc giấy tờ có giá trị đi lại quốc tế được hoàn thuế đối với hàng hóa mua tại Việt Nam mang theo khi xuất cảnh.
(6) Việc hoàn thuế giá trị gia tăng đối với các chương trình, dự án sử dụng vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại hoặc viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo.
(7) Đối tượng được hưởng quyền ưu đãi miễn trừ ngoại giao theo quy định của pháp luật về ngoại giao mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam để sử dụng được hoàn số thuế giá trị gia tăng đã trả ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng hoặc trên chứng từ thanh toán ghi giá thanh toán đã có thuế giá trị gia tăng.
(8) Cơ sở kinh doanh có quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật và trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.
3. Điều kiện để được hoàn thuế giá trị gia tăng
Căn cứ Khoản 9 Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp thuộc trường hợp hoàn thuế phải đáp ứng điều kiện sau đây:
(1) Phải là doanh nghiệp nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế, lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán.
(2) Có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của doanh nghiệp.
(3) Đáp ứng quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào và không thuộc trường hợp các hóa đơn, chứng từ được lập từ các hành vi bị nghiêm cấm tại Điều 13 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024.
(4) Người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế.
Cụ thể như sau:
- Tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế, người bán:
- Đã nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng.
- Không còn nợ tiền thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế của doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế.
- Cơ quan thuế xác nhận thông tin kê khai, nộp thuế của người bán qua hệ thống CNTT tự động.
- Trường hợp xác định người bán chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế GTGT (bao gồm cả trường hợp chưa đến thời hạn nộp hồ sơ khai thuế) hoặc còn nợ tiền thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế thì doanh nghiệp không được hoàn thuế đối với các hóa đơn tương ứng với kỳ tính thuế người bán chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng hoặc còn nợ tiền thuế giá trị gia tăng.
(5) Doanh nghiệp lập hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đối với từng trường hợp hoàn thuế
Theo đó, tại thời điểm doanh nghiệp nộp hồ sơ hoàn thuế, doanh nghiệp thuộc trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng, có số thuế giá trị gia tăng đầu vào đáp ứng đầy đủ điều kiện hoàn thuế và tuân thủ các quy định về khai thuế, lập hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đối với từng trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng và gửi đến cơ quan thuế có thẩm quyền tiếp nhận.
Cơ quan thuế phân loại hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng thuộc diện hoàn thuế trước hoặc kiểm tra trước hoàn thuế và giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định.
4. Thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng
Căn cứ theo quy định tại Chương V Thông tư số 80/2021/TT-BTC thì thủ tục, quy trình hoàn thuế GTGT được thực hiện theo các bước sau:
Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ hoàn thuế GTGT
Doanh nghiệp thuộc nhóm đối tượng được hoàn thuế GTGT là hồ sơ hoàn thuế bao gồm:
- Văn bản yêu cầu hoàn thuế (mẫu số 01/HT) ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC.
- Các giấy tờ khác theo yêu cầu của từng trường hợp cụ thể được nêu ở mục 3.
Bước 2: Gửi hồ sơ hoàn thuế GTGT lên cơ quan thuế
Doanh nghiệp gửi hồ sơ hoàn thuế GTGT lên cơ quan thuế có thẩm quyền theo các hình thức sau:
- Nộp trực tiếp tại cơ quan quản lý thuế.
- Nộp hồ sơ qua đường bưu chính.
- Nộp hồ sơ điện tử trên cổng giao dịch điện tử của cơ quan quản lý thuế.
Bước 3: Cơ quan thuế tiếp nhận và xử lý hồ sơ
Trong 3 ngày làm việc sau khi nhận được hồ sơ hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện phân loại và thông báo cho người nộp thuế thuộc 1 trong 2 trường hợp sau:
- Hồ sơ được chấp nhận: Cơ quan quản lý thuế thực hiện thông báo cho người nộp thuế về thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế
- Hồ sơ không được chấp nhận: Cơ quan quản lý thuế thực hiện thông báo bằng văn bản yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin. Thời gian giải trình, bổ sung thông tin này không tính trong thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế.
Quá thời hạn giải quyết nếu việc chậm ban hành quyết định hoàn thuế do lỗi của cơ quan quản lý thuế thì ngoài số tiền thuế phải hoàn trả, cơ quan quản lý thuế còn phải trả tiền lãi với mức 0,03%/ngày tính trên số tiền phải hoàn trả và số ngày chậm hoàn trả.
Bước 4: Nhận tiền hoàn thuế GTGT
Người nộp thuế nhận tiền hoàn thuế theo thông báo của cơ quan quản lý thuế. Cụ thể thời gian nhận tiền hoàn thuế như sau:
- Chậm nhất 06 ngày làm việc: Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước
- Chậm nhất 40 ngày làm việc: Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.
III. Giải đáp các thắc mắc về hoàn thuế giá trị gia tăng
1. Trường hợp nào doanh nghiệp không được hoàn thuế giá trị gia tăng dù có số thuế nộp thừa?
Cơ sở kinh doanh sẽ không được hoàn thuế GTGT mà được kết chuyển số thuế chưa khấu trừ của dự án đầu tư căn cứ theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo. Theo quy định tại điểm c khoản 3 Điều 1 của Thông tư 130/2016/TT-BTC, các dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh trong trường hợp này bao gồm:
Trường hợp 1: Không góp đủ số vốn điều lệ
- Trường hợp này áp dụng đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật trước đó.
- Các hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT của dự án đầu tư này được nộp từ ngày 01/7/2016 của cơ sở kinh doanh, nhưng tính đến ngày nộp hồ sơ, cơ sở kinh doanh lại không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký trước đó, theo quy định của pháp luật thì không được hoàn thuế GTGT.
Trường hợp 2: Không hoặc chưa đủ điều kiện kinh doanh
Nếu dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh căn cứ theo quy định của Luật đầu tư sẽ là một trong các trường hợp không được hoàn thuế GTGT. Cụ thể:
- Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề kinh doanh đã có điều kiện nhưng cơ sở kinh doanh lại chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện.
- Trường hợp được cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện.
- Trường hợp chưa có văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép cơ sở kinh doanh đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện.
Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh chưa đáp ứng được đủ điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng không cần phải có xác nhận, chấp nhận, chấp thuận dưới hình thức văn bản căn cứ theo quy định của pháp luật về đầu tư.
Trường hợp 3: Không đảm bảo đủ điều kiện duy trì hoạt động
Các trường hợp cụ thể đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng không đảm bảo được đủ các điều kiện để duy trì hoạt động kinh doanh trong suốt quá trình hoạt động bao gồm:
- Những dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng trong quá trình hoạt động thì cơ sở kinh doanh đã bị thu hồi giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện.
- Trường hợp bị thu hồi giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện.
- Trường hợp bị thu hồi văn bản do cơ quan nhà nước có thẩm quyền về đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện.
Trường hợp 4: Dựa trên tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản và chi phí năng lượng
- Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản đã được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm, hàng hóa có tổng trị giá của tài nguyên, khoáng sản và chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên căn cứ theo dự án đầu tư thuộc các trường hợp không được hoàn thuế GTGT.
- Việc xác định trị giá tài nguyên, khoáng sản và thời điểm xác định trị giá tài nguyên, khoáng sản, xác định chi phí năng lượng sẽ thực hiện theo hướng dẫn tại Khoản 23 Điều 4 Thông tư này.
2. Hoàn thuế giá trị gia tăng có áp dụng cho cá nhân kinh doanh hay chỉ áp dụng cho tổ chức?
Luật Thuế GTGT năm 2024 không giới hạn đối tượng hoàn thuế chỉ là tổ chức. Về nguyên tắc, mọi người nộp thuế GTGT, bao gồm cá nhân kinh doanh, đều có quyền hoàn thuế khi đáp ứng đủ điều kiện.
Tuy nhiên, trên thực tế, đa số trường hợp hoàn thuế GTGT phát sinh ở doanh nghiệp vì cá nhân kinh doanh ít có số thuế đầu vào chưa khấu trừ lớn như doanh nghiệp.
3. Các rủi ro thường gặp khiến hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng bị từ chối là gì?
Các rủi ro thường gặp khiến hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng bị từ chối gồm:
- Hóa đơn không hợp lệ: hóa đơn bị sai sót, không đăng ký, không có mã của cơ quan thuế.
- Thiếu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với giao dịch trên 20 triệu đồng.
- Sai thông tin hồ sơ điện tử: khai sai số tài khoản, sai định dạng file nộp qua cổng thông tin.
- Chênh lệch dữ liệu: giữa kê khai thuế, báo cáo tài chính, và hệ thống hóa đơn điện tử.
4. Trường hợp phát sinh tranh chấp về hoàn thuế giá trị gia tăng, cơ chế giải quyết được thực hiện như thế nào?
Trường hợp phát sinh tranh chấp về hoàn thuế giá trị gia tăng, cơ chế giải quyết được thực hiện như sau:
- Bước 1: Khiếu nại lần đầu đến cơ quan thuế
Doanh nghiệp nộp đơn khiếu nại theo quy định của Luật Khiếu nại 2011 đến chính cơ quan thuế đã ban hành quyết định về hoàn thuế. Trong đơn cần nêu rõ: thông tin doanh nghiệp, nội dung quyết định bị khiếu nại, lý do và yêu cầu giải quyết.
- Bước 2: Khiếu nại lần hai hoặc khởi kiện tại Tòa án
Nếu không đồng ý với kết quả giải quyết khiếu nại lần đầu, doanh nghiệp có quyền tiếp tục khiếu nại lần hai lên cơ quan cấp trên trực tiếp của cơ quan thuế hoặc khởi kiện vụ án hành chính tại Tòa án nhân dân theo quy định của Luật Tố tụng hành chính 2015, sửa đổi năm 2025.
5. Khi bị cơ quan thuế chậm hoàn thuế giá trị gia tăng, doanh nghiệp có quyền khiếu nại ra sao?
Nếu quá thời hạn luật định mà cơ quan thuế chưa ra quyết định hoàn thuế, doanh nghiệp có quyền yêu cầu giải thích bằng văn bản. Doanh nghiệp được quyền khiếu nại hành vi hành chính về việc chậm trễ này.
IV. Dịch vụ tư vấn pháp lý liên quan đến hoàn thuế giá trị gia tăng
Hoàn thuế GTGT là một thủ tục vừa mang tính kỹ thuật kế toán, vừa yêu cầu tuân thủ pháp luật chặt chẽ. Do đó, dịch vụ tư vấn pháp lý sẽ giúp:
- Đánh giá khả năng hoàn thuế: xác định số thuế GTGT đủ điều kiện hoàn và các rủi ro pháp lý có thể gặp phải.
- Chuẩn bị, rà soát hồ sơ: bảo đảm đầy đủ, hợp lệ theo quy định, hạn chế việc hồ sơ bị trả lại nhiều lần.
- Đại diện làm việc với cơ quan thuế: giải trình, bổ sung tài liệu khi có yêu cầu.
- Xử lý tranh chấp, khiếu nại: hỗ trợ doanh nghiệp trong việc khiếu nại, khởi kiện quyết định hành chính về hoàn thuế nếu quyền lợi bị xâm phạm.
- Tư vấn phòng ngừa rủi ro: hướng dẫn quy trình quản lý hóa đơn, chứng từ, thanh toán để giảm thiểu nguy cơ hồ sơ bị từ chối.
Quý khách hàng có thắc mắc liên quan hay có nhu cầu tư vấn về hoàn thuế giá trị gia tăng, vui lòng liên hệ NPLaw chúng tôi để được tư vấn, hỗ trợ hiệu quả nhất.
