Rà soát thuế nhập khẩu giúp doanh nghiệp phát hiện sai sót kê khai, hạn chế truy thu thuế, xử phạt hải quan và tối ưu chi phí nhập khẩu.
Rà soát thuế nhập khẩu là bước quan trọng giúp doanh nghiệp kiểm tra tính chính xác của hồ sơ hải quan, mã HS, trị giá tính thuế và các chính sách ưu đãi thuế áp dụng cho hàng hóa nhập khẩu. Thực tế cho thấy nhiều doanh nghiệp bị truy thu thuế, xử phạt vi phạm hành chính hoặc chậm thông quan do sai sót trong kê khai và lưu trữ hồ sơ. Việc chủ động rà soát định kỳ không chỉ giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro pháp lý mà còn hỗ trợ tối ưu chi phí và bảo đảm hoạt động xuất nhập khẩu diễn ra ổn định, đúng quy định pháp luật.
I. Thực trạng liên quan đến rà soát thuế nhập khẩu
Trong hoạt động xuất nhập khẩu hiện nay, nhiều doanh nghiệp vẫn chưa thực sự chú trọng đến việc rà soát thuế nhập khẩu định kỳ. Không ít trường hợp doanh nghiệp kê khai sai mã HS, xác định chưa đúng trị giá tính thuế, áp dụng nhầm chính sách ưu đãi hoặc thiếu hồ sơ chứng minh xuất xứ hàng hóa, dẫn đến nguy cơ bị truy thu thuế và xử phạt vi phạm hành chính.
Bên cạnh đó, quy định pháp luật về hải quan và thuế nhập khẩu thường xuyên thay đổi khiến doanh nghiệp gặp khó khăn trong việc cập nhật và áp dụng đúng quy định. Đặc biệt, đối với doanh nghiệp mới hoặc doanh nghiệp có số lượng tờ khai lớn, việc kiểm soát hồ sơ và rà soát nghĩa vụ thuế càng dễ phát sinh sai sót.
Thực tế cho thấy, nhiều doanh nghiệp chỉ phát hiện vấn đề khi cơ quan hải quan tiến hành thanh tra, kiểm tra sau thông quan. Vì vậy, việc chủ động rà soát thuế nhập khẩu đang trở thành nhu cầu cần thiết nhằm hạn chế rủi ro pháp lý, bảo đảm tính minh bạch và ổn định trong hoạt động kinh doanh.
II. Khái niệm về rà soát thuế nhập khẩu
Việc rà soát thuế nhập khẩu giúp doanh nghiệp kịp thời phát hiện sai sót trong kê khai hải quan, hạn chế rủi ro bị truy thu thuế hoặc xử phạt vi phạm hành chính.
1. Rà soát thuế nhập khẩu là gì?
Rà soát thuế nhập khẩu được hiểu là quá trình doanh nghiệp hoặc cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, đối chiếu và đánh giá các hồ sơ, chứng từ liên quan đến hoạt động nhập khẩu nhằm xác định việc kê khai, tính và nộp thuế nhập khẩu có đúng quy định pháp luật hay không.
Nội dung rà soát thường liên quan đến mã HS, trị giá tính thuế, xuất xứ hàng hóa, mức thuế suất áp dụng, hồ sơ miễn giảm hoàn thuế và các chứng từ hải quan liên quan. Thông qua việc rà soát, doanh nghiệp có thể kịp thời phát hiện sai sót để điều chỉnh, hạn chế rủi ro bị truy thu thuế hoặc xử phạt vi phạm hành chính.
2. Rà soát thuế nhập khẩu bao gồm những nội dung nào?
Rà soát thuế nhập khẩu thường bao gồm việc kiểm tra, đối chiếu toàn bộ hồ sơ và thông tin liên quan đến hoạt động nhập khẩu nhằm xác định việc kê khai và thực hiện nghĩa vụ thuế có đúng quy định pháp luật hay không.
Căn cứ Chương VIII Thông tư 38/2015/TT-BTC về kiểm tra sau thông quan, nội dung rà soát thường tập trung vào các vấn đề như: hồ sơ hải quan, mã HS hàng hóa, trị giá tính thuế, xuất xứ hàng hóa, mức thuế suất áp dụng, chứng từ thanh toán, hóa đơn thương mại, hợp đồng mua bán và các tài liệu kỹ thuật liên quan đến hàng hóa nhập khẩu.
Ngoài ra, cơ quan hải quan còn có thể rà soát:
- Việc kê khai thuế nhập khẩu và các loại thuế liên quan;
- Hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế nếu có;
- Tính hợp pháp, hợp lệ và thống nhất giữa các chứng từ trong hồ sơ nhập khẩu;
- Việc lưu trữ chứng từ, sổ sách kế toán và dữ liệu phục vụ kiểm tra sau thông quan;
- Các dấu hiệu sai lệch có thể dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc vi phạm quy định hải quan.
Thông qua việc rà soát, doanh nghiệp có thể kịp thời phát hiện sai sót trong kê khai để điều chỉnh phù hợp, hạn chế nguy cơ bị truy thu thuế và xử phạt vi phạm hành chính.
3. Rà soát thuế nhập khẩu có bắt buộc không?
Pháp luật hiện nay không quy định doanh nghiệp bắt buộc phải thực hiện thủ tục riêng mang tên “rà soát thuế nhập khẩu”. Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn có trách nhiệm tự kê khai, xác định và chịu trách nhiệm về số thuế phải nộp theo quy định pháp luật.
Cụ thể, khoản 2 Điều 18 Luật Hải quan 2014 quy định người khai hải quan phải kê khai đầy đủ, chính xác hồ sơ hải quan và lưu giữ chứng từ liên quan đến hàng hóa nhập khẩu.
Đồng thời, điểm b khoản 2 Điều 37 Luật Quản lý thuế 2025 quy định người nộp thuế phải khai thuế chính xác, trung thực, đầy đủ và chịu trách nhiệm trước pháp luật về hồ sơ, tài liệu đã cung cấp cho cơ quan quản lý thuế.
Vì vậy, doanh nghiệp nên chủ động rà soát thuế nhập khẩu để kịp thời phát hiện sai sót, hạn chế rủi ro bị truy thu thuế hoặc xử phạt khi cơ quan hải quan kiểm tra.
III. Quy định của pháp luật liên quan đến rà soát thuế nhập khẩu
Hoạt động rà soát thuế nhập khẩu không được quy định như một thủ tục độc lập, nhưng lại được hình thành từ tổng thể các quy định pháp luật về hải quan và quản lý thuế.
1. Pháp luật quy định như thế nào về thuế nhập khẩu tại Việt Nam?
Hiện nay, thuế nhập khẩu tại Việt Nam được điều chỉnh chủ yếu bởi Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, có hiệu lực từ ngày 01/09/2016 và vẫn đang được áp dụng đến năm 2026. Luật này quy định về đối tượng chịu thuế, người nộp thuế, căn cứ tính thuế, thời điểm tính thuế, biểu thuế, miễn giảm hoàn thuế và các loại thuế áp dụng đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
Cụ thể, theo Điều 2 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu qua cửa khẩu, biên giới Việt Nam thuộc đối tượng chịu thuế, trừ một số trường hợp không áp dụng thuế như hàng quá cảnh, hàng viện trợ nhân đạo hoặc hàng hóa trong khu phi thuế quan theo khoản 4 Điều này.
Bên cạnh đó, Điều 3 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 quy định người nộp thuế bao gồm chủ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu hoặc các tổ chức, cá nhân được ủy quyền nộp thuế thay như đại lý hải quan, doanh nghiệp chuyển phát nhanh hoặc tổ chức tín dụng bảo lãnh thuế.
Về thời điểm tính thuế, căn cứ khoản 2 Điều 8 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, thời điểm tính thuế là thời điểm đăng ký tờ khai hải quan.
Về thời hạn nộp thuế, căn cứ Điều 9 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, hàng hóa thuộc đối tượng chịu thuế phải nộp thuế trước khi thông quan hoặc giải phóng hàng hóa, trừ trường hợp được bảo lãnh hoặc thuộc đối tượng ưu tiên theo quy định. Trường hợp được bảo lãnh thì thời hạn bảo lãnh tối đa là 30 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan; trường hợp được ưu tiên thì được nộp chậm nhất vào ngày thứ 10 của tháng kế tiếp.
Ngoài ra, hệ thống thuế nhập khẩu còn được hướng dẫn chi tiết tại Nghị định 134/2016/NĐ-CP (được sửa đổi bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP), Nghị định 26/2023/NĐ-CP và các nghị định sửa đổi, bổ sung năm 2024, 2025 liên quan đến biểu thuế và danh mục hàng hóa chịu thuế.
2. Trường hợp được miễn, giảm, hoàn thuế nhập khẩu được quy định ra sao?
Các trường hợp miễn, giảm, hoàn thuế nhập khẩu được quy định tại Điều 16, Điều 18 và Điều 19 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016.
- Về miễn thuế (Điều 16): Miễn thuế được áp dụng cho một số nhóm trường hợp như: hàng hóa của tổ chức, cá nhân thuộc diện ưu đãi, miễn trừ ngoại giao; hàng viện trợ nhân đạo; quà biếu, quà tặng trong định mức; hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án ưu đãi đầu tư; nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu; hàng tạm nhập – tái xuất; hàng trong khu phi thuế quan; và một số hàng hóa chuyên dùng trong các lĩnh vực đặc thù như giáo dục, khoa học, an ninh quốc phòng, môi trường….
- Về giảm thuế (Điều 18): Hàng hóa đang chịu sự giám sát của hải quan nếu bị hư hỏng, mất mát được giám định xác nhận thì được giảm thuế tương ứng với mức độ tổn thất thực tế; trường hợp mất toàn bộ thì không phải nộp thuế.
- Về hoàn thuế (Điều 19): Hoàn thuế được áp dụng trong các trường hợp như: nộp thừa thuế; hàng hóa nhập khẩu nhưng tái xuất; hàng nhập để sản xuất hàng xuất khẩu; hoặc máy móc, thiết bị tạm nhập – tái xuất. Điều kiện chung là hàng hóa chưa qua sử dụng, gia công hoặc chế biến (trừ một số trường hợp đặc thù).
Tóm lại, pháp luật quy định khá rộng các trường hợp miễn, giảm, hoàn thuế nhằm hỗ trợ hoạt động thương mại, đầu tư và sản xuất, tuy nhiên việc áp dụng cụ thể cần đối chiếu từng trường hợp theo quy định chi tiết tại luật và văn bản hướng dẫn.
3. Cơ quan nào có thẩm quyền kiểm tra, rà soát thuế nhập khẩu?
Cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, rà soát thuế nhập khẩu là cơ quan hải quan, trực tiếp thực hiện quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
Căn cứ khoản 1 và khoản 2 Điều 27 Luật Hải quan 2014, cơ quan hải quan có quyền kiểm tra, xác định các yếu tố liên quan đến nghĩa vụ thuế như xuất xứ hàng hóa nhập khẩu trên cơ sở hồ sơ hải quan, chứng từ chứng nhận xuất xứ (C/O), kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa; đồng thời có thể tiến hành xác minh xuất xứ khi có nghi ngờ để làm căn cứ áp dụng thuế suất và chính sách thuế phù hợp.
Tại Điều 80 Luật Hải quan 2014, thẩm quyền kiểm tra sau thông quan tại trụ sở người khai hải quan thuộc về Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan, Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan và Cục trưởng Cục Hải quan, tùy phạm vi quản lý. Các cơ quan này có quyền quyết định kiểm tra sau thông quan đối với doanh nghiệp trong phạm vi toàn quốc hoặc trong địa bàn được phân công.
Hoạt động kiểm tra sau thông quan được thực hiện theo kế hoạch hàng năm do Tổng cục Hải quan ban hành, nhằm đánh giá tính chính xác của việc khai báo, tính thuế, miễn giảm và hoàn thuế của người khai hải quan.
Do đó, trong thực tiễn, cơ quan hải quan (Cục Hải quan, Cục Kiểm tra sau thông quan và Tổng cục Hải quan) là chủ thể có thẩm quyền trực tiếp thực hiện việc rà soát và kiểm tra thuế nhập khẩu của doanh nghiệp.
4. Quy định về xử phạt vi phạm liên quan đến thuế nhập khẩu là gì?
Một hành vi vi phạm phổ biến trong lĩnh vực thuế nhập khẩu là khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp.
Căn cứ khoản 2 Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, hành vi khai sai nhưng không bị coi là trốn thuế, làm thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn sẽ bị xử phạt như sau:
- Phạt 20% số tiền thuế thiếu;
- Buộc nộp đủ số tiền thuế thiếu vào ngân sách nhà nước;
- Đồng thời phải nộp tiền chậm nộp thuế theo quy định.
Ngoài ra, nếu hành vi có dấu hiệu gian lận, trốn thuế thì có thể bị xử phạt nặng hơn theo quy định tại Nghị định 125/2020/NĐ-CP hoặc bị truy cứu trách nhiệm hình sự tùy mức độ vi phạm.
IV. Giải đáp các vấn đề thắc mắc thường gặp liên quan đến rà soát thuế nhập khẩu
Trong thực tế, quá trình rà soát thuế nhập khẩu thường phát sinh nhiều vướng mắc liên quan đến việc lưu trữ hồ sơ, điều chỉnh tờ khai, hoàn thuế và trách nhiệm pháp lý của doanh nghiệp. Dưới đây là các câu hỏi thường gặp giúp doanh nghiệp hiểu rõ hơn để hạn chế rủi ro khi cơ quan hải quan kiểm tra sau thông quan.
1. Doanh nghiệp có cần lưu trữ hồ sơ nhập khẩu trong bao lâu?
Căn cứ điểm đ khoản 2 Điều 18 Luật Hải quan 2014, người khai hải quan có nghĩa vụ lưu giữ hồ sơ hải quan đối với hàng hóa đã thông quan trong thời hạn 05 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan.
Trong thời gian này, doanh nghiệp phải lưu giữ đầy đủ tờ khai hải quan, hợp đồng, hóa đơn, chứng từ vận tải, chứng từ xuất xứ và các tài liệu liên quan để phục vụ việc kiểm tra, thanh tra hoặc kiểm tra sau thông quan của cơ quan hải quan.
2. Có nên thuê đơn vị tư vấn để rà soát thuế nhập khẩu không?
Việc thuê đơn vị tư vấn rà soát thuế nhập khẩu là không bắt buộc, nhưng trong thực tiễn lại rất cần thiết, đặc biệt với doanh nghiệp có hoạt động nhập khẩu thường xuyên hoặc nhiều mã hàng phức tạp.
Rà soát thuế nhập khẩu đòi hỏi phải đối chiếu đồng thời nhiều yếu tố như mã HS, trị giá hải quan, xuất xứ hàng hóa, chính sách thuế và hồ sơ miễn giảm. Đây là những nội dung dễ phát sinh sai sót và có thể dẫn đến truy thu thuế, xử phạt hoặc ấn định thuế khi cơ quan hải quan kiểm tra sau thông quan.
Vì vậy, việc sử dụng đơn vị tư vấn chuyên môn giúp doanh nghiệp:
- Phát hiện sớm rủi ro sai lệch trong tờ khai và hồ sơ hải quan;
- Tối ưu chi phí thuế hợp pháp;
- Chuẩn hóa hồ sơ để đáp ứng yêu cầu kiểm tra của cơ quan hải quan;
- Giảm thiểu nguy cơ bị xử phạt hoặc truy thu trong các kỳ thanh tra, kiểm tra sau thông quan.
Do đó, xét về hiệu quả quản trị rủi ro, việc thuê đơn vị tư vấn rà soát thuế nhập khẩu là giải pháp mang tính chủ động và an toàn cho doanh nghiệp.
3. Doanh nghiệp mới có cần rà soát thuế nhập khẩu không?
Pháp luật không quy định bắt buộc doanh nghiệp phải thực hiện riêng một thủ tục “rà soát thuế nhập khẩu”. Tuy nhiên, theo điểm b khoản 2 Điều 37 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, người nộp thuế phải khai thuế chính xác, trung thực, đầy đủ và chịu trách nhiệm trước pháp luật về hồ sơ, tài liệu đã cung cấp cho cơ quan quản lý thuế.
Đối với doanh nghiệp mới, do chưa có nhiều kinh nghiệm về mã HS, trị giá hải quan, xuất xứ hàng hóa và chính sách thuế nên dễ phát sinh sai sót trong kê khai. Vì vậy, dù không bắt buộc, doanh nghiệp mới vẫn nên thực hiện rà soát thuế nhập khẩu ngay từ đầu để hạn chế rủi ro bị truy thu thuế, ấn định thuế hoặc xử phạt trong quá trình kiểm tra sau thông quan.
4. Có thể điều chỉnh tờ khai hải quan sau khi đã thông quan không?
Có. Doanh nghiệp được phép khai bổ sung, điều chỉnh tờ khai hải quan sau khi hàng hóa đã thông quan, nhưng phải thực hiện theo đúng điều kiện và thời hạn luật định.
Căn cứ khoản 4 Điều 29 Luật Hải quan 2014 và Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung tại khoản 9 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC), người khai hải quan được khai bổ sung hồ sơ hải quan để sửa đổi, bổ sung thông tin trên tờ khai và nộp kèm chứng từ liên quan. Đối với hàng hóa đã thông quan, việc khai bổ sung được thực hiện như sau:
- Trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan nhưng trước thời điểm cơ quan hải quan ban hành quyết định kiểm tra sau thông quan hoặc thanh tra, người khai hải quan được khai bổ sung khi phát hiện sai sót;
- Quá thời hạn 60 ngày, nếu vẫn phát hiện sai sót thì vẫn được khai bổ sung nhưng sẽ bị xử lý theo quy định của pháp luật;
- Một số nội dung như giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu hoặc kiểm tra chuyên ngành theo quy định thì không thuộc trường hợp được khai bổ sung sau thông quan.
Ngoài ra, trong trường hợp việc điều chỉnh liên quan đến chứng từ kế toán như hóa đơn điện tử, việc thay thế, điều chỉnh được thực hiện theo Điều 19 Nghị định 123/2020/NĐ-CP (được sửa đổi bởi khoản 13 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP) về hóa đơn điện tử.
5. Có thể xin hoàn thuế nhập khẩu đã nộp không?
Có. Người nộp thuế được hoàn thuế nhập khẩu đã nộp nếu thuộc các trường hợp luật định.
Căn cứ khoản 1 và khoản 2 Điều 19 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, các trường hợp hoàn thuế bao gồm:
(1) Đã nộp thuế nhưng không có hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu hoặc nhập khẩu, xuất khẩu ít hơn so với khai báo;
(2) Hàng hóa xuất khẩu đã nộp thuế nhưng phải tái nhập;
(3) Hàng hóa nhập khẩu đã nộp thuế nhưng phải tái xuất;
(4) Hàng hóa nhập khẩu để sản xuất kinh doanh nhưng đã đưa vào sản xuất hàng xuất khẩu và đã xuất khẩu sản phẩm;
(5) Máy móc, thiết bị, phương tiện vận chuyển tạm nhập – tái xuất trong một số trường hợp theo quy định.
Ngoài ra, số tiền thuế được hoàn đối với máy móc, thiết bị tạm nhập – tái xuất được xác định căn cứ giá trị sử dụng còn lại của hàng hóa, tính theo thời gian sử dụng tại Việt Nam; trường hợp đã hết giá trị sử dụng thì không được hoàn thuế.
V. Tại sao nên tìm luật sư tư vấn ở NPLaw khi có vấn đề về rà soát thuế nhập khẩu
NPLaw với kinh nghiệm tư vấn pháp lý trong lĩnh vực thuế – hải quan sẽ hỗ trợ doanh nghiệp rà soát toàn diện hồ sơ nhập khẩu, phát hiện sớm sai sót, đánh giá rủi ro pháp lý và đề xuất phương án xử lý phù hợp theo đúng quy định. Đồng thời, đội ngũ luật sư cũng đại diện và đồng hành trong quá trình làm việc với cơ quan hải quan khi phát sinh thanh tra, kiểm tra sau thông quan.
Việc sử dụng dịch vụ tư vấn từ NPLaw giúp doanh nghiệp chủ động kiểm soát rủi ro, hạn chế tối đa khả năng bị xử phạt hoặc ấn định thuế, đồng thời đảm bảo hoạt động nhập khẩu diễn ra ổn định, minh bạch và tuân thủ pháp luật.
Trên đây là các thông tin mang tính tham khảo, Quý khách hàng cần tư vấn chi tiết về trường hợp cụ thể, vui lòng liên hệ cho Hãng luật NPLaw để được tư vấn ngay.
