Tìm hiểu chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp

Chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp là vấn đề mà các doanh nghiệp quan tâm hiện nay. Bài viết dưới đây, sẽ nêu các quy định pháp luật về chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp và giải đáp một số thắc mắc liên quan nhằm giúp cá nhân, tổ chức bảo vệ quyền lợi hợp pháp của mình.

I. Những sai lầm thường gặp về chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp

Khi sáp nhập doanh nghiệp, chữ ký số không đóng vai trò quan trọng, là con dấu pháp lý điện tử. Sai lầm về chữ ký số có thể khiến toàn bộ hồ sơ sáp nhập bị từ chối hoặc làm gián đoạn hoạt động kinh doanh của pháp nhân mới. Các sai lầm dưới đây mà doanh nghiệp thường mắc phải gồm:

- Không cập nhật thông tin chữ ký số: Khi tên doanh nghiệp hoặc mã số thuế sau khi sáp nhập thay đổi, chữ ký số cũ không còn đồng nhất với dữ liệu trên hệ thống quản lý, gây lỗi khi thực hiện giao dịch. Hoặc sau khi sáp nhập, nếu doanh nghiệp vẫn dùng chữ ký số cũ để ký hóa đơn, tờ khai, dẫn đến hóa đơn bị coi là không hợp lệ, cơ quan thuế sẽ từ chối tờ khai do thông tin người ký không khớp với thông tin đăng ký kinh doanh.

- Chậm huỷ chữ ký số cũ: Doanh nghiệp bị sáp nhập không thực hiện thủ tục huỷ/thu hồi chữ ký số, gây rủi ro lộ thông tin hoặc bị lợi dụng ký số.

Do đó, doanh nghiệp cần lưu ý về việc cập nhật và thu hồi chữ ký số sau khi thực hiện sáp nhập doanh nghiệp để tránh rủi ro pháp lý.

II. Tìm hiểu về chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp

Để hiểu rõ hơn về các quy định pháp luật liên quan đến chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp. Hãy cùng NPLaw tìm hiểu qua nội dung bài viết dưới đây.

1. Chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp là gì và có ý nghĩa gì đối với doanh nghiệp?

Theo khoản 12 Điều 3 Luật giao dịch điện tử 2023 quy định chữ ký số là chữ ký điện tử sử dụng thuật toán khóa không đối xứng, gồm khóa bí mật và khóa công khai, trong đó khóa bí mật được dùng để ký số và khóa công khai được dùng để kiểm tra chữ ký số. Chữ ký số bảo đảm tính xác thực, tính toàn vẹn và tính chống chối bỏ nhưng không bảo đảm tính bí mật của thông điệp dữ liệu.

Theo đó, có thể hiểu, chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp là loại chữ ký số được cập nhật, thay đổi thông tin hoặc cấp mới để phù hợp với pháp nhân mới sau khi sáp nhập. Khi doanh nghiệp bị sáp nhập chấm dứt hoạt động, chữ ký số cũ hết hiệu lực và cần cập nhật, chuyển đổi sang chữ ký của doanh nghiệp nhận sáp nhập.

- Chữ ký số có ý nghĩa quan trọng đối với doanh nghiệp trong việc thực hiện các giao dịch và nghĩa vụ của doanh nghiệp, cụ thể:

• Chữ ký số sử dụng để kê khai nộp thuế trực tuyến, kê khai hải quan điện tử, giao dịch ngân hàng điện tử, giao dịch chứng khoán điện tử, kê khai bảo hiểm xã hội điện tử, ký hóa đơn điện tử, cổng thông tin một cửa quốc gia, cơ quan hành chính…mà không phải in các tờ kê khai, đóng dấu đỏ của công ty.
• Xác định đúng nguồn gốc dữ liệu, đảm bảo tài liệu được tạo ra và ký bởi đúng doanh nghiệp sở hữu khóa bí mật.
• Đảm bảo thông tin, tài liệu không bị thay đổi hoặc giả mạo kể từ khi được ký số.
• Người ký không thể phủ nhận chữ ký số của mình trên dữ liệu đã ký.

Như vậy, chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp được phân tích như trên và có ý nghĩa quan trọng đối với doanh nghiệp.

2. Chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp dùng để ký những loại tài liệu, hợp đồng nào sau khi sáp nhập?

Sau khi sáp nhập, chữ ký số của doanh nghiệp nhận sáp nhập được dùng để ký các loại tài liệu và hợp đồng sau:

• Giao dịch với các cơ quan và tổ chức nhà nước: Thực hiện các thủ tục hành chính liên quan đến cơ quan và tổ chức nhà nước, bao gồm đăng ký thành lập doanh nghiệp, bổ sung ngành nghề kinh doanh, thay đổi con dấu, thay đổi người đại diện pháp luật, kê khai và nộp thuế điện tử, cũng như kê khai và đóng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm tai nạn lao động và bệnh nghề nghiệp, và nhiều thủ tục khác.
• Giao dịch nội bộ: Hợp đồng lao động, quyết định nội bộ, báo cáo tài chính, chứng từ kế toán được số hóa.
• Hợp đồng kinh tế và tài liệu với đối tác: Hợp đồng mua bán, hợp đồng dịch vụ, biên bản nghiệm thu, hóa đơn điện tử được ký trực tuyến với đối tác, khách hàng.

Có thể thấy, chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp dùng để ký những loại tài liệu, hợp đồng trên sau khi sáp nhập.

3. Ai là người có thẩm quyền quản lý và sử dụng chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp trong công ty mới?

Theo khoản 1 Điều 12 Luật doanh nghiệp 2020 (sửa đổi 2025), người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp là cá nhân đại diện cho doanh nghiệp thực hiện các quyền và nghĩa vụ phát sinh từ giao dịch của doanh nghiệp, đại diện cho doanh nghiệp với tư cách người yêu cầu giải quyết việc dân sự, nguyên đơn, bị đơn, người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan trước Trọng tài, Tòa án và các quyền, nghĩa vụ khác theo quy định của pháp luật.

Đồng thời theo khoản 1 Điều 138 Bộ luật dân sự 2015 cũng quy định cá nhân, pháp nhân có thể ủy quyền cho cá nhân, pháp nhân khác xác lập, thực hiện giao dịch dân sự.

Có thể thấy, người có thẩm quyền quản lý và sử dụng chữ ký số của doanh nghiệp sau khi sáp nhập là người đại diện theo pháp luật của công ty nhận sáp nhập hoặc người được ủy quyền hợp pháp, theo đó, doanh nghiệp có thể ủy quyền bằng văn bản cho cá nhân khác (như kế toán trưởng, trưởng phòng) để trực tiếp quản lý và sử dụng chữ ký số trong các giao dịch cụ thể.

4. Chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp có liên quan thế nào tới chữ ký điện tử, con dấu và tư cách pháp nhân?

Theo khoản 11, 12 Điều 3 Luật giao dịch điện tử 2023, quy định như sau:

• Chữ ký điện tử là chữ ký được tạo lập dưới dạng dữ liệu điện tử gắn liền hoặc kết hợp một cách lô gíc với thông điệp dữ liệu để xác nhận chủ thể ký và khẳng định sự chấp thuận của chủ thể đó đối với thông điệp dữ liệu.
• Chữ ký số là chữ ký điện tử sử dụng thuật toán khóa không đối xứng, gồm khóa bí mật và khóa công khai, trong đó khóa bí mật được dùng để ký số và khóa công khai được dùng để kiểm tra chữ ký số. Chữ ký số bảo đảm tính xác thực, tính toàn vẹn và tính chống chối bỏ nhưng không bảo đảm tính bí mật của thông điệp dữ liệu.

Theo khoản 3 Điều 22 Luật giao dịch điện tử 2023, chữ ký số là chữ ký điện tử đáp ứng đủ các yêu cầu sau đây:

• Xác nhận chủ thể ký và khẳng định sự chấp thuận của chủ thể ký đối với thông điệp dữ liệu;
• Dữ liệu tạo chữ ký số chỉ gắn duy nhất với nội dung của thông điệp dữ liệu được chấp thuận;
• Dữ liệu tạo chữ ký số chỉ thuộc sự kiểm soát của chủ thể ký tại thời điểm ký;
• Mọi thay đổi đối với thông điệp dữ liệu sau thời điểm ký đều có thể bị phát hiện;
• Phải được bảo đảm bởi chứng thư chữ ký số. Trường hợp chữ ký số chuyên dùng công vụ phải được bảo đảm bởi chứng thư chữ ký số của tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số chuyên dùng công vụ. Trường hợp chữ ký số công cộng phải được bảo đảm bởi chứng thư chữ ký số của tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số công cộng;
• Phương tiện tạo chữ ký số phải bảo đảm dữ liệu tạo chữ ký số không bị tiết lộ, thu thập, sử dụng cho mục đích giả mạo chữ ký; bảo đảm dữ liệu được dùng để tạo chữ ký số chỉ có thể sử dụng một lần duy nhất; không làm thay đổi dữ liệu cần ký.

Theo khoản 1, 2 Điều 23 Luật giao dịch điện tử 2023, giá trị pháp lý của chữ ký điện tử:

• Chữ ký điện tử không bị phủ nhận giá trị pháp lý chỉ vì được thể hiện dưới dạng chữ ký điện tử.
• Chữ ký điện tử chuyên dùng bảo đảm an toàn hoặc chữ ký số có giá trị pháp lý tương đương chữ ký của cá nhân đó trong văn bản giấy.

Theo khoản 1 Điều 43 Luật doanh nghiệp 2020 (sửa đổi 2025) quy định dấu bao gồm dấu được làm tại cơ sở khắc dấu hoặc dấu dưới hình thức chữ ký số theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử.

Căn cứ theo các quy định vừa nêu, mối liên hệ giữa chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp với chữ ký điện tử, con dấu và tư cách pháp nhân như sau:

• Chữ ký số đóng vai trò là con dấu điện tử của doanh nghiệp trên môi trường số.
• Khi sáp nhập, chữ ký số của công ty bị sáp nhập sẽ hết giá trị. Chữ ký số của công ty nhận sáp nhập sẽ thay thế hoàn toàn vai trò của chữ ký số cũ trong việc xác thực các văn bản, hợp đồng điện tử phát sinh sau đó.
• Chữ ký số là công cụ để pháp nhân thực hiện quyền và nghĩa vụ của mình. Khi sáp nhập, tư cách pháp nhân của công ty bị sáp nhập chấm dứt, do đó, chữ ký số cũng mất hiệu lực. Công ty nhận sáp nhập sẽ kế thừa toàn bộ quyền, nghĩa vụ và sử dụng chữ ký số của mình để thực hiện giao dịch theo điểm c khoản 2 Điều 201 Luật doanh nghiệp 2020 được hướng dẫn bởi Điều 67 Nghị định 168/2025/NĐ-CP.

Tóm lại, chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp có liên quan tới chữ ký điện tử, con dấu và tư cách pháp nhân theo phân tích trên.

III. Các quy định pháp luật có liên quan đến chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp

Tìm hiểu các quy định về chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp là nhu cầu và mong muốn của nhiều chủ thể. Hiểu được điều này, NPLaw đưa ra các quy định về chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp theo quy định mới nhất hiện nay.

1. Theo quy định hiện hành, thủ tục đăng ký hoặc cập nhật chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp với cơ quan thuế và đăng ký kinh doanh thực hiện ra sao?

Theo Điều 5 Mục 1 Chương II Nghị định 23/2025/NĐ-CP, nội dung chứng thư chữ ký điện tử bao gồm:

• Thông tin về cơ quan, tổ chức tạo lập chứng thư chữ ký điện tử.
• Thông tin về cơ quan, tổ chức, cá nhân được cấp chứng thư chữ ký điện tử, bao gồm tên cơ quan, tổ chức, cá nhân; mã/số định danh của cơ quan, tổ chức, cá nhân hoặc danh tính điện tử của cơ quan, tổ chức, cá nhân được cấp chứng thư chữ ký điện tử và các thông tin cần thiết khác (nếu có).
• Số hiệu của chứng thư chữ ký điện tử.
• Thời hạn có hiệu lực của chứng thư chữ ký điện tử.
• Dữ liệu để kiểm tra chữ ký điện tử của cơ quan, tổ chức, cá nhân được cấp chứng thư chữ ký điện tử.
• Chữ ký điện tử của cơ quan, tổ chức tạo lập chứng thư chữ ký điện tử.
• Mục đích, phạm vi sử dụng của chứng thư chữ ký điện tử.
• Trách nhiệm pháp lý của cơ quan, tổ chức cấp chứng thư chữ ký điện tử.

Do đó, khi doanh nghiệp sáp nhập cần thực hiện thủ tục đăng ký hoặc cập nhật chữ ký số sau khi sáp nhập với các cơ quan liên quan gồm:

- Cập nhật thông tin với nhà cung cấp chữ ký số: 

Trước tiên, cần cập nhật thông tin trên chứng thư số để khớp với Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp mới của công ty nhận sáp nhập. Trường hợp doanh nghiệp thay đổi mã số thuế do sáp nhập, chứng thư số cũ sẽ không còn giá trị sử dụng. Lúc này, doanh nghiệp cần:

• Đăng ký mua mới chữ ký số chứa thông tin mã số thuế mới;
• Hủy chứng thư cũ để tránh nhầm lẫn khi sử dụng;
• Khai báo lại thông tin chữ ký số mới trên các hệ thống quản lý thuế, hải quan, bảo hiểm xã hội điện tử, hóa đơn điện tử...

Đây là thủ tục bắt buộc để đảm bảo chữ ký số của doanh nghiệp hợp lệ và được cơ quan nhà nước công nhận.

- Cập nhật thông tin chữ ký số sau khi sáp nhập với cơ quan thuế: Sau khi có chữ ký số mới, doanh nghiệp nhận sáp nhập thực hiện cập nhật trên trang Thuế điện tử để không bị gián đoạn việc nộp tờ khai và tiền thuế:

- Đăng ký thay đổi thông tin với cơ quan đăng ký kinh doanh: Doanh nghiệp nhận sáp nhập cần nộp hồ sơ thay đổi nội dung đăng ký doanh nghiệp với cơ quan đăng ký kinh doanh theo khoản 4 Điều 201 Luật doanh nghiệp 2020 (sửa đổi 2025).

Vậy, thủ tục đăng ký hoặc cập nhật chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp với cơ quan thuế và đăng ký kinh doanh thực hiện như trên.

2. Có quy định cụ thể về trách nhiệm pháp lý khi dùng chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp để ký các quyết định quản lý không?

Theo điểm c khoản 2 Điều 201 Luật doanh nghiệp 2020 được hướng dẫn bởi Điều 67 Nghị định 168/2025/NĐ-CP quy định các công ty nhận sáp nhập đương nhiên kế thừa toàn bộ quyền, nghĩa vụ, và lợi ích hợp pháp của các công ty bị sáp nhập theo hợp đồng sáp nhập.

Theo khoản 1, 2 Điều 23 Luật giao dịch điện tử 2023, chữ ký điện tử không bị phủ nhận giá trị pháp lý chỉ vì được thể hiện dưới dạng chữ ký điện tử. Chữ ký số có giá trị pháp lý tương đương chữ ký của cá nhân đó trong văn bản giấy. Đồng thời tại điểm a, b, c khoản 3 Điều 22 Luật này cũng quy định chữ ký số là chữ ký điện tử đáp ứng đủ các yêu cầu sau đây:

a) Xác nhận chủ thể ký và khẳng định sự chấp thuận của chủ thể ký đối với thông điệp dữ liệu;

b) Dữ liệu tạo chữ ký số chỉ gắn duy nhất với nội dung của thông điệp dữ liệu được chấp thuận;

c) Dữ liệu tạo chữ ký số chỉ thuộc sự kiểm soát của chủ thể ký tại thời điểm ký;

Theo quy định nêu trên, luật không có điều khoản quy định cụ thể về trách nhiệm pháp lý khi dùng chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp để ký các quyết định quản lý, mà thông qua các căn cứ nêu trên có thể hiểu, chủ thể ký các quyết định quản lý sau khi sáp nhập doanh nghiệp là người trực tiếp chịu trách nhiệm pháp lý.

3. Cơ quan nào có thẩm quyền yêu cầu doanh nghiệp cung cấp chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp khi hoàn tất thủ tục hợp nhất?

Theo khoản 4 Điều 201 Luật doanh nghiệp 2020 (sửa đổi 2025) có quy định cơ quan đăng ký kinh doanh tiến hành cập nhật tình trạng pháp lý của công ty bị sáp nhập trên Cơ sở dữ liệu quốc gia về đăng ký doanh nghiệp và thực hiện thay đổi nội dung đăng ký doanh nghiệp cho công ty nhận sáp nhập.

Theo khoản 3 Điều 30 Luật doanh nghiệp 2020 được hướng dẫn bởi Điều 59 Nghị định 168/2025/NĐ-CP quy định trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ, Cơ quan đăng ký kinh doanh có trách nhiệm xem xét tính hợp lệ của hồ sơ và cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp mới; trường hợp hồ sơ chưa hợp lệ, Cơ quan đăng ký kinh doanh phải thông báo bằng văn bản nội dung cần sửa đổi, bổ sung cho doanh nghiệp. Trường hợp từ chối cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp mới thì phải thông báo bằng văn bản cho doanh nghiệp và nêu rõ lý do.

Theo đó, cơ quan đăng ký kinh doanh có quyền yêu cầu doanh nghiệp cung cấp thông tin chữ ký số hợp lệ để thực hiện thủ tục chấm dứt tồn tại của công ty bị sáp nhập và cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp mới cho công ty nhận sáp nhập/hợp nhất.

IV. Các thắc mắc thường gặp liên quan đến chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp

Để hiểu rõ hơn các quy định về chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp, sau đây là một số câu hỏi và giải đáp thắc mắc về vấn đề này.

1. Khi thay đổi người đại diện theo pháp luật sau sáp nhập, thủ tục cập nhật chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp phải làm thế nào?

Khi thay đổi người đại diện theo pháp luật sau sáp nhập, thủ tục cập nhật chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp như sau:

• Doanh nghiệp phải đăng ký với Cơ quan đăng ký kinh doanh khi thay đổi nội dung Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, trong đó có thay đổi người đại diện pháp luật để được cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh mới theo quy định tại Điều 30 của Luật doanh nghiệp 2020 (sửa đổi 2025).
• Doanh nghiệp cần liên hệ với nhà cung cấp chữ ký số để thay đổi thông tin định danh trên chứng thư số (tên doanh nghiệp mới, thông tin người đại diện mới).
• Sau khi có chứng thư số mới từ nhà cung cấp, doanh nghiệp thực hiện cập nhật thông tin mới trên hệ thống Thuế điện tử, Bảo hiểm xã hội và Hải quan để đảm bảo tính pháp lý.

Như vậy, khi thay đổi người đại diện theo pháp luật sau sáp nhập, thủ tục cập nhật chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp được thực hiện như trên.

2. Trình tự xử lý hồ sơ thuế, báo cáo và chuyển đổi dữ liệu kế toán khi áp dụng chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp là gì?

Theo Điều 38 Luật quản lý thuế 2019 được hướng dẫn bởi Mục 6 Chương II Thông tư 86/2024/TT-BTC, quy định về đăng ký thuế khi sáp nhập doanh nghiệp như sau:

• Người nộp thuế đăng ký thuế cùng với đăng ký doanh nghiệp, đăng ký hợp tác xã, đăng ký kinh doanh khi tổ chức lại doanh nghiệp thì thực hiện đăng ký thuế cùng với đăng ký doanh nghiệp, đăng ký hợp tác xã, đăng ký kinh doanh theo quy định của pháp luật.
• Người nộp thuế đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế khi tổ chức lại doanh nghiệp phải thực hiện chấm dứt hiệu lực mã số thuế đối với tổ chức bị chia, bị sáp nhập, bị hợp nhất hoặc thay đổi thông tin đối với tổ chức bị tách và đăng ký mới hoặc thay đổi thông tin đối với tổ chức mới sau khi chia, tách hoặc được sáp nhập, hợp nhất.

Theo khoản 3 Điều 20 Thông tư 86/2024/TT-BTC, tổ chức nhận sáp nhập được giữ nguyên mã số thuế. Các tổ chức bị sáp nhập bị chấm dứt hiệu lực mã số thuế.

a) Đối với tổ chức bị sáp nhập: Tổ chức bị sáp nhập phải thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp

Căn cứ hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế của tổ chức bị sáp nhập, cơ quan thuế thực hiện thủ tục và trình tự để chấm dứt hiệu lực mã số thuế của tổ chức bị sáp nhập theo quy định tại Điều 39 Luật Quản lý thuế và Điều 15, Điều 16 Thông tư này.

b) Đối với tổ chức nhận sáp nhập: Trường hợp sáp nhập làm phát sinh thay đổi thông tin đăng ký thuế, trong thời hạn 10 (mười) làm việc ngày kể từ ngày được cấp Giấy phép thành lập và hoạt động, Quyết định thành lập hoặc Giấy tờ tương đương khác, tổ chức nhận sáp nhập phải thực hiện thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Hồ sơ gồm:

• Tờ khai điều chỉnh, bổ sung thông tin đăng ký thuế mẫu số 08-MST ban hành kèm theo Thông tư này;
• Bản sao Hợp đồng sáp nhập hoặc văn bản tương đương;
• Bản sao Giấy phép thành lập và hoạt động, Quyết định thành lập hoặc Văn bản tương đương khác.

Cơ quan thuế thực hiện thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế của tổ chức nhận sáp nhập theo quy định tại Điều 36 Luật Quản lý thuế và Điều 11 Thông tư này.

- Đối với chữ ký số:

• Doanh nghiệp cần liên hệ nhà cung cấp để hủy chữ ký số của công ty bị sáp nhập sau khi hoàn tất các báo cáo thuế cuối cùng.
• Cập nhật chữ ký số mới: Đăng ký mới hoặc cập nhật chữ ký số của đơn vị nhận sáp nhập trên hệ thống đăng ký thuế. Và bàn giao chữ ký số cho doanh nghiệp nhận sáp nhập (nếu có).

- Chuyển đổi dữ liệu kế toán: 

Dựa theo Điều 23 Thông tư 99/2025/TT-BTC, chuyển đổi dữ liệu kế toán khi áp dụng chữ ký số trong sáp nhập doanh nghiệp là quá trình hợp nhất số dư tài khoản, chứng từ điện tử và hồ sơ nhân sự từ công ty bị sáp nhập vào hệ thống phần mềm kế toán của công ty nhận sáp nhập, đồng thời cập nhật lại thông tin pháp lý trên chữ ký số.

• Chuyển đổi dữ liệu trên hệ thống: Công ty bị sáp nhập khoá sổ đến thời điểm sáp nhập, chuyển toàn bộ số dư tài sản, nợ phải trả, và vốn chủ sở hữu sang công ty mới. Thực hiện đồng bộ dữ liệu, chuyển danh mục nhân sự, ngạch lương, phụ cấp, và thiết lập mức hưởng trên phần mềm kế toán và xử lý dữ liệu liên quan.
• Cập nhật chữ ký số: Doanh nghiệp sau sáp nhập cần liên hệ nhà cung cấp chữ ký số để cập nhật tên doanh nghiệp, mã số thuế hoặc người đại diện pháp luật mới trên chứng thư số. Sử dụng chữ ký số mới để ký số trên báo cáo tài chính, chứng từ điện tử, hóa đơn, và hợp đồng của công ty mới. 

Nhìn chung, trình tự xử lý hồ sơ thuế, báo cáo và chuyển đổi dữ liệu kế toán khi áp dụng chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp được thực hiện cơ bản như trên.

3. Trong hồ sơ pháp lý lưu hành nội bộ và bên ngoài, nên ghi nhận thế nào về quyền sử dụng chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp để tránh tranh chấp?

Để đảm bảo tính pháp lý và ngăn ngừa tranh chấp về quyền sử dụng chữ ký số khi sáp nhập, doanh nghiệp nên ghi nhận như sau:

• Chuyển giao quyền sử dụng, quản lý: Quy định rõ doanh nghiệp bị sáp nhập có trách nhiệm chuyển giao toàn bộ chữ ký số, mật khẩu (PIN) và chứng thư số cho doanh nghiệp nhận sáp nhập. Xác định rõ kể từ thời điểm ký biên bản bàn giao (hoặc thời điểm hoàn tất thay đổi đăng ký kinh doanh), quyền quản lý và sử dụng chữ ký số thuộc về công ty nhận sáp nhập.
• Trách nhiệm pháp lý: Ghi nhận bên bị sáp nhập chịu trách nhiệm hoàn toàn về các giao dịch ký số phát sinh trước thời điểm bàn giao và bên nhận sáp nhập chịu trách nhiệm từ sau thời điểm đó hoặc nêu rõ nếu có thỏa thuận khác.
• Đối với bên thứ ba, đối tác, cơ quan chức năng:

- Công văn thông báo: Gửi ngân hàng, cơ quan thuế, đối tác về việc thay đổi thông tin chủ thể chữ ký số, kèm theo Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp mới.

- Cập nhật chứng thư số: Làm việc với tổ chức cung cấp dịch vụ chữ ký số để thay đổi thông tin trên chứng thư số (tên doanh nghiệp, mã số thuế) tương ứng với pháp nhân mới.

Nhìn chung, sau khi sáp nhập doanh nghiệp, cần cập nhật hồ sơ pháp lý bằng cách xác định rõ chủ thể kế thừa quyền sở hữu chữ ký số, lập quy trình bàn giao chi tiết, và thông báo cho cơ quan cung cấp dịch vụ để cập nhật chứng thư số theo thông tin doanh nghiệp mới.

4. Doanh nghiệp có bị xử phạt nếu sử dụng chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp trước khi hoàn tất thủ tục pháp lý không? Vì sao?

Theo khoản 4 Điều 201 Luật doanh nghiệp 2020 (sửa đổi 2025), cơ quan đăng ký kinh doanh tiến hành cập nhật tình trạng pháp lý của công ty bị sáp nhập trên Cơ sở dữ liệu quốc gia về đăng ký doanh nghiệp và thực hiện thay đổi nội dung đăng ký doanh nghiệp cho công ty nhận sáp nhập. 

Theo quy định này, doanh nghiệp nhận sáp nhập phải tiến hành đăng ký với cơ quan đăng ký kinh doanh về thay đổi nội dung đăng ký doanh nghiệp. Vì chữ ký số gắn liền với danh tính pháp lý của doanh nghiệp, khi sáp nhập, các thông tin như tên doanh nghiệp hoặc người đại diện có thể thay đổi. Sử dụng chữ ký số cũ mà chưa cập nhật thông tin mới sẽ khiến các tài liệu, hóa đơn điện tử không có giá trị pháp lý hoặc nghiêm trọng hơn là có thể dẫn đến vi phạm hành chính và bị xử phạt do chữ ký số không khớp với dữ liệu đăng ký với cơ quan thuế hoặc hóa đơn chưa có giá trị sử dụng do chưa hoàn tất thủ tục pháp lý.

Theo khoản 1 Điều 28 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, phạt tiền từ 20.000.000 đồng đến 50.000.000 đồng đối với hành vi sử dụng hóa đơn không hợp pháp, trong đó hành vi sử dụng hóa đơn, chứng từ chưa có giá trị sử dụng theo quy định tại điểm b khoản 1 Điều 4 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, trừ trường hợp được quy định tại điểm đ khoản 1 Điều 16 và điểm d khoản 1 Điều 17 Nghị định này.

Tóm lại, doanh nghiệp có bị xử phạt nếu sử dụng chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp trước khi hoàn tất thủ tục pháp lý.

5. Trường hợp doanh nghiệp không kịp thu hồi chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp của người nghỉ việc gây thiệt hại, trách nhiệm bồi thường đối với doanh nghiệp ra sao?

Theo khoản 1 Điều 129 Bộ luật lao động 2019, người lao động làm hư hỏng dụng cụ, thiết bị hoặc có hành vi khác gây thiệt hại tài sản của người sử dụng lao động thì phải bồi thường theo quy định của pháp luật hoặc nội quy lao động của người sử dụng lao động.

Đồng thời theo khoản 1, 2 Điều 584 Bộ luật dân sự 2015 được hướng dẫn bởi Điều 2 Nghị quyết 02/2022/NQ-HĐTP quy định như sau:

• Người nào có hành vi xâm phạm tính mạng, sức khỏe, danh dự, nhân phẩm, uy tín, tài sản, quyền, lợi ích hợp pháp khác của người khác mà gây thiệt hại thì phải bồi thường, trừ trường hợp Bộ luật này, luật khác có liên quan quy định khác.
• Người gây thiệt hại không phải chịu trách nhiệm bồi thường thiệt hại trong trường hợp thiệt hại phát sinh là do sự kiện bất khả kháng hoặc hoàn toàn do lỗi của bên bị thiệt hại, trừ trường hợp có thỏa thuận khác hoặc luật có quy định khác.
• Thiệt hại thực tế phải được bồi thường toàn bộ và kịp thời. Các bên có thể thỏa thuận về mức bồi thường, hình thức bồi thường bằng tiền, bằng hiện vật hoặc thực hiện một công việc, phương thức bồi thường một lần hoặc nhiều lần, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác theo khoản 1 Điều 585 Bộ luật dân sự 2015 được hướng dẫn bởi Khoản 1 Điều 3 Nghị quyết 02/2022/NQ-HĐTP.

Theo đó, doanh nghiệp có trách nhiệm quản lý chữ ký số. Khi doanh nghiệp thực hiện sáp nhập hoặc có nhân viên thôi việc, công ty phải thực hiện ngay các thủ tục bàn giao, thu hồi, hủy bỏ hoặc cập nhật thông tin chữ ký số. Nếu chậm trễ do lỗi chủ quan của doanh nghiệp dẫn đến thiệt hại, doanh nghiệp phải tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về các văn bản/giao dịch phát sinh theo Điều 43 Bộ luật lao động 2019.

Trường hợp nhân viên đã nghỉ việc cố tình sử dụng chữ ký số để thực hiện các giao dịch trái pháp luật gây thiệt hại cho công ty, họ phải bồi thường toàn bộ thiệt hại theo quy định trên.

Kết luận lại, trường hợp doanh nghiệp không kịp thu hồi chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp của người nghỉ việc gây thiệt hại, trách nhiệm bồi thường đối với doanh nghiệp được thực hiện như phân tích trên.

V. Bạn đang tìm một chuyên gia pháp lý uy tín để hỗ trợ vấn đề liên quan đến chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp?

Trên đây là thông tin giải đáp vướng mắc về chữ ký số sáp nhập doanh nghiệp mà NPLaw gửi đến Quý độc giả. Với đội ngũ luật sư, chuyên viên pháp lý giàu kinh nghiệm, NPLaw cung cấp dịch vụ pháp lý uy tín, chuyên nghiệp, đảm bảo tốt nhất quyền lợi hợp pháp cho Quý Khách hàng. Nếu cần hỗ trợ về vấn đề pháp lý, bạn có thể liên hệ NPLaw để được tư vấn về hỗ trợ.

Trên đây là các thông tin mang tính tham khảo, Quý khách hàng cần tư vấn chi tiết về trường hợp cụ thể, vui lòng liên hệ cho Hãng luật NPLaw để được tư vấn ngay.