Bài viết dưới đây NPLAW sẽ phân tích chi tiết quy định mới nhất về thủ tục hoàn thuế GTGT theo Luật Thuế GTGT năm 2024, giúp doanh nghiệp và người nộp thuế nắm rõ quy trình, hồ sơ cũng như những điểm cần lưu ý trong thực tiễn áp dụng.
Bài viết dưới đây NPLAW sẽ phân tích chi tiết quy định mới nhất về thủ tục hoàn thuế GTGT theo Luật Thuế GTGT năm 2024, giúp doanh nghiệp và người nộp thuế nắm rõ quy trình, hồ sơ cũng như những điểm cần lưu ý trong thực tiễn áp dụng.
I. Thực trạng liên quan đến thủ tục hoàn thuế GTGT
Trong nhiều năm qua, thủ tục hoàn thuế GTGT đã trở thành một trong những vấn đề thu hút sự quan tâm đặc biệt của cộng đồng doanh nghiệp. Về nguyên tắc, cơ chế hoàn thuế GTGT được thiết kế nhằm bảo đảm quyền lợi chính đáng của người nộp thuế, tránh tình trạng thuế chồng thuế và hỗ trợ hoạt động xuất khẩu, đầu tư. Tuy nhiên, thực tiễn triển khai vẫn tồn tại không ít khó khăn, vướng mắc:
- Số lượng hồ sơ hoàn thuế lớn nhưng tỷ lệ giải quyết còn hạn chế: Theo báo cáo của Tổng cục Thuế, mỗi năm ngành Thuế tiếp nhận hàng chục nghìn hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT, chủ yếu từ các doanh nghiệp xuất khẩu và dự án đầu tư. Tuy nhiên, quá trình xử lý còn chậm, kéo dài so với thời hạn luật định, ảnh hưởng đến dòng vốn và hoạt động sản xuất – kinh doanh của doanh nghiệp.
- Thủ tục hành chính còn phức tạp: Mặc dù đã áp dụng hệ thống kê khai, nộp và hoàn thuế điện tử, nhưng trên thực tế, doanh nghiệp vẫn phải chuẩn bị nhiều loại chứng từ, tài liệu liên quan. Một số trường hợp cơ quan thuế yêu cầu bổ sung hồ sơ nhiều lần, gây tốn kém thời gian và chi phí tuân thủ.
- Nguy cơ gian lận, trục lợi chính sách: Tình trạng lợi dụng hoàn thuế GTGT để chiếm đoạt tiền ngân sách vẫn diễn ra, điển hình là gian lận hóa đơn, khai khống giá trị hàng hóa xuất khẩu. Điều này khiến cơ quan thuế phải siết chặt kiểm soát, kéo theo việc nhiều hồ sơ hợp pháp cũng bị chậm xử lý.
- Sự thiếu thống nhất trong áp dụng pháp luật: Một số quy định pháp luật về hoàn thuế GTGT còn chưa rõ ràng, dẫn đến cách hiểu khác nhau giữa doanh nghiệp và cơ quan quản lý. Việc áp dụng không thống nhất ở các địa phương làm phát sinh khiếu nại, tranh chấp.
II. Quy định của pháp luật liên quan đến thủ tục hoàn thuế GTGT
1. Thủ tục hoàn thuế GTGT được hiểu như thế nào?
Thủ tục hoàn thuế GTGT là quy trình doanh nghiệp hoặc cá nhân thực hiện để đề nghị cơ quan thuế hoàn trả số thuế GTGT đã nộp hoặc chưa được khấu trừ hết trong trường hợp đáp ứng các điều kiện theo quy định pháp luật. Việc thực hiện hoàn thuế GTGT giúp giảm gánh nặng tài chính cho doanh nghiệp, tăng dòng tiền lưu động, đồng thời khuyến khích đầu tư, xuất khẩu và các hoạt động kinh tế được ưu đãi, đảm bảo công bằng trong việc thu thuế và tránh tình trạng nộp thừa.
2. Điều kiện để được hoàn thuế GTGT
Căn cứ theo Khoản 9 Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, quy định về điều kiện được hoàn thuế GTGT như sau:
- Cơ sở kinh doanh thuộc trường hợp được hoàn thuế phải là cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế, lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán; có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh;
- Đáp ứng quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào và không thuộc trường hợp cơ sở kinh doanh không đáp ứng quy định về khấu trừ thuế và các hóa đơn, chứng từ được lập từ các hành vi bị nghiêm cấm dẫn đến không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng.
- Người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế được xác định như sau:
- Tại thời điểm cơ sở kinh doanh nộp hồ sơ hoàn thuế, người bán đã nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo quy định và không còn nợ tiền thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế của cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế.
- Cơ quan quản lý thuế tại thời điểm cơ sở kinh doanh nộp hồ sơ hoàn thuế trên cơ sở kết quả xử lý của hệ thống công nghệ thông tin tự động để xác định người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định.
- Trường hợp xác định người bán chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế của cơ sở kinh doanh (bao gồm cả trường hợp chưa đến thời hạn nộp hồ sơ khai thuế) hoặc còn nợ tiền thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế thì cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với các hóa đơn tương ứng với kỳ tính thuế người bán chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng hoặc còn nợ tiền thuế giá trị gia tăng.
3. Trình tự, thủ tục hoàn thuế GTGT được thực hiện như thế nào?
Căn cứ theo quy định tại Chương V Thông tư số 80/2021/TT-BTC thì thủ tục, quy trình hoàn thuế GTGT được thực hiện theo các bước sau:
Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ hoàn thuế GTGT
Doanh nghiệp thuộc nhóm đối tượng được hoàn thuế GTGT là hồ sơ hoàn thuế bao gồm:
- Văn bản yêu cầu hoàn thuế (mẫu số 01/HT)
- Các giấy tờ khác theo yêu cầu của từng trường hợp cụ thể được nêu ở mục 3
Bước 2: Gửi hồ sơ hoàn thuế GTGT lên cơ quan thuế
Doanh nghiệp gửi hồ sơ hoàn thuế GTGT lên cơ quan thuế có thẩm quyền theo các hình thức sau:
- Nộp trực tiếp tại cơ quan quản lý thuế
- Nộp hồ sơ qua đường bưu chính.
- Nộp hồ sơ điện tử trên cổng giao dịch điện tử của cơ quan quản lý thuế.
Bước 3: Cơ quan thuế tiếp nhận và xử lý hồ sơ
Trong 3 ngày làm việc sau khi nhận được hồ sơ hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện phân loại và thông báo cho người nộp thuế thuộc 1 trong 2 trường hợp sau:
- Hồ sơ được chấp nhận: Cơ quan quản lý thuế thực hiện thông báo cho người nộp thuế về thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế
- Hồ sơ không được chấp nhận: Cơ quan quản lý thuế thực hiện thông báo bằng văn bản yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin. Thời gian giải trình, bổ sung thông tin này không tính trong thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế.
Quá thời hạn giải quyết nếu việc chậm ban hành quyết định hoàn thuế do lỗi của cơ quan quản lý thuế thì ngoài số tiền thuế phải hoàn trả, cơ quan quản lý thuế còn phải trả tiền lãi với mức 0,03%/ngày tính trên số tiền phải hoàn trả và số ngày chậm hoàn trả.
Bước 4: Nhận tiền hoàn thuế GTGT
Người nộp thuế nhận tiền hoàn thuế theo thông báo của cơ quan quản lý thuế. Cụ thể thời gian nhận tiền hoàn thuế như sau:
- Chậm nhất 06 ngày làm việc: Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước
- Chậm nhất 40 ngày làm việc: Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.
III. Giải đáp các thắc mắc về thủ tục hoàn thuế GTGT
1. Doanh nghiệp thực hiện thủ tục hoàn thuế GTGT qua cổng thông tin điện tử cần lưu ý những gì để tránh bị trả hồ sơ?
Khi nộp hồ sơ hoàn thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, doanh nghiệp cần bảo đảm chữ ký số còn hiệu lực, định dạng file đính kèm đúng quy định (PDF/XML), dữ liệu kê khai khớp với chứng từ kế toán.
Một lỗi thường gặp khiến hồ sơ bị trả lại là khai sai số tài khoản ngân hàng, thiếu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, hoặc scan chứng từ không rõ nét. Doanh nghiệp nên kiểm tra kỹ trước khi nộp để tránh bị kéo dài thời gian xử lý.
2. Cơ quan thuế có thể yêu cầu doanh nghiệp cung cấp dữ liệu kế toán điện tử khi làm thủ tục hoàn thuế GTGT không?
Căn cứ theo Khoản 9 Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, một trong những điều kiện được hoàn thuế GTGT là “cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế, lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán”.
Do đó, cơ quan thuế có quyền yêu cầu người nộp thuế cung cấp sổ kế toán, chứng từ, hóa đơn, dữ liệu điện tử để kiểm tra tính hợp pháp, hợp lệ của hồ sơ hoàn thuế.
Trường hợp doanh nghiệp áp dụng hóa đơn điện tử, dữ liệu phải được xuất trình dưới định dạng chuẩn theo quy định.
3. Trường hợp hồ sơ hoàn thuế GTGT có chứng từ thanh toán qua ngân hàng nhưng sai thông tin thì xử lý thế nào?
Trường hợp hồ sơ hoàn thuế GTGT có chứng từ thanh toán qua ngân hàng nhưng sai thông tin thì xử lý như sau:
- Nếu sai sót nhỏ (ví dụ: thiếu ký hiệu giao dịch, sai chính tả tên đơn vị) nhưng không ảnh hưởng đến tính xác thực, doanh nghiệp có thể giải trình, bổ sung văn bản xác nhận của ngân hàng.
- Nếu sai lệch nghiêm trọng (ví dụ: số tài khoản, người thụ hưởng không trùng khớp), cơ quan thuế sẽ không chấp nhận chứng từ đó và doanh nghiệp phải làm thủ tục điều chỉnh tại ngân hàng, sau đó nộp lại chứng từ hợp lệ.
4. Doanh nghiệp có thể ủy quyền cho tổ chức dịch vụ thuế thực hiện toàn bộ thủ tục hoàn thuế GTGT không?
Doanh nghiệp có thể ủy quyền cho tổ chức hành nghề dịch vụ làm thủ tục về thuế (ví dụ: đại lý thuế, công ty tư vấn kế toán) thực hiện thủ tục hoàn thuế. Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn phải chịu trách nhiệm cuối cùng về tính trung thực, hợp pháp của hồ sơ đã nộp.
5. Doanh nghiệp xin hoàn thuế GTGT nhưng đang nợ thuế khác có được trừ nghĩa vụ thuế trước khi hoàn không?
Theo Điều 60 Luật Quản lý thuế 2019, nếu người nộp thuế còn nợ nghĩa vụ thuế, cơ quan thuế sẽ bù trừ số thuế được hoàn với số thuế còn nợ, sau đó mới hoàn trả phần còn lại (nếu có). Quy định này nhằm bảo đảm thu đúng, thu đủ, hạn chế tình trạng nợ đọng thuế kéo dài.
IV. Dịch vụ tư vấn pháp lý liên quan đến thủ tục hoàn thuế GTGT
Quý khách hàng có thắc mắc liên quan hay có nhu cầu tư vấn về thủ tục hoàn thuế GTGT, vui lòng liên hệ NPLAW chúng tôi để được tư vấn, hỗ trợ hiệu quả nhất.
