Quy định về lưu trữ hồ sơ thuế cho doanh nghiệp cần biết

Trong hoạt động sản xuất, kinh doanh, lưu trữ hồ sơ thuế cho doanh nghiệp không chỉ là yêu cầu bắt buộc theo quy định pháp luật mà còn là công cụ quan trọng giúp doanh nghiệp quản lý nghĩa vụ thuế, kiểm soát rủi ro và bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp khi cơ quan thuế kiểm tra, thanh tra. Tuy nhiên, trên thực tế, nhiều doanh nghiệp vẫn chưa nhận thức đầy đủ về phạm vi hồ sơ cần lưu trữ, thời hạn lưu trữ cũng như trách nhiệm pháp lý phát sinh khi thực hiện không đúng quy định. 

I. Thực trạng liên quan đến lưu trữ hồ sơ thuế cho doanh nghiệp

Trong thực tiễn quản lý thuế hiện nay, lưu trữ hồ sơ thuế cho doanh nghiệp vẫn còn tồn tại nhiều hạn chế, tiềm ẩn rủi ro pháp lý đáng kể:

• Nhận thức chưa đầy đủ: Nhiều doanh nghiệp chưa coi việc lưu trữ hồ sơ thuế là nghĩa vụ bắt buộc; còn nhầm lẫn giữa lưu chứng từ kế toán và lưu hồ sơ thuế.
• Lưu trữ không hệ thống: Hồ sơ phân tán, thiếu danh mục, không đồng bộ giữa bản giấy và bản điện tử, gây khó khăn khi kiểm tra, thanh tra.
• Thiếu tuân thủ về thời hạn: Doanh nghiệp không nắm rõ thời hạn lưu trữ theo quy định, dẫn đến hủy, thất lạc hồ sơ khi vẫn còn nghĩa vụ lưu giữ.

• Trách nhiệm không rõ ràng: Chưa phân định cụ thể người chịu trách nhiệm chính về lưu trữ hồ sơ thuế trong nội bộ doanh nghiệp.
• Rủi ro xử phạt: Khi hồ sơ bị mất, hư hỏng hoặc không cung cấp kịp thời theo yêu cầu của cơ quan thuế, doanh nghiệp có nguy cơ bị truy thu, xử phạt vi phạm hành chính.

Thực trạng trên cho thấy sự cần thiết phải chuẩn hóa quy trình lưu trữ hồ sơ thuế cho doanh nghiệp, bảo đảm tuân thủ pháp luật và chủ động phòng ngừa rủi ro trong quá trình quản lý thuế.

II. Khái niệm về lưu trữ hồ sơ thuế cho doanh nghiệp

Lưu trữ hồ sơ thuế là một nghĩa vụ pháp lý quan trọng, giúp doanh nghiệp quản lý chứng từ, dữ liệu thuế một cách có hệ thống. Việc thực hiện đúng và đầy đủ không chỉ bảo đảm tuân thủ pháp luật mà còn hỗ trợ doanh nghiệp chủ động phòng ngừa rủi ro trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế.

1. Lưu trữ hồ sơ thuế cho doanh nghiệp là gì?

Lưu trữ hồ sơ thuế cho doanh nghiệp là việc doanh nghiệp thu thập, sắp xếp, bảo quản và lưu giữ đầy đủ các hồ sơ, tài liệu, chứng từ liên quan đến việc xác định, kê khai, nộp và quyết toán thuế trong thời hạn theo quy định của pháp luật, nhằm phục vụ công tác quản lý thuế và việc kiểm tra, thanh tra của cơ quan có thẩm quyền.

Cụ thể, lưu trữ hồ sơ thuế cho doanh nghiệp bao gồm việc thu thập, phân loại, sắp xếp, bảo quản và lưu giữ các tài liệu sau:

• Hồ sơ đăng ký thuế, thông báo mã số thuế;
• Tờ khai thuế các loại, hồ sơ khai bổ sung, điều chỉnh;
• Hóa đơn, chứng từ kế toán, hợp đồng kinh tế làm căn cứ xác định nghĩa vụ thuế;
• Sổ kế toán, báo cáo tài chính, hồ sơ quyết toán thuế;
• Hồ sơ liên quan đến miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, ưu đãi thuế;
• Biên bản làm việc, văn bản giải trình, kết luận kiểm tra, thanh tra thuế (nếu có).

Do đó, người nộp thuế có nghĩa vụ lưu trữ đầy đủ, trung thực và an toàn hồ sơ thuế để chứng minh việc thực hiện nghĩa vụ thuế đúng pháp luật. Việc lưu trữ này không chỉ mang tính hình thức, mà là căn cứ pháp lý quan trọng để doanh nghiệp bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của mình khi phát sinh kiểm tra, thanh tra, khiếu nại hoặc tranh chấp về thuế.

2. Vì sao doanh nghiệp phải thực hiện lưu trữ hồ sơ thuế?

Trong quá trình hoạt động sản xuất, kinh doanh, doanh nghiệp phát sinh nhiều nghĩa vụ liên quan đến kê khai, nộp và quyết toán thuế. Việc lưu trữ hồ sơ thuế không chỉ phục vụ quản lý nội bộ mà còn là yêu cầu pháp lý bắt buộc theo quy định của pháp luật thuế và kế toán hiện hành. Cụ thể:

• Là nghĩa vụ pháp lý bắt buộc theo Điều 41 Luật Kế toán 2015 và khoản 13 Điều 17 Luật Quản lý thuế 2019, yêu cầu doanh nghiệp phải lưu giữ chứng từ kế toán, hồ sơ, tài liệu liên quan đến nghĩa vụ thuế.
• Là căn cứ chứng minh việc kê khai, nộp thuế đúng quy định, phục vụ hoạt động thanh tra, kiểm tra, quyết toán thuế của cơ quan thuế theo Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019.
• Giúp doanh nghiệp kiểm soát và phòng ngừa rủi ro pháp lý về thuế, hạn chế nguy cơ bị truy thu, xử phạt vi phạm hành chính khi có yêu cầu giải trình từ cơ quan có thẩm quyền.
• Hỗ trợ quản trị tài chính – kế toán hiệu quả, bảo đảm tính minh bạch, chính xác của số liệu kế toán, báo cáo tài chính và báo cáo thuế trong suốt quá trình hoạt động của doanh nghiệp.

Tóm lại, việc lưu trữ hồ sơ thuế không chỉ là nghĩa vụ bắt buộc của doanh nghiệp theo quy định pháp luật mà còn đóng vai trò quan trọng trong quản trị rủi ro và bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của doanh nghiệp. Thực hiện lưu trữ hồ sơ thuế đầy đủ, đúng thời hạn và đúng quy định sẽ giúp doanh nghiệp chủ động khi làm việc với cơ quan thuế, hạn chế nguy cơ tranh chấp, truy thu và xử phạt, đồng thời góp phần nâng cao tính minh bạch, ổn định trong hoạt động sản xuất, kinh doanh lâu dài.

3. Lưu trữ hồ sơ thuế giúp doanh nghiệp kiểm soát rủi ro thuế ra sao?

Việc lưu trữ hồ sơ thuế đầy đủ, khoa học và đúng thời hạn giúp doanh nghiệp kiểm soát rủi ro thuế hiệu quả thông qua các khía cạnh sau:

• Chứng minh tính hợp pháp của nghĩa vụ thuế: Hồ sơ thuế là căn cứ để doanh nghiệp giải trình số thuế đã kê khai, nộp và khấu trừ khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra.
• Giảm nguy cơ truy thu và xử phạt vi phạm: Việc lưu trữ đầy đủ hóa đơn, chứng từ, sổ sách kế toán giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro bị ấn định thuế, truy thu thuế và xử phạt do thiếu căn cứ chứng minh chi phí hợp lệ.
• Chủ động phát hiện và khắc phục sai sót: Hồ sơ thuế được lưu trữ hệ thống giúp doanh nghiệp kịp thời rà soát, đối chiếu số liệu, phát hiện sai sót trong kê khai để điều chỉnh theo đúng quy định pháp luật.
• Bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của doanh nghiệp: Trong trường hợp phát sinh khiếu nại, tranh chấp hoặc xử lý vi phạm hành chính về thuế, hồ sơ lưu trữ là cơ sở pháp lý quan trọng để doanh nghiệp bảo vệ quyền lợi của mình trước cơ quan có thẩm quyền.

Qua đó, có thể thấy lưu trữ hồ sơ thuế không chỉ mang tính tuân thủ mà còn là công cụ quan trọng giúp doanh nghiệp quản trị rủi ro thuế một cách chủ động và bền vững.

III. Quy định của pháp luật liên quan đến lưu trữ hồ sơ thuế cho doanh nghiệp

Lưu trữ hồ sơ thuế là nghĩa vụ pháp lý bắt buộc, gắn liền với trách nhiệm kê khai, nộp thuế và giải trình của doanh nghiệp trong suốt quá trình hoạt động. Pháp luật về thuế và kế toán đã có quy định cụ thể về đối tượng phải lưu trữ, phạm vi hồ sơ, thời hạn lưu trữ cũng như trách nhiệm của các chủ thể liên quan, nhằm bảo đảm công tác quản lý thuế và phòng ngừa rủi ro pháp lý cho doanh nghiệp.

1. Lưu trữ hồ sơ thuế có bắt buộc đối với mọi doanh nghiệp không?

Có. Lưu trữ hồ sơ thuế là nghĩa vụ bắt buộc đối với mọi doanh nghiệp, không phân biệt loại hình, quy mô hay lĩnh vực hoạt động.

• Khoản 1, 3, 5 Điều 41 Luật Kế toán năm 2015 quy định mọi đơn vị kế toán (bao gồm doanh nghiệp) phải bảo quản, lưu trữ đầy đủ, an toàn tài liệu kế toán trong thời hạn luật định; người đại diện theo pháp luật chịu trách nhiệm tổ chức việc lưu trữ. Hồ sơ thuế được hình thành trên cơ sở tài liệu kế toán (chứng từ, sổ sách, báo cáo tài chính, hồ sơ quyết toán…), vì vậy nghĩa vụ lưu trữ tài liệu kế toán đồng thời là nghĩa vụ lưu trữ hồ sơ thuế.
• Ngoài ra, khoản 13 Điều 17 Luật Quản lý thuế năm 2019 đặt ra các nghĩa vụ lưu trữ hồ sơ thuế trong những trường hợp cụ thể (điển hình như hồ sơ giao dịch liên kết), cho thấy lưu trữ hồ sơ thuế là yêu cầu bắt buộc trong quản lý thuế.

Lưu ý quan trọng:

• Nghĩa vụ lưu trữ áp dụng cho tất cả doanh nghiệp, kể cả doanh nghiệp nhỏ, doanh nghiệp mới thành lập, doanh nghiệp có hay không phát sinh số thuế phải nộp.
• Doanh nghiệp không thực hiện hoặc thực hiện không đúng việc lưu trữ hồ sơ thuế có thể gặp rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra, thanh tra và bị xử lý theo quy định pháp luật.

Lưu trữ hồ sơ thuế là nghĩa vụ bắt buộc đối với mọi doanh nghiệp, được xác lập trên nền tảng của Luật Kế toán năm 2015 và Luật quản lý thuế 2019, nhằm bảo đảm tính minh bạch, khả năng kiểm tra và bảo vệ quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp.

2. Hồ sơ thuế của doanh nghiệp bao gồm những loại tài liệu nào?

Hồ sơ thuế của doanh nghiệp là tập hợp các tài liệu kế toán – thuế phát sinh trong quá trình hoạt động, được sử dụng để xác định nghĩa vụ thuế, kê khai, nộp thuế, quyết toán thuế và giải trình với cơ quan thuế. Tùy theo đặc thù hoạt động, doanh nghiệp cần lưu giữ các nhóm hồ sơ chủ yếu sau:

• Hóa đơn và chứng từ giao dịch
  • Hóa đơn giá trị gia tăng (VAT): Bao gồm hóa đơn đầu vào và hóa đơn đầu ra, được lập và quản lý theo quy định về hóa đơn điện tử tại Thông tư số 32/2025/TT-BTC.
  • Chứng từ thanh toán: Phiếu thu, phiếu chi, ủy nhiệm chi, sao kê ngân hàng; đặc biệt đối với giao dịch từ 20 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để làm căn cứ khấu trừ, tính chi phí thuế.
  • Phiếu nhập kho, xuất kho: Chứng từ ghi nhận việc nhập – xuất hàng hóa, làm căn cứ tính giá vốn, xác định chi phí được trừ và quản lý tồn kho.
• Sổ sách kế toán
  • Sổ nhật ký chung: Ghi nhận toàn bộ các nghiệp vụ kinh tế phát sinh theo trình tự thời gian.
  • Sổ cái: Tổng hợp số liệu theo từng tài khoản kế toán.
  • Sổ chi tiết: Theo dõi chi tiết công nợ phải thu, phải trả, hàng tồn kho, tài sản cố định và các đối tượng kế toán liên quan khác.
• Tờ khai thuế và báo cáo
  • Tờ khai thuế giá trị gia tăng: Lập theo tháng hoặc theo quý.
  • Tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp: Tạm tính hàng quý và quyết toán thuế năm.
  • Tờ khai thuế thu nhập cá nhân: Khai khấu trừ thuế đối với người lao động và quyết toán thuế năm.
  • Báo cáo tài chính năm: Bao gồm bảng cân đối kế toán, báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh, báo cáo lưu chuyển tiền tệ và thuyết minh báo cáo tài chính.
• Các hồ sơ liên quan khác
  • Hợp đồng kinh tế: Hợp đồng mua bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ, thuê tài sản, xây dựng…
  • Biên bản đối chiếu, xác nhận công nợ: Làm căn cứ xác định nghĩa vụ thanh toán và chi phí hợp lệ.
  • Hồ sơ lao động và tiền lương: Hợp đồng lao động, bảng lương, chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân, bảo hiểm xã hội.

Việc nhận diện đầy đủ các loại hồ sơ thuế của doanh nghiệp là cơ sở để doanh nghiệp tổ chức lưu trữ đúng và đủ theo quy định pháp luật, sẵn sàng cung cấp khi cơ quan thuế yêu cầu, đồng thời giảm thiểu rủi ro pháp lý và tài chính phát sinh trong quá trình kiểm tra, thanh tra thuế.

3. Thời hạn lưu trữ hồ sơ thuế theo quy định pháp luật là bao lâu?

Thời hạn lưu trữ hồ sơ thuế của doanh nghiệp được xác định chủ yếu theo quy định về lưu trữ tài liệu kế toán, bởi hồ sơ thuế được hình thành trên cơ sở chứng từ, sổ sách và báo cáo kế toán. Nội dung này được quy định tại Điều 41 Luật Kế toán năm 2015.

• Thời điểm đưa hồ sơ vào lưu trữ

Theo khoản 3 Điều 41 Luật Kế toán năm 2015, hồ sơ, tài liệu kế toán (bao gồm hồ sơ thuế) phải được đưa vào lưu trữ trong thời hạn 12 tháng, kể từ:

• Ngày kết thúc kỳ kế toán năm; hoặc
• Ngày kết thúc công việc kế toán.
• Thời hạn lưu trữ theo từng loại hồ sơ

Theo khoản 5 Điều 41 Luật Kế toán năm 2015, thời hạn lưu trữ được phân loại như sau:

• Lưu trữ ít nhất 05 năm: Áp dụng đối với tài liệu kế toán phục vụ quản lý, điều hành doanh nghiệp; chứng từ kế toán không sử dụng trực tiếp để ghi sổ kế toán và lập báo cáo tài chính. Một số hồ sơ không còn hiệu lực dài hạn (như hợp đồng lao động đã chấm dứt, biên bản kiểm kê thông thường) có thể áp dụng thời hạn này.
• Lưu trữ ít nhất 10 năm: Áp dụng đối với các hồ sơ thuế quan trọng như: hóa đơn, chứng từ thanh toán, tờ khai thuế, hồ sơ quyết toán thuế; chứng từ kế toán sử dụng trực tiếp để ghi sổ kế toán và lập báo cáo tài chính; sổ kế toán và báo cáo tài chính năm.
• Lưu trữ vĩnh viễn: Áp dụng đối với tài liệu kế toán có tính sử liệu, có ý nghĩa quan trọng về kinh tế, an ninh, quốc phòng; hồ sơ liên quan đến tài sản cố định lớn, quyết toán vốn đầu tư; hồ sơ pháp lý quan trọng của doanh nghiệp (như giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp).

Thời hạn lưu trữ hồ sơ thuế của doanh nghiệp không cố định một mốc duy nhất, mà được xác định theo từng loại tài liệu, tương ứng 05 năm, 10 năm hoặc lưu trữ vĩnh viễn. Việc tuân thủ đúng thời hạn lưu trữ theo Luật Kế toán năm 2015 là yêu cầu bắt buộc để doanh nghiệp bảo đảm tuân thủ pháp luật và hạn chế rủi ro về thuế.

4. Ai là người chịu trách nhiệm chính trong việc lưu trữ hồ sơ thuế của doanh nghiệp?

Người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp là người chịu trách nhiệm chính trong việc tổ chức lưu trữ hồ sơ thuế của doanh nghiệp.

• Khoản 4 Điều 41 Luật Kế toán năm 2015 quy định: Người đại diện theo pháp luật của đơn vị kế toán chịu trách nhiệm tổ chức bảo quản, lưu trữ tài liệu kế toán.
• Hồ sơ thuế được hình thành từ tài liệu kế toán và hồ sơ kê khai thuế, do đó trách nhiệm lưu trữ hồ sơ thuế thuộc trách nhiệm pháp lý trực tiếp của người đại diện theo pháp luật.

Phân định trách nhiệm trong nội bộ doanh nghiệp:

• Người đại diện theo pháp luật có thể phân công hoặc ủy quyền cho bộ phận kế toán, tài chính hoặc cá nhân có liên quan thực hiện việc lưu trữ hồ sơ thuế.
• Tuy nhiên, việc phân công này không làm thay đổi trách nhiệm pháp lý cuối cùng; người đại diện theo pháp luật vẫn phải chịu trách nhiệm trước pháp luật nếu doanh nghiệp không thực hiện đúng quy định về lưu trữ hồ sơ thuế.

Người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp là chủ thể chịu trách nhiệm chính và cao nhất trong việc tổ chức lưu trữ hồ sơ thuế. Việc phân công nội bộ chỉ mang tính quản lý, không làm miễn trừ trách nhiệm pháp lý của người đại diện theo pháp luật khi phát sinh vi phạm.

IV. Giải đáp các vấn đề thắc mắc thường gặp liên quan đến lưu trữ hồ sơ thuế cho doanh nghiệp

Trong quá trình hoạt động, việc lưu trữ hồ sơ thuế không chỉ là nghĩa vụ pháp lý mà còn là công cụ quan trọng giúp doanh nghiệp quản lý tài chính – thuế hiệu quả. Dưới đây là giải đáp các thắc mắc thường gặp liên quan đến lưu trữ hồ sơ thuế cho doanh nghiệp:

1. Lưu trữ hồ sơ thuế cho doanh nghiệp có thể thực hiện dưới những hình thức nào?

Doanh nghiệp được phép lựa chọn hình thức lưu trữ hồ sơ thuế phù hợp, miễn bảo đảm đầy đủ, an toàn và khả năng truy xuất khi cơ quan có thẩm quyền yêu cầu. Cụ thể, lưu trữ hồ sơ thuế cho doanh nghiệp có thể thực hiện dưới các hình thức sau:

• Lưu trữ bằng bản giấy: Hồ sơ thuế được in, đóng tập và bảo quản tại kho lưu trữ của doanh nghiệp hoặc địa điểm lưu trữ hợp pháp khác. Việc lưu trữ phải bảo đảm hồ sơ không bị mất, rách, hư hỏng và dễ dàng tra cứu trong suốt thời hạn lưu trữ theo quy định.
• Lưu trữ bằng bản điện tử: Hồ sơ thuế được lưu trữ dưới dạng dữ liệu điện tử, bao gồm hóa đơn điện tử, tờ khai thuế điện tử, chứng từ kế toán điện tử. Hình thức này phải bảo đảm tính toàn vẹn, bảo mật, khả năng truy xuất và in ra khi cần thiết, phù hợp với quy định của pháp luật về kế toán, thuế và giao dịch điện tử.
• Lưu trữ kết hợp bản giấy và bản điện tử: Doanh nghiệp có thể đồng thời lưu trữ hồ sơ thuế cả bản giấy và bản điện tử để tăng tính an toàn và thuận tiện trong quản lý, tra cứu, đặc biệt đối với các hồ sơ quan trọng hoặc có giá trị pháp lý cao.

Doanh nghiệp được quyền lựa chọn hình thức lưu trữ hồ sơ thuế bằng bản giấy, bản điện tử hoặc kết hợp cả hai, nhưng phải bảo đảm đáp ứng yêu cầu pháp luật về đầy đủ, an toàn, bảo mật và khả năng cung cấp kịp thời khi cơ quan thuế yêu cầu.

2. Hồ sơ thuế bị mất, thất lạc hoặc hư hỏng thì doanh nghiệp phải xử lý như thế nào?

Khi hồ sơ thuế bị mất, thất lạc hoặc hư hỏng, doanh nghiệp phải thực hiện đồng thời các biện pháp khắc phục và chịu trách nhiệm pháp lý theo quy định.

Thứ nhất, về biện pháp xử lý bắt buộc:

Căn cứ khoản 2 Điều 41 Luật Kế toán năm 2015 (hướng dẫn bởi Điều 6 và Điều 7 Nghị định 174/2016/NĐ-CP), doanh nghiệp phải:

• Lập biên bản xác nhận việc mất, thất lạc hoặc hư hỏng hồ sơ;
• Kèm theo bản sao tài liệu (nếu còn) hoặc xác nhận của các bên liên quan;
• Tổ chức kiểm kê, phân loại và phục hồi tài liệu kế toán – thuế bị mất hoặc hư hỏng trong khả năng có thể;
• Thực hiện giải trình với cơ quan thuế khi có yêu cầu.

Thứ hai, về trách nhiệm xử phạt vi phạm hành chính:

Theo khoản 2 Điều 15 Nghị định số 41/2018/NĐ-CP, hành vi bảo quản, lưu trữ tài liệu kế toán không an toàn, để hư hỏng hoặc mất mát tài liệu trong thời hạn lưu trữ bị:

• Phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 10.000.000 đồng đối với cá nhân;
• Đối với doanh nghiệp (tổ chức), mức phạt gấp 02 lần, tức từ 10.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng, theo khoản 2 Điều 6 Nghị định số 41/2018/NĐ-CP (được sửa đổi bởi Nghị định số 102/2021/NĐ-CP).

Khi hồ sơ thuế bị mất, thất lạc hoặc hư hỏng, doanh nghiệp không được bỏ qua hoặc che giấu, mà phải lập biên bản, phục hồi hồ sơ và giải trình kịp thời, đồng thời chấp hành xử phạt nếu có vi phạm. Việc quản lý, lưu trữ hồ sơ thuế an toàn là yêu cầu bắt buộc để giảm thiểu rủi ro pháp lý và tài chính cho doanh nghiệp.

3. Trường hợp doanh nghiệp giải thể hoặc chấm dứt hoạt động thì hồ sơ thuế được xử lý ra sao?

Khi doanh nghiệp giải thể hoặc chấm dứt hoạt động, hồ sơ thuế vẫn phải được bảo quản và lưu trữ theo đúng quy định pháp luật, không được tự ý tiêu hủy. Cách xử lý hồ sơ thuế trong trường hợp giải thể, chấm dứt hoạt động:

• Doanh nghiệp phải hoàn tất nghĩa vụ thuế trước khi giải thể: Doanh nghiệp chỉ được giải thể sau khi đã hoàn thành việc quyết toán thuế và được cơ quan thuế xác nhận không còn nghĩa vụ thuế. Hồ sơ thuế phát sinh trong suốt quá trình hoạt động phải được tập hợp đầy đủ để phục vụ việc quyết toán.
• Tiếp tục lưu trữ hồ sơ thuế sau khi chấm dứt hoạt động: Mặc dù doanh nghiệp đã chấm dứt hoạt động, hồ sơ thuế vẫn phải được lưu trữ đủ thời hạn theo Điều 41 Luật Kế toán năm 2015 (05 năm, 10 năm hoặc vĩnh viễn tùy loại hồ sơ).
• Xác định chủ thể chịu trách nhiệm lưu trữ: Người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp trước khi giải thể hoặc tổ chức, cá nhân được giao nhiệm vụ theo quyết định giải thể có trách nhiệm tiếp tục bảo quản, lưu trữ hồ sơ thuế.
• Bàn giao hồ sơ khi có chuyển giao nghĩa vụ: Trường hợp doanh nghiệp giải thể do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách hoặc chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, hồ sơ thuế được bàn giao cho doanh nghiệp kế thừa, là đơn vị tiếp tục thực hiện nghĩa vụ lưu trữ theo quy định pháp luật.

Việc giải thể hoặc chấm dứt hoạt động không làm chấm dứt nghĩa vụ lưu trữ hồ sơ thuế. Doanh nghiệp và cá nhân có liên quan phải tiếp tục bảo quản hồ sơ thuế đúng thời hạn, nhằm phục vụ công tác quản lý thuế và giải quyết các vấn đề pháp lý phát sinh sau khi doanh nghiệp chấm dứt hoạt động.

4. Doanh nghiệp có thể thuê bên thứ ba thực hiện lưu trữ hồ sơ thuế không?

Có thể, doanh nghiệp được phép thuê bên thứ ba thực hiện việc lưu trữ hồ sơ thuế, nhưng không được chuyển giao trách nhiệm pháp lý. Pháp luật hiện hành không cấm doanh nghiệp thuê tổ chức, cá nhân bên ngoài (đơn vị lưu trữ, dịch vụ kế toán, dịch vụ số hóa dữ liệu…) thực hiện việc bảo quản, lưu trữ hồ sơ kế toán – thuế. Tuy nhiên, theo khoản 4 Điều 41 Luật Kế toán năm 2015, người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp vẫn là người chịu trách nhiệm tổ chức việc bảo quản, lưu trữ tài liệu kế toán, bao gồm cả hồ sơ thuế.

Điều kiện khi thuê bên thứ ba lưu trữ hồ sơ thuế:

• Phải có hợp đồng dịch vụ rõ ràng, quy định cụ thể phạm vi, thời hạn, trách nhiệm bảo mật và bảo quản hồ sơ;
• Bên thứ ba phải đáp ứng điều kiện về an toàn, bảo mật, phòng cháy, chống mất mát, hư hỏng đối với hồ sơ lưu trữ;
• Doanh nghiệp phải bảo đảm khả năng truy xuất, cung cấp hồ sơ kịp thời khi cơ quan thuế yêu cầu.

Doanh nghiệp được thuê bên thứ ba thực hiện lưu trữ hồ sơ thuế, nhưng trách nhiệm pháp lý cuối cùng vẫn thuộc về doanh nghiệp, cụ thể là người đại diện theo pháp luật, theo quy định của Luật Kế toán năm 2015.

5. Trường hợp doanh nghiệp không thực hiện đúng quy định về lưu trữ hồ sơ thuế thì bị xử lý như thế nào?

Trường hợp doanh nghiệp không thực hiện hoặc thực hiện không đúng quy định về lưu trữ hồ sơ thuế, doanh nghiệp có thể bị xử lý vi phạm hành chính và phát sinh rủi ro pháp lý về thuế, tùy theo tính chất, mức độ vi phạm.

Thứ nhất, xử phạt vi phạm hành chính về kế toán – lưu trữ hồ sơ
Theo Điều 15 Nghị định số 41/2018/NĐ-CP, doanh nghiệp có thể bị xử phạt khi có các hành vi như:

• Lưu trữ tài liệu kế toán không đầy đủ;
• Bảo quản tài liệu kế toán không an toàn, để hư hỏng, mất mát;
• Không tổ chức kiểm kê, phân loại, phục hồi tài liệu kế toán bị mất hoặc hủy hoại;
• Hủy bỏ tài liệu kế toán khi chưa hết thời hạn lưu trữ.

Đối với doanh nghiệp (tổ chức), mức phạt tiền có thể lên đến 20.000.000 đồng, do mức phạt đối với tổ chức gấp 02 lần mức phạt áp dụng cho cá nhân.

Thứ hai, hậu quả trong quản lý thuế
Việc không lưu trữ đầy đủ hồ sơ thuế có thể dẫn đến:

• Không đủ căn cứ giải trình khi cơ quan thuế kiểm tra, thanh tra;
• Không được chấp nhận chi phí được trừ, khấu trừ thuế, hoàn thuế hoặc ưu đãi thuế;
• Bị truy thu thuế, tính tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm hành chính về thuế.

Thứ ba, trách nhiệm của người quản lý doanh nghiệp
Theo khoản 4 Điều 41 Luật Kế toán năm 2015, người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp chịu trách nhiệm tổ chức việc lưu trữ hồ sơ. Trường hợp vi phạm nghiêm trọng, người quản lý có thể bị xử lý trách nhiệm cá nhân theo quy định pháp luật.

Việc không thực hiện đúng quy định về lưu trữ hồ sơ thuế không chỉ dẫn đến xử phạt hành chính, mà còn kéo theo rủi ro lớn về thuế và tài chính cho doanh nghiệp. Do đó, doanh nghiệp cần tổ chức lưu trữ hồ sơ thuế đúng, đủ và an toàn để bảo đảm tuân thủ pháp luật và bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của mình.

V. Tại sao nên tìm luật sư tư vấn ở NPLaw khi có vấn đề về lưu trữ hồ sơ thuế cho doanh nghiệp

Trong quá trình quản lý và lưu trữ hồ sơ thuế, đặc biệt khi phát sinh rủi ro về mất mát, sai sót hồ sơ hoặc làm việc với cơ quan thuế, việc được luật sư NPLaw tư vấn kịp thời sẽ giúp doanh nghiệp:

• Làm rõ nghĩa vụ lưu trữ hồ sơ thuế, thời hạn lưu trữ và trách nhiệm của người quản lý theo đúng quy định pháp luật về thuế và kế toán.
• Rà soát, đánh giá tính đầy đủ – hợp lệ của hồ sơ thuế, hạn chế nguy cơ bị ấn định thuế, truy thu và xử phạt vi phạm hành chính.
• Tư vấn phương án xử lý khi hồ sơ thuế bị mất, thất lạc, hư hỏng hoặc khi doanh nghiệp giải thể, chấm dứt hoạt động.
• Hỗ trợ doanh nghiệp làm việc, giải trình với cơ quan thuế trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế.
• Tư vấn xây dựng quy trình lưu trữ hồ sơ thuế khoa học, đúng pháp luật, giảm thiểu rủi ro pháp lý trong dài hạn.

Trên đây là thông tin mang tính tham khảo. Trường hợp Quý khách cần tư vấn chi tiết cho tình huống cụ thể, vui lòng liên hệ Hãng luật NPLaw để được hỗ trợ kịp thời và chính xác.