Thực trạng hiện nay về việc công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế áp dụng

Trong thời gian gần đây, tình trạng công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế do cơ quan thuế xác định có xu hướng gia tăng tại Việt Nam. Nguyên nhân chủ yếu xuất phát từ sự khác biệt trong cách áp dụng pháp luật, các thay đổi về chính sách thuế và quy định về giao dịch liên kết ngày càng chặt chẽ. Thực tiễn này đặt ra yêu cầu doanh nghiệp phải hiểu đúng quy định, tuân thủ đầy đủ và kịp thời bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của mình khi phát sinh tranh chấp với cơ quan thuế.

I. Rủi ro pháp lý phổ biến liên quan đến công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế áp dụng

Khi các công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế áp dụng, công ty có thể phải đối mặt với các rủi ro như sau:

• Rủi ro bị truy thu thuế và xử phạt hành chính, đây là rủi ro phổ biến khi công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế áp dụng nhưng lại không đảm bảo đúng quy định khi bị thanh tra, kiểm tra và không được chấp nhận cách hạch toán hoặc mức thuế tự kê khai của công ty.
• Rủi ro bị cưỡng chế thuế, trong trường hợp công ty cố tình không thực hiện quyết định truy thu hoặc xử phạt, Cơ quan Thuế có quyền áp dụng các biện pháp cưỡng chế mạnh mẽ theo luật định, bao gồm: Phong tỏa tài khoản ngân hàng cấm giao dịch hoặc trích tiền từ tài khoản để thu hồi nợ thuế, thông báo hóa đơn không còn giá trị khiến công ty không thể sử dụng hóa đơn làm gián đoạn nghiêm trọng hoạt động kinh doanh, công ty có thể bị kê biên tài sản, bán đấu giá đây là biện pháp cuối cùng và nghiêm trọng nhất để thu hồi nợ thuế.
• Ảnh hưởng đến uy tín và hoạt động tại Việt Nam, đây là rủi ro tuy không mang tính cưỡng chế nhưng nó ảnh hưởng nghiêm trọng đến công ty, tác động tiêu cực và lâu dài đến sự tồn tại của công ty. Công ty có thể bị đưa và diện có rủi ro thuế cao, bị thanh tra, kiểm tra chuyên sâu đối với các loại thuế và năm tài chính. Quá trình giải trình, thanh tra, khiếu nại kéo dài làm tiêu tốn nguồn lực và gián đoạn hoạt động kinh doanh.

Việc mắc phải các rủi ro liên quan đến việc không đồng ý với mức thuế áp dụng sẽ ảnh hưởng đến hoạt động của công ty nước ngoài tại Việt Nam

II. Tìm hiểu về công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế áp dụng

Để làm rõ nguyên nhân và cơ sở phát sinh các tranh chấp thuế, cần xem xét một cách toàn diện bối cảnh và quyền lợi của doanh nghiệp có yếu tố nước ngoài. Từ đó, việc phân tích các yếu tố dẫn đến việc công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế áp dụng cũng như xác định rõ các quyền pháp lý mà doanh nghiệp được bảo đảm khi phát sinh bất đồng với cơ quan thuế 

1. Những yếu tố nào có thể dẫn đến việc công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế áp dụng?

Công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế áp dụng có nhiều yếu tố dẫn đến vấn đề này, tuy nhiên các yếu tố sau đây là phổ biến nhất:

• Sự chênh lệch thuế áp dụng giữa các quốc gia: các quốc gia cạnh tranh với nhau để thu hút các công ty nước ngoài dẫn đến có sự chênh lệch mức thuế áp dụng giữa các quốc gia.
• Biến động, thay đổi liên tục các quy định về áp dụng thuế, luật và thông tư sửa đổi thường xuyên có thể khiến doanh nghiệp áp dụng quy định cũ hoặc chưa cập nhật kịp thời và cách hiểu khác nhau giữa công ty nước ngoài với cơ quan thuế.
• Giao dịch liên kết phức tạp: Khi công ty trong cùng tập đoàn hoặc tập đoàn đa quốc gia thực hiện giao dịch nội bộ, việc xác định “giá thị trường”, phân bổ chi phí, lợi nhuận chịu thuế thường gây tranh cãi dễ dẫn đến việc doanh nghiệp nước ngoài không đồng ý với mức thuế được tính.

Từ các yếu tố trên có thể thấy, việc công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế áp dụng thường xuất phát từ sự khác biệt về chính sách thuế, cách hiểu và áp dụng pháp luật cũng như tính phức tạp của các giao dịch liên kết. Do đó, việc nhận diện đúng nguyên nhân là cơ sở quan trọng để doanh nghiệp lựa chọn phương án xử lý và bảo vệ quyền lợi hợp pháp của mình.

2. Công ty nước ngoài có quyền gì khi họ không đồng ý với mức thuế áp dụng không?

Trường hợp công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế áp dụng thì họ có các quyền quy định tại Điều 16 Luật Quản lý thuế 2019 sửa đổi bổ sung 2024 sau đây:

• Quyền cung cấp thông tin, giải thích về việc xác định nghĩa vụ thuế; được giải trình số liệu, căn cứ tính thuế với cơ quan thuế
• Quyền được khiếu nại, khởi kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính về thuế 
• Ngoài ra tại Điều này cũng quy định một số quyền khác như: được hỗ trợ, hướng dẫn thực hiện việc nộp thuế; cung cấp thông tin, tài liệu để thực hiện nghĩa vụ, quyền lợi về thuế, được bảo lưu ý kiến trong biên bản kiểm tra thuế, thanh tra thuế.

Như vậy, không đồng ý với mức thuế không đồng nghĩa với việc doanh nghiệp mất quyền mà cần biết cách vận dụng quyền hợp pháp để bảo vệ lợi ích.

III. Các quy định pháp luật có liên quan đến công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế áp dụng

Để làm rõ cơ chế pháp lý bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của công ty nước ngoài khi phát sinh bất đồng về mức thuế áp dụng cần xem xét các quy định pháp luật có liên quan một cách hệ thống. Đồng thời cần xác định đúng cơ quan có thẩm quyền tiếp nhận khiếu nại cũng như những sai sót thường gặp trong hồ sơ thuế

1. Công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế áp dụng có quyền khiếu nại lên cơ quan nào?

Theo Điều 7, Điều 18 và Điều 33 Luật Khiếu nại 2011, công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế áp dụng có quyền khiếu nại lần đầu đến Cục Thuế/Chi cục Thuế đã ban hành quyết định và khiếu nại lần hai đến Tổng cục Thuế thuộc Bộ Tài chính. Theo Điều 12 và Điều 16 Luật Quản lý thuế 2019 sửa đổi bổ sung 2025, Tổng cục Thuế có thẩm quyền quản lý và xem xét lại các quyết định về thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân, giao dịch liên kết và các nghĩa vụ thuế khác.

2. Các điều khoản nào trong luật thuế có thể hỗ trợ công ty nước ngoài trong trường hợp không đồng ý với mức thuế áp dụng?

Trường hợp công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế áp dụng thì các điều khoản trong luật thuế có thể hỗ trợ công ty nước ngoài gồm:

• Nhóm về quyền của người nộp thuế quy định tại Điều 16 của Luật Quản lý thuế năm 2019 được sửa đổi, bổ sung năm 2025 như giải thích, cung cấp thông tin về căn cứ tính thuế, khiếu nại, khởi kiện quyết định thuế không phù hợp, …
• Điều khoản về khiếu nại và giải quyết khiếu nại, khởi kiện: khi không đồng ý với mức thuế áp dụng thì công ty vẫn phải chấp hành tuy nhiên có đề nghị cơ quan thuế giải thích, khiếu nại hoặc khởi kiện theo Điều 54 Luật Quản lý thuế sửa đổi bổ sung 2025
• Điều 8 Luật Quản lý thuế 2019 sửa đổi bổ sung 2025 cũng ghi nhận nguyên tắc quản lý thuế theo hướng bảo đảm quyền, lợi ích hợp pháp của người nộp thuế, tạo cơ sở để công ty nước ngoài yêu cầu cơ quan thuế áp dụng đúng pháp luật, khách quan và minh bạch trong quá trình xác định nghĩa vụ thuế.

Ngoài các điều khoản trong luật thuế công ty nước ngoài có thể sử dụng các quy định liên quan đến hợp tác quốc tế của các quốc gia để hỗ trợ

3. Những sai sót nào trong hồ sơ thuế có thể khiến công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế và dẫn đến vi phạm?

Trong quá trình kê khai và nộp thuế tại Việt Nam, các công ty nước ngoài dễ gặp phải một số sai sót khiến cơ quan thuế ấn định mức thuế cao hơn hoặc xử lý thuế bổ sung.

Khi công ty không đồng ý với mức thuế này, tranh chấp có thể phát sinh và dẫn đến nguy cơ bị coi là vi phạm nghĩa vụ thuế. Các sai sót thường gặp gồm:

• Sai sót về hồ sơ chứng từ và kê khai thuế: không nộp đủ hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán, không lưu trữ hoặc không chứng minh được chi phí hợp lệ…
• Sai sót trong xác định thu nhập chịu thuế và chi phí được trừ, hạch toán sai chi phí hợp lệ
• Sai sót trong giao dịch liên kết đây là nhóm phổ biến đối với các công ty nước ngoài
• Xác định sai nơi thường trú làm hiểu sai về nơi phát sinh nghĩa vụ
• Không tuân thủ đúng thời hạn kê khai và nộp hồ sơ thuế
• Không cập nhật thường xuyên các quy định pháp luật

Trong quá trình làm việc hoạt động việc mắc phải các sai sót là không tránh khỏi nhưng cần phải hạn và khắc phục kịp thời nếu xảy ra.

IV. Các thắc mắc thường gặp liên quan đến công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế áp dụng

Dưới đây là các thắc mắc thường gặp liên quan đến công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế áp dụng:

1. Quan hệ thương mại giữa công ty nước ngoài và nhà nước có thể bị ảnh hưởng như thế nào khi không đồng ý với mức thuế?

Khi không đồng ý mức thuế thì quan hệ giữa công ty nước ngoài và nhà nước có thể bị ảnh hưởng nhất định. Công ty nước ngoài đó có thể sẽ mất uy tín với cơ quan quản lý thuế, nguy cơ bị giám sát chặt hơn trong các kỳ thanh tra sau, ảnh hưởng đến hoạt động xuất nhập khẩu, ưu đãi thuế và giấy phép kinh doanh.

2. Khi một công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế, họ nên chuẩn bị những tài liệu gì để bảo vệ quyền lợi của mình?

Công ty nước ngoài trong trường hợp không đồng ý mức thuế áp dụng thì cần chuẩn bị những tài liệu như hồ sơ kê khai thuế, báo cáo tài chính, hóa đơn, chứng từ đầy đủ, hồ sơ giao dịch liên kết (nếu có), hợp đồng, chứng từ thanh toán quốc tế, giải trình bằng văn bản về phương pháp tính thuế và cơ sở pháp lý…để có thể bảo vệ quyền lợi của mình

3. Thời gian tối đa để công ty nước ngoài khiếu nại về mức thuế áp dụng là bao lâu?

Thời gian tối đa để công ty nước ngoài khiếu nại về mức thuế áp dụng là 90 ngày kể từ ngày nhận được quyết định mức thuế áp dụng tại Điều 9 Luật Khiếu nại 2011

4. Nếu công ty nước ngoài không thực hiện đúng quy trình khi khiếu nại về mức thuế áp dụng, họ có thể gặp rắc rối gì?

Nếu công ty nước ngoài không thực hiện đúng trình tự, thủ tục khi khiếu nại về mức thuế áp dụng, khiếu nại có thể không được thụ lý theo Điều 11 Luật Khiếu nại 2011 (quá thời hiệu, sai thẩm quyền, không đúng hình thức). Khi đó, quyết định ấn định, truy thu hoặc xử phạt thuế vẫn có hiệu lực thi hành và không bị đình chỉ theo Điều 147 Luật Quản lý thuế 2019 sửa đổi bổ sung 2025. 

Doanh nghiệp có thể bị ấn định thuế theo Điều 50, tùy loại vi phạm sẽ bị xử phạt vi phạm hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, tính tiền chậm nộp 0,03%/ngày theo Điều 59, và thậm chí áp dụng biện pháp cưỡng chế thuế theo Điều 125 Luật Quản lý thuế 2019 sửa đổi bổ sung 2025.

5. Các biện pháp nào có thể được áp dụng khi công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế mà không tuân thủ quy định?

Khi công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế mà không tuân thủ quy định thì có thể bị áp dụng các biện pháp sau đây:

• Ấn định thuế theo Điều 50–52 Luật Quản lý thuế 2019 sửa đổi bổ sung 2025.
• Phạt hành chính và tính tiền chậm nộp tùy vào loại vi phạm theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP .
• Thanh tra thuế đột xuất Điều 110, 113 Luật Quản lý thuế 2019 sửa đổi bổ sung 2025
• Tạm đình chỉ ưu đãi hoặc hoàn thuế Điều 47, 60 Luật Quản lý thuế 2019 sửa đổi bổ sung 2025.

Do đó, doanh nghiệp cần thực hiện đúng trình tự pháp luật để hạn chế rủi ro và bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của mình.

V. Bạn đang tìm một chuyên gia pháp lý uy tín để hỗ trợ vấn đề công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế áp dụng? 

Hãy để Hãng Luật NPLaw đồng hành cùng bạn với kinh nghiệm chuyên sâu trong lĩnh vực thuế và pháp lý doanh nghiệp có yếu tố nước ngoài, đội ngũ luật sư của chúng tôi sẽ hỗ trợ phân tích quyết định thuế, chuẩn bị hồ sơ, xây dựng lập luận và đại diện làm việc với cơ quan thuế, giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền lợi và hạn chế tối đa rủi ro.

Tóm lại, việc công ty nước ngoài không đồng ý với mức thuế áp dụng là tình huống pháp lý phức tạp, tiềm ẩn nhiều rủi ro về tài chính, uy tín và hoạt động kinh doanh tại Việt Nam. Để xử lý hiệu quả, doanh nghiệp cần nắm vững quy định pháp luật thuế, thực hiện đúng trình tự khiếu nại, giải trình và chủ động khắc phục các sai sót phát sinh. Việc chuẩn bị đầy đủ hồ sơ và lựa chọn giải pháp pháp lý phù hợp sẽ giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp và hạn chế tối đa các hệ quả bất lợi trong quá trình làm việc với cơ quan thuế.

Trên đây là các thông tin mang tính tham khảo, Quý khách hàng cần tư vấn về trường hợp chi tiết cụ thể, vui lòng liên hệ cho Hãng Luật NPLaw để được tư vấn ngay.