Tư vấn xử lý các khoản thuế bị tính sai

Trong quá trình kê khai và thực hiện nghĩa vụ thuế, không ít doanh nghiệp và cá nhân gặp phải tình trạng các khoản thuế bị tính sai – có thể do nhầm lẫn trong kê khai, áp dụng sai quy định pháp luật, hoặc do cơ quan thuế xác định chưa chính xác. Điều này dễ dẫn đến việc nộp thừa, nộp thiếu thuế hoặc phát sinh tranh chấp, xử phạt không mong muốn. Vậy trong trường hợp phát hiện thuế bị tính sai, người nộp thuế cần xử lý thế nào để vừa bảo vệ quyền lợi của mình, vừa đảm bảo tuân thủ đúng pháp luật?

I. Thực trạng liên quan đến các khoản thuế bị tính sai

Trong hoạt động sản xuất – kinh doanh, việc thực hiện nghĩa vụ thuế là trách nhiệm pháp lý quan trọng của doanh nghiệp và cá nhân. Tuy nhiên, thực tế cho thấy tình trạng các khoản thuế bị tính sai vẫn diễn ra khá phổ biến, gây ra không ít khó khăn và rủi ro.

Nguyên nhân khách quan: 

• Hệ thống pháp luật thuế thay đổi thường xuyên, nhiều quy định phức tạp, khiến doanh nghiệp khó cập nhật kịp thời.
• Sai sót từ phía cơ quan thuế trong quá trình rà soát, áp dụng chính sách hoặc xác định mức thuế phải nộp.
• Khác biệt trong cách hiểu và áp dụng quy định giữa doanh nghiệp và cơ quan quản lý.

Nguyên nhân chủ quan: 

• Nhầm lẫn trong kê khai: ghi sai mã số thuế, chỉ tiêu thuế suất, hoặc nhầm lẫn doanh thu – chi phí được khấu trừ.
• Hạn chế về chuyên môn: bộ phận kế toán chưa nắm vững luật thuế, chuẩn mực kế toán.
• Cố ý gian lận: một số doanh nghiệp điều chỉnh sai lệch nhằm giảm số thuế phải nộp, dẫn đến rủi ro bị truy thu và xử phạt nặng.

Biểu hiện thường gặp:

• Thuế giá trị gia tăng (VAT) kê khai thiếu/không đúng hóa đơn đầu vào, đầu ra.
• Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) tính sai do chi phí không hợp lệ hoặc doanh thu không được ghi nhận đầy đủ.
• Thuế thu nhập cá nhân (TNCN) bị tính sai do áp dụng sai mức giảm trừ gia cảnh hoặc biểu thuế lũy tiến.
• Các khoản thuế xuất nhập khẩu sai do phân loại mã HS không chính xác.

II. Quy định của pháp luật liên quan đến các khoản thuế bị tính sai

Việc tính sai các khoản thuế không chỉ ảnh hưởng trực tiếp đến nghĩa vụ tài chính của doanh nghiệp, cá nhân mà còn tác động đến công tác quản lý thu ngân sách nhà nước. Chính vì vậy, pháp luật đã có những quy định cụ thể để điều chỉnh, xử lý và ràng buộc trách nhiệm trong những trường hợp này.

1. Các khoản thuế bị tính sai là gì?

Căn cứ khoản 1 Điều 3 Luật Quản lý thuế 2019, thuế là một khoản nộp ngân sách nhà nước bắt buộc của tổ chức, hộ gia đình, hộ kinh doanh, cá nhân theo quy định của các luật thuế.

Các khoản thuế bị tính sai được hiểu là việc xác định nghĩa vụ thuế không đúng với thực tế phát sinh hoặc không đúng theo quy định của pháp luật. Tình trạng này có thể dẫn đến:

• Doanh nghiệp nộp thừa thuế (ví dụ: kê khai trùng hóa đơn đầu ra, áp sai thuế suất).
• Doanh nghiệp nộp thiếu thuế (ví dụ: bỏ sót doanh thu, kê khai chi phí không hợp lệ).
• Cơ quan thuế xác định sai số thuế phải nộp do áp dụng không đúng quy định.

2. Pháp luật quy định như thế nào về trách nhiệm khi để xảy ra các khoản thuế bị tính sai?

Theo Khoản 2 Điều 17 Luật Quản lý thuế năm 2019, người nộp thuế có trách nhiệm: Khai chính xác, trung thực, đầy đủ và nộp hồ sơ thuế đúng thời hạn; chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực, đầy đủ của hồ sơ thuế và các tài liệu cung cấp cho cơ quan thuế trong quá trình giải quyết hồ sơ thuế theo quy định của pháp luật về thuế.

Các hành vi khai sai thuế dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn được quy định tại khoản 1 Điều 142 Luật Quản lý thuế 2019. Cụ thể:

• Khai sai căn cứ tính thuế hoặc số tiền thuế được khấu trừ hoặc xác định sai trường hợp được miễn, giảm, hoàn thuế dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn nhưng các nghiệp vụ kinh tế đã được phản ánh đầy đủ trên hệ thống sổ kế toán, trên các hóa đơn, chứng từ hợp pháp; 
• Người nộp thuế đã lập hồ sơ xác định giá thị trường hoặc đã lập tờ khai giao dịch liên kết nhưng cơ quan quản lý thuế, cơ quan có thẩm quyền khi thanh tra, kiểm tra kết luận số liệu thanh tra, kiểm tra khác với số liệu đã khai của người nộp thuế dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn;
• Sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp hóa đơn để hạch toán giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn nhưng người mua hàng hóa, dịch vụ sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp chứng minh được lỗi vi phạm sử dụng hóa đơn không hợp pháp thuộc về bên bán hàng.

Căn cứ khoản 1 Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót trong trường hợp sau đây:

• Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra;
• Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra thuế.”

Đối với những nội dung thuộc phạm vi thanh tra, kiểm tra, người nộp thuế được bổ sung hồ sơ giải trình theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về thanh tra và các trường hợp thực hiện theo kết luận, quy định của cơ quan chuyên ngành có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế

Ngoài ra nếu người nộp thuế thuộc một trong các trường hợp như: Không phản ánh hoặc phản ánh không đầy đủ, trung thực, chính xác số liệu trên sổ kế toán để xác định nghĩa vụ thuế; Có dấu hiệu bỏ trốn hoặc phát tán tài sản để không thực hiện nghĩa vụ thuế;... thì người nộp thuế bị ấn định thuế theo Khoản 1 Điều 50 Luật Quản lý thuế 2019. 

3. Trường hợp các khoản thuế bị tính sai dẫn đến nộp thiếu, doanh nghiệp bị xử lý ra sao?

Theo Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP quy định về xử phạt hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn như sau:

Phạt 20% số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế đã được miễn, giảm, hoàn cao hơn so với quy định đối với một trong các hành vi sau đây:

• Khai sai căn cứ tính thuế hoặc số tiền thuế được khấu trừ hoặc xác định sai trường hợp được miễn, giảm, hoàn thuế dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn nhưng các nghiệp vụ kinh tế đã được phản ánh đầy đủ trên hệ thống sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ hợp pháp;
• Khai sai làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế được miễn, giảm không thuộc trường hợp quy định tại điểm a khoản này nhưng người nộp thuế đã tự giác kê khai bổ sung và nộp đủ số tiền thuế thiếu vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan thuế kết thúc thời hạn thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế;
• Khai sai làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm đã bị cơ quan có thẩm quyền lập biên bản thanh tra, kiểm tra thuế, biên bản vi phạm hành chính xác định là hành vi trốn thuế nhưng người nộp thuế vi phạm hành chính lần đầu về hành vi trốn thuế, đã khai bổ sung và nộp đủ số tiền thuế vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan có thẩm quyền ra quyết định xử phạt và cơ quan thuế đã lập biên bản ghi nhận để xác định là hành vi khai sai dẫn đến thiếu thuế;
• Khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn đối với giao dịch liên kết nhưng người nộp thuế đã lập hồ sơ xác định giá thị trường hoặc đã lập và gửi cơ quan thuế các phụ lục theo quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết;
• Sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp để hạch toán giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế được miễn, giảm nhưng khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra phát hiện, người mua chứng minh được lỗi vi phạm sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp thuộc về bên bán hàng và người mua đã hạch toán kế toán đầy đủ theo quy định.

Biện pháp khắc phục hậu quả:

• Buộc nộp đủ số tiền thuế thiếu, số tiền thuế được hoàn, miễn, giảm cao hơn quy định và tiền chậm nộp tiền thuế vào ngân sách nhà nước đối với hành vi quy định tại khoản 1 Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.
• Buộc điều chỉnh lại số lỗ, số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ chuyển kỳ sau (nếu có) đối với hành vi quy định tại khoản 1 Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Trường hợp người nộp thuế có hành vi khai sai theo quy định tại điểm a, b, d khoản 1 Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP nhưng không dẫn đến thiếu số thuế phải nộp, tăng số thuế được miễn, giảm hoặc chưa được hoàn thuế thì không bị xử phạt theo quy định tại Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP mà xử phạt theo quy định tại khoản 3 Điều 12 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

III. Giải đáp các thắc mắc về các khoản thuế bị tính sai

Trong thực tế, khi phát hiện các khoản thuế bị tính sai, nhiều doanh nghiệp thường băn khoăn về trách nhiệm, cách xử lý và quyền lợi của mình. Dưới đây là những câu hỏi thường gặp và giải đáp theo quy định pháp luật:

1. Ai chịu trách nhiệm chính khi xảy ra các khoản thuế bị tính sai trong doanh nghiệp?

Điều 13 Luật Doanh nghiệp 2020, sửa đổi bổ sung 2025 quy định chi tiết về trách nhiệm người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp cụ thể:

• Thực hiện quyền và nghĩa vụ được giao một cách trung thực, cẩn trọng, tốt nhất nhằm bảo đảm lợi ích hợp pháp của doanh nghiệp;
• Trung thành với lợi ích của doanh nghiệp; không lạm dụng địa vị, chức vụ và sử dụng thông tin, bí quyết, cơ hội kinh doanh, tài sản khác của doanh nghiệp để tư lợi hoặc phục vụ lợi ích của tổ chức, cá nhân khác;
• Thông báo kịp thời, đầy đủ, chính xác cho doanh nghiệp về doanh nghiệp mà mình, người có liên quan của mình làm chủ hoặc có cổ phần, phần vốn góp theo quy định của Luật này.

Như vậy, người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp là người trực tiếp chịu trách nhiệm nếu xảy ra sai sót.

Trường hợp có dấu hiệu gian lận, cá nhân ký và nộp hồ sơ kê khai thuế có thể bị xử phạt hành chính hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự theo Điều 200 Bộ luật Hình sự 2015 (sửa đổi 2017).

2. Doanh nghiệp có bị truy thu khi để xảy ra các khoản thuế bị tính sai không?

Theo Khoản 3 Điều 137 Luật Quản lý thuế, nếu quá thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế thì người nộp thuế không bị xử phạt nhưng bị truy thu số tiền thuế thiếu, cụ thể phải nộp đủ số tiền thuế thiếu, số tiền thuế trốn, số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn, không thu không đúng, tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước trong thời hạn 10 năm trở về trước kể từ ngày phát hiện hành vi vi phạm. 

Trường hợp người nộp thuế không đăng ký thuế thì phải nộp đủ số tiền thuế thiếu, số tiền thuế trốn, tiền chậm nộp cho toàn bộ thời gian trở về trước kể từ ngày phát hiện hành vi vi phạm.

3. Nguyên nhân nào thường dẫn đến tình trạng các khoản thuế bị tính sai trong doanh nghiệp?

Một số nguyên nhân phổ biến dẫn đến tình trạng các khoản thuế bị tính sai trong doanh nghiệp bao gồm :

• Nguyên nhân chủ quan: Kế toán viên hạch toán sai, nhầm lẫn trong kê khai, hoặc chưa cập nhật kịp thời chính sách thuế mới.
• Nguyên nhân khách quan: Quy định pháp luật phức tạp, thay đổi liên tục; hệ thống phần mềm kế toán – thuế chưa đồng bộ; sai sót trong chứng từ từ đối tác.
• Nguyên nhân cố ý: Doanh nghiệp có hành vi gian lận nhằm trốn thuế .

4. Khi các khoản thuế bị tính sai làm tăng số thuế phải nộp, doanh nghiệp có quyền yêu cầu hoàn trả không?

Theo Khoản 1 Điều 60 Luật Quản lý thuế 2019 quy định:

• Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo hoặc được hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.
• Trường hợp người nộp thuế đề nghị bù trừ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ thì không tính tiền chậm nộp tương ứng với khoản tiền bù trừ trong khoảng thời gian từ ngày phát sinh khoản nộp thừa đến ngày cơ quan quản lý thuế thực hiện bù trừ.

Như vậy, nếu người nộp thuế nộp thừa tiền thuế so với số phải nộp, họ có quyền được bù trừ vào các khoản thuế phải nộp khác hoặc được hoàn trả số tiền nộp thừa theo thủ tục do cơ quan thuế quy định.

5. Việc các khoản thuế bị tính sai có ảnh hưởng thế nào đến báo cáo tài chính hàng năm?

Báo cáo tài chính phản ánh tình hình tài chính và kết quả kinh doanh. Nếu thuế bị tính sai sẽ:

• Làm sai lệch chỉ tiêu lợi nhuận trước và sau thuế, vốn chủ sở hữu.
• Ảnh hưởng đến nghĩa vụ công bố thông tin của doanh nghiệp.
• Tạo rủi ro pháp lý, giảm uy tín, thậm chí ảnh hưởng đến khả năng vay vốn và thu hút đầu tư.

IV. Dịch vụ tư vấn pháp lý liên quan đến các khoản thuế bị tính sai

Các khoản thuế bị tính sai nếu không xử lý kịp thời sẽ gây thiệt hại tài chính và uy tín cho doanh nghiệp. Việc sử dụng dịch vụ tư vấn pháp lý chuyên nghiệp sẽ giúp doanh nghiệp:

• Rà soát, đối chiếu số liệu thuế để phát hiện và điều chỉnh kịp thời sai sót.
• Tư vấn quy định pháp luật liên quan đến từng loại thuế.
• Hỗ trợ thủ tục khiếu nại, hoàn thuế, bù trừ thuế khi có nộp thừa hoặc tính sai.
• Đại diện làm việc với cơ quan thuế để giải trình, bảo vệ quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp.
• Đào tạo, hướng dẫn bộ phận kế toán – tài chính nhằm phòng ngừa rủi ro sai sót trong tương lai.

Quý Khách hàng còn nhu cầu tư vấn liên quan đến khoản thuế bị tính sai thì hãy liên hệ ngay cho NPLaw để được đội ngũ chúng tôi trực tiếp tư vấn và hướng dẫn giải quyết.