Việc hiểu rõ thuế cho các thương vụ M&A bao gồm những gì không chỉ giúp doanh nghiệp tối ưu hóa cấu trúc giao dịch mà còn đảm bảo tuân thủ pháp luật, tránh những tranh chấp và thiệt hại về sau.
Việc hiểu rõ thuế cho các thương vụ M&A bao gồm những gì không chỉ giúp doanh nghiệp tối ưu hóa cấu trúc giao dịch mà còn đảm bảo tuân thủ pháp luật, tránh những tranh chấp và thiệt hại về sau.
I. Thực trạng liên quan đến thuế cho các thương vụ M&A
Trong những năm gần đây, thị trường mua bán và sáp nhập doanh nghiệp (M&A) tại Việt Nam ngày càng sôi động với giá trị và số lượng thương vụ tăng mạnh, đặc biệt trong các lĩnh vực bất động sản, tài chính – ngân hàng, bán lẻ, sản xuất và công nghệ. Tuy nhiên, cùng với sự phát triển này, các vấn đề pháp lý và thuế phát sinh trong các giao dịch M&A cũng trở thành mối quan tâm lớn của cả doanh nghiệp trong nước lẫn nhà đầu tư nước ngoài.

Một thực tế phổ biến là nhiều thương vụ M&A gặp khó khăn trong việc xác định nghĩa vụ thuế cụ thể do sự phức tạp của hệ thống thuế, sự khác biệt trong phương thức giao dịch (mua cổ phần, phần vốn góp, hay mua tài sản), cũng như việc áp dụng các hiệp định tránh đánh thuế hai lần đối với nhà đầu tư nước ngoài. Ngoài ra, nhiều doanh nghiệp chưa chú trọng đầy đủ đến việc thẩm định thuế (tax due diligence) trước khi ký kết hợp đồng, dẫn đến rủi ro phải gánh chịu các khoản thuế truy thu hoặc xử phạt vi phạm hành chính sau này.
Bên cạnh đó, tình trạng chuyển giá và gian lận thuế trong một số thương vụ M&A cũng được cơ quan quản lý đặc biệt quan tâm. Một số nhà đầu tư tìm cách hạ thấp giá trị giao dịch để giảm nghĩa vụ thuế thu nhập cá nhân hoặc thuế thu nhập doanh nghiệp, trong khi ngược lại, có những trường hợp khai khống giá trị nhằm mục đích hợp thức hóa dòng tiền. Thực trạng này cho thấy việc minh bạch hóa và tuân thủ quy định pháp luật về thuế trong các thương vụ M&A là vấn đề vừa cấp thiết vừa phức tạp.
II. Quy định của pháp luật liên quan đến thuế cho các thương vụ M&A
Hoạt động mua bán, sáp nhập doanh nghiệp (M&A) không chỉ chịu sự điều chỉnh của pháp luật về đầu tư và doanh nghiệp, mà còn gắn liền với các nghĩa vụ thuế. Việc nắm rõ các quy định này giúp các bên hạn chế rủi ro và tối ưu chi phí trong giao dịch.
1. Thuế cho các thương vụ M&A là gì?
M&A là viết tắt của cụm từ tiếng Anh "Mergers and Acquisitions", được dịch là "mua bán và sáp nhập". Đây là hoạt động giành quyền kiểm soát một doanh nghiệp thông qua hình thức sáp nhập hoặc mua lại một phần hoặc toàn bộ doanh nghiệp đó.
Thuế trong hoạt động mua bán và sáp nhập doanh nghiệp (M&A) là nghĩa vụ tài chính phát sinh từ việc chuyển nhượng cổ phần, phần vốn góp hoặc tài sản giữa các bên trong thương vụ. Thuế có thể bao gồm thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), thuế thu nhập cá nhân (TNCN), thuế giá trị gia tăng (GTGT), lệ phí trước bạ và thuế xuất nhập khẩu (nếu có yếu tố hàng hóa, tài sản đặc thù).
2. Nghĩa vụ thuế cho các thương vụ M&A của bên bán và bên mua được phân chia thế nào?
Nghĩa vụ thuế cho các thương vụ M&A của bên bán và bên mua được phân chia như sau:
Đối với bên bán:
- Nếu là cá nhân: Thu nhập từ chuyển nhượng vốn/cổ phần phải nộp thuế TNCN (theo Điều 13 Luật Thuế TNCN 2007, sửa đổi 2012, 2014, 2022).
- Nếu là doanh nghiệp: Khoản thu nhập từ chuyển nhượng vốn/cổ phần hoặc tài sản phải nộp thuế TNDN (Khoản 2 Điều 3 Luật Thuế TNDN năm 2025).
Đối với bên mua:
- Thông thường không phải nộp thuế trực tiếp, nhưng có thể phải chịu lệ phí trước bạ nếu nhận chuyển nhượng tài sản phải đăng ký quyền sở hữu (ví dụ: quyền sử dụng đất, ô tô, nhà ở – theo Điều 3 Nghị định 10/2022/NĐ-CP về lệ phí trước bạ).
- Trường hợp bên mua là tổ chức, cần lưu ý về nghĩa vụ khấu trừ, kê khai và nộp thay thuế TNCN cho bên bán (nếu bên bán là cá nhân – theo Điều 25 Thông tư 111/2013/TT-BTC).
Như vậy, bên bán chịu trách nhiệm chính về nghĩa vụ thuế từ thu nhập phát sinh, trong khi bên mua có trách nhiệm phối hợp kê khai, khấu trừ và nộp thay trong một số trường hợp pháp luật quy định.
3. Pháp luật quy định thế nào về việc kê khai và nộp thuế cho các thương vụ M&A?
Pháp luật quy định thế nào về việc kê khai và nộp thuế cho các thương vụ M&A như sau:
- Điều 68 Luật Quản lý thuế năm 2019 quy định việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế trong trường hợp tổ chức lại doanh nghiệp: Doanh nghiệp bị chia, bị tách có trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế đối với các nghĩa vụ chưa hoàn thành trước khi thực hiện chia, tách doanh nghiệp,trường hợp chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế thì các doanh nghiệp bị tách, doanh nghiệp được tách (trong trường hợp tách công ty) doanh nghiệp mới được thành lập từ doanh nghiệp bị chia (trong trường hợp chia công ty) có trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế.
- Điểm c Khoản 1 Điều 6 Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng: Hướng dẫn tài sản điều chuyển khi chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp thuộc các trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.
- Thông tư 78/2014/TT-BTC về thuế TNDN: Trường hợp công ty bị chia, tách có thực hiện chuyển nhượng quyền sử dụng đất thì phải thực hiện kê khai, nộp thuế TNDN đối với thu nhập có được từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản theo quy định tại Chương V – Thông tư 78/2014/TT-BTC. Ngoài ra, trường hợp công ty bị chia, tách có đánh giá lại giá trị quyền sử dụng đất để điều chuyển khi tách doanh nghiệp thì phần chênh lệch tăng do đánh giá lại giá trị quyền sử dụng đất được ghi nhận vào “Thu nhập khác” và thuộc đối tượng tính thuế TNDN theo quy định tại Khoản 14, Điều 7 – Thông tư 78/2014/TT-BTC.
- Quyết toán thuế TNCN: Khoản 3 Điều 21 Thông tư số 92/2015/TT-BTC quy định như sau: Trường hợp cá nhân là người lao động được điều chuyển từ tổ chức cũ đến tổ chức mới do tổ chức cũ thực hiện sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi loại hình công ty thì tổ chức mới có trách nhiệm quyết toán thuế theo ủy quyền của cá nhân (vốn dĩ thuế thu nhập cá nhân do cá nhân tự quyết toán nhưng cá nhân có thể ủy quyền cho công ty quyết toán hộ bằng Giấy ủy quyền) đối với cả phần thu nhập do tổ chức cũ chi trả và thu lại chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân do tổ chức cũ đã cấp cho người lao động (nếu có).

III. Giải đáp các thắc mắc về thuế cho các thương vụ M&A
Trong thực tiễn, các thương vụ M&A thường phát sinh nhiều câu hỏi liên quan đến chính sách thuế và thủ tục thực hiện. Dưới đây là những vấn đề thường gặp:
1. Có chính sách ưu đãi thuế cho các thương vụ M&A nhằm thúc đẩy tái cấu trúc doanh nghiệp không?
Hiện nay, pháp luật Việt Nam chưa có quy định riêng về ưu đãi thuế cho hoạt động M&A. Tuy nhiên, các doanh nghiệp tham gia M&A có thể được hưởng ưu đãi thuế nếu đáp ứng điều kiện của dự án đầu tư mới, dự án mở rộng hoặc thuộc ngành nghề, địa bàn ưu đãi theo Điều 12 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2025.
Như vậy, ưu đãi thuế không xuất phát trực tiếp từ hoạt động M&A mà từ tính chất dự án sau M&A.
2. Rủi ro pháp lý về thuế thường gặp khi thực hiện thuế cho các thương vụ M&A là gì?
Rủi ro pháp lý về thuế thường gặp khi thực hiện thuế cho các thương vụ M&A thường bao gồm:
- Xác định giá trị chuyển nhượng vốn không đúng (giảm giá trị để giảm thuế TNCN/TNDN).
- Không kê khai hoặc kê khai chậm nghĩa vụ thuế.
- Trốn thuế, gian lận thuế thông qua định giá lại tài sản không phù hợp với thị trường.
- Chưa xử lý xong nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp mục tiêu trước khi sáp nhập/mua lại, dẫn đến bên mua phải gánh rủi ro nợ thuế.
3. Khi phát hiện sai sót sau khi hoàn tất giao dịch, việc điều chỉnh thuế cho các thương vụ M&A được thực hiện ra sao?
Theo Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019, sửa đổi năm 2025, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót trong trường hợp sau đây:
- Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra;
- Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra thuế.
4. Thời hạn kê khai nghĩa vụ thuế cho các thương vụ M&A được xác định ra sao?
Theo Khoản 4 Điều 44 Luật Quản lý thuế 2019, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế đối với trường hợp tổ chức lại doanh nghiệp chậm nhất là ngày thứ 45 kể từ ngày xảy ra sự kiện. Ngoài ra, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế đối với loại thuế khai theo tháng, theo quý được quy định như sau:
- Chậm nhất là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế đối với trường hợp khai và nộp theo tháng;
- Chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu của quý tiếp theo quý phát sinh nghĩa vụ thuế đối với trường hợp khai và nộp theo quý.
Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế đối với loại thuế có kỳ tính thuế theo năm được quy định như sau:
- Chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính đối với hồ sơ quyết toán thuế năm; chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu tiên của năm dương lịch hoặc năm tài chính đối với hồ sơ khai thuế năm;
- Chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ 4 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch đối với hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân của cá nhân trực tiếp quyết toán thuế.
5. Pháp luật có yêu cầu định giá lại tài sản khi tính thuế cho các thương vụ M&A không?
Đối với chuyển nhượng vốn, pháp luật yêu cầu tính thuế trên giá chuyển nhượng thực tế ghi trên hợp đồng, không bắt buộc định giá lại, nhưng cơ quan thuế có quyền ấn định giá nếu hợp đồng không phù hợp với giá thị trường (Điều 50 Luật Quản lý thuế 2019). Đối với sáp nhập, hợp nhất, tài sản điều chuyển được định giá lại để ghi sổ kế toán theo chuẩn mực kế toán, phần chênh lệch tăng ghi nhận vào thu nhập khác và thuộc diện tính thuế TNDN theo Khoản 14 Điều 7 Thông tư 78/2014/TT-BTC.
IV. Dịch vụ tư vấn pháp lý liên quan đến thuế cho các thương vụ M&A
Dịch vụ tư vấn pháp lý liên quan đến thuế cho các thương vụ M&A thường bao gồm:
- Thẩm định thuế (tax due diligence): rà soát nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp mục tiêu, đánh giá rủi ro thuế trước khi M&A.
- Tư vấn cấu trúc giao dịch: lựa chọn hình thức M&A (mua cổ phần, mua tài sản, sáp nhập, hợp nhất) để tối ưu hóa thuế.
- Tư vấn kê khai, nộp thuế: hướng dẫn thủ tục kê khai, khấu trừ, nộp thuế TNCN, TNDN, lệ phí trước bạ.
- Xử lý tranh chấp thuế: đại diện khách hàng làm việc với cơ quan thuế khi có tranh chấp về nghĩa vụ thuế.
- Tư vấn chiến lược thuế dài hạn: xây dựng kế hoạch thuế hợp pháp, tận dụng ưu đãi đầu tư sau M&A.
Trường hợp Quý Khách hàng còn bất kỳ thắc mắc nào liên quan đến thuế cho các thương vụ M&A hoặc các vấn đề pháp lý khác thì hãy liên hệ ngay cho NPLaw để được đội ngũ chúng tôi trực tiếp tư vấn và hướng dẫn giải quyết.